Archiv der Kategorie: PubMed

NCBI Webinar: Erstellen, verlinken und teilen Sie Ihre Bibliographie (PubMed & ORCID)

Am 4. Oktober 2017 präsentieren NCBI-Mitarbeiter ein Webinar über die Autoren-Vereindeutigung (Disambiguierung)  und die in diesem Zusammenhang bestehenden Vorteile einer ORCID-ID (Open Researcher and Contributor ID ist ein nicht-proprietärer, überwiegend numerischer Code, der der eindeutigen Identifizierung wissenschaftlicher Autoren dient).

Wenn Ihre veröffentlichten Forschungsergebnisse in PubMed zitiert werden, kann das Webinar Ihnen helfen, Ihre Zitate zu finden, eine Bibliographie zu erstellen und Ihre Publikationsliste mit anderen zu teilen.

In dem Webinar wird auch über den Vorteil einer schnellen und kostenlosen Registrierung für eine eindeutige Kennung (ORCID-ID), die konstant bleibt – auch wenn sich Ihr Name ändert, gesprochen.

  • Datum: Mittwoch, 4. Oktober 2017 18:00 – 18:30 Uhr

Nach der Registrierung erhalten Sie eine Bestätigungs-E-Mail mit Informationen zur Teilnahme am Webinar. Nach der Live-Präsentation wird das Webinar in den NCBI YouTube Channel hochgeladen. Über zukünftige Webinare können Sie sich auf der Seite Webinars and Courses informieren.

  • Die Original-Meldung finden Sie hier.

Abb.: screenshot

 

Pubmed: Artikel aus zweifelhaften Zeitschriften

Aaaron Tay erwähnt in seinem längeren Artikel [Are search results in library discovery really more trust-worthy? Of Predatory journals & Authority] seines Blogs Musings about Librarianship einen Artikel von Kent Anderson [A Confusion of Journals — What Is PubMed Now?], der darauf hinweist, dass in Pubmed Artikel aus zweifelhaften Zeitschriften zu finden sind.

Das ist schockierend für viele, die das Attribut, in PubMed auffindbar zu sein, als Qualitätsmerkmal sehen. Obwohl es einen Unterschied zwischen PubMed, PubMed Central (PMC) und Medline gibt, ist es doch Medline, welche in hohem Maße Ansehen genießt. PubMed Central nun scheint eine Hintertür in PubMed zu bieten.

Es ist keine neue Information (siehe PubMed’s Backdoor Makes Me Question Quality),  dass Artikel, die über PMC in PubMed eingehen und keine Medline-Journale sind, nicht in Medline indiziert werden, so dass sie keine MESH-Titel zugewiesen bekommen und somit auch nicht mit MESH durchsuchbar sind. Interessanterweise gibt es Standards für Artikel die in PMC aufgenommen werden, nur sind diese nicht so hoch wie für Medline-Journale, was zu der Forderung nach einer Verschärfung der Standards für die Einreichung von Zeitschriften in PubMed Central geführt hat.

Beispiel eines Artikels, der nicht in Medline indiziert ist, sondern in PMC und damit PubMed

Diese Problematik geht laut Aaron Tay über PubMed Central hinaus. Zweifelhafte Zeitschriften wurden auch in hoch angesehenen Verzeichnissen wie Scopus entdeckt. Die gleichen Probleme scheinen auch auf anderen Plattformen wie Proquest aufzutreten. Da gibt es anscheinend Schlupflöcher für unseriöse Anbieter …

Foto: Jameek at photocase.de

PubMed Journals: Suchen und finden biomedizinischer Literatur

Das National Center for Biotechnology Information (NCBI) ist eine Unterorganisation der United States National Library of Medicine (NLM), die wiederum eine Unterorganisation des National Institutes of Health (NIH) ist.

Das NCBI bietet überwiegend Zugang zu medizinischen und molekularbiologischen Datenbanken an, stellt u.a. aber auch die Datenbank PubMed mit Inhaltsangaben wissenschaftlicher Literatur zur Verfügung.

Desweiteren bietet NCBI mit PubMed Journals ein Tool an, mit dem man sich über aktuelle biomedizinische Literatur auf dem Laufenden halten kann.

PubMed Journals ermöglicht:

  • Zeitschriften schnell zu finden und jenen von Interesse zu folgen,
  • neue Artikel favorisierter Zeitschriften zu durchsuchen, und
  • mittels eines Journal News Feed sich über neueste Artikel auf dem Laufenden zu halten.

So geht‘s:

  • Besuchen Sie PubMed Journals, um eine Liste der beliebtesten Zeitschriften zu sehen.
  • Klicken Sie auf einen Zeitschriftentitel, um den aktuellsten Inhalt und den News-Feed zu durchsuchen.
  • Klicken Sie auf die Schaltfläche „Follow“, um die Zeitschrift Ihrer persönlichen Zeitschriftenliste hinzuzufügen.

Um einer Zeitschrift zu folgen, ist es erforderlich mit (s)einem NCBI-Konto angemeldet zu sein.

 

Abb.: screenshot

PubMed wieder Toplink

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Nachdem einige Nutzer den Link zu PubMed auf der Homepage in unseren neuen Layout vermisst haben, ist dieser nun wieder dem Top-Links-Menü hinzugefügt worden. Soll keiner sagen, wir wären nicht lernfähig. Über Recherche / Datenbanken ist PubMed zwar auch mit zwei Mausklicks zu finden, wir verstehen aber, dass die Meisten diesen wichtigen Link – der anzeigt, welche Zeitschriften online sind – auf der Homepage erwarten.

Über 10 Mio. Volltext-Artikel in PubMed

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Mit Stand heute gibt es nun mehr als 10.154.087 Volltexte in PubMed. Von den insgesamt 24,7 Mio. Datensätzen sind damit nun 41% als PDF oder HTML zugreifbar. 4,85 Mio sind (als Open Access) frei zugänglich, die restlichen 5,30 Mio. PubMed-Artikel hat die ZB Med für die Universität Münster lizenziert.

Achtung!
Insgesamt stehen über die ZB Med mehr als die obigen 10.154.087 Mio. Artikel zur Verfügung. Sie finden aber nicht alle von uns lizenzierten Artikel in PubMed, da lediglich Volltexte von speziellen Verlagen dort angezeigt werden. Die restlichen Volltexte finden Sie nur über die Homepages der einzelnen Zeitschriften über die Zeitschriftensuche der EZB. (Wenn man davon ausgeht, dass diese ca. 15% der über PubMed verzeichneten Volltexte ausmachen, stehen Ihnen nun mehr als 11,7 Mio. Zeitschriftenartikel im Volltext zur Verfügung.)

40% aller PubMed-Artikel sind im Volltext zugänglich

Mit Stand heute gibt es nun mehr als 9.300.000 Volltexte in PubMed. Von den insgesamt 23,28 Mio. Datensätzen sind damit nun genau 40% als PDF oder HTML zugreifbar. 4,15 Mio sind (als Open Access) frei zugänglich, die restlichen 5,15 Mio. PubMed-Artikel hat die ZB Med für die Universität Münster lizenziert.

Achtung!
Insgesamt stehen über die ZB Med mehr als die obigen 9,3 Mio. Artikel zur Verfügung. Sie finden aber nicht alle von uns lizenzierten Artikel in PubMed, da lediglich Volltexte von speziellen Verlagen dort angezeigt werden. Die restlichen Volltexte finden Sie nur über die Homepages der einzelnen Zeitschriften über die Zeitschriftensuche der EZB. Wenn man davon ausgeht, dass diese ca. 15% der über PubMed verzeichneten Volltexte ausmachen, stehen Ihnen nun mehr als 10,7 Mio. Zeitschriftenartikel im Volltext zur Verfügung.

Mehr als 10.000.000 medizinische Artikel

Mit Stand heute morgen gibt es nun mehr als 9.000.000 Volltexte in PubMed. Von den insgesamt 22,8 Mio. Datensätzen sind damit nun 37% als PDF oder HTML zugreifbar. 4 Mio sind (als Open Access) frei zugänglich, die restlichen 5 Mio. PubMed-Artikel hat die ZB Med für die Universität Münster lizenziert.

Achtung! Insgesamt stehen über die ZB Med mehr als die obigen 5 Mio. Artikel zur Verfügung. Sie finden aber nicht alle von uns lizenzierten Artikel in PubMed, da lediglich Volltexte von speziellen Verlagen dort angezeigt werden. Die restlichen Volltexte finden Sie nur über die Homepages der einzelnen Zeitschriften über die Zeitschriftensuche der EZB. Wenn man davon ausgeht, dass diese ca. 10-20% der über PubMed verzeichneten Volltexte ausmachen, stehen Ihnen nun mehr als 10 Mio. Zeitschriftenartikel im Volltext zur Verfügung.

Zahl der Volltexte in PubMed überschreitet die Marke von 8 Millionen

Mit heutigem Datum stehen Ihnen erstmals mehr als 8 Mio. Volltextartikel in PubMed zur Verfügung. Von diesen Artikeln wurden 6,1 Mio. von der Zweigbibliothek Medizin lizenziert (als Universitäts- oder National-Lizenz) und weitere 2 Mio. stehen als Open Access oder Embargo-Zeitschrift frei zur Verfügung. Dies entspricht ca. 38% aller PubMed-Zitate.

Zusätzlich sind hundertausende weitere Volltext-Artikel von der Bibliothek lizenziert, aber aus folgenden Gründen nicht in PubMed nachgewiesen:

  • Die Zeitschrift wird nicht von PubMed indexiert (deutschsprachige oder ältere als 1945)
  • Die Zeitschrift liefert PubMed keine Volltext-Links
  • Die Volltext-Links in PubMed zeigen auf eine nicht lizenzierte Version der Zeitschrift

Denken Sie also immer daran, dass Sie sich nicht nur auf den orangen Volltext-Button in PubMed verlassen können, sondern zusätzlich noch unser Zeitschriftenverzeichnis konsultieren!


PubMed umfasst über 21 Millionen Zitate für biomedizinische Literatur aus Medline, biowissenschaftlichen Zeitschriften und Online-Büchern. Die Zitate und Abstracts aus PubMed erfassen die Bereiche Medizin, Krankenpflege, Zahnmedizin, Veterinärmedizin, Gesundheitswesen und vorklinische Fachgebiete. PubMed bietet auch Links zu relevanten Websites und zu den anderen NCBI-Ressourcen wie z.B. Gen- oder Proteindatenbanken. PubMed ist eine kostenfreie Datenbank, die vom National Center for Biotechnology Information (NCBI) der US National Library of Medicine (National Institutes of Health) betrieben wird.

Foto: S-Charly at fotolia.com

PubMed-Recherche in Zeitschriften mit hohem Impact Faktor

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Bei allgemeinen PubMed-Recherchen (wie z.B. nach „Latex Allergy“) erhält man eine Unmenge an Treffern, die ohne weitere Eingrenzung oft ein unverdauliches Mass erreichen (hier 3.000 Zitate). Am Besten grenzt man nun die Suche weiter sachlich ein: Latex Allergy AND Pregnancy (50 Treffer). Steht eine sachliche Eingrenzung nicht zur Verfügung, weil man z.B. alles zur Latexallergie finden möchte oder noch gar nicht weiß, unter welchen Aspekten man Latexallergie studieren möchte, kann man auf formale Eingrenzungen ausweichen (den so genannten PubMed-„Limits“). Diese begrenzen die Suche u.a. nach Altersgruppen, Artikelart (Clinical Trial, RCT, Review, Twin Study), Sprache oder Aktualität. Diese Limits sind jedoch oft unbefriedigend, weil dabei immer das Riskio besteht, relevante Arbeiten „wegzulimitieren“.

Bei einem meiner letzten Hausbesuche kam nun der interessante Vorschlag auf, eine PubMed-Recherche auf wichtige, impaktstarke Zeitschriften eingrenzen, z.B. auf alle Klasse 1 – Zeitschriften eines Fachgebietes. Dies ist in der Tat möglich, da PubMed a) die allermeisten Zeitschriften mit Impact Faktor indexiert (z.B. 97% in der Kardiologie) und b) eine Suche nach den Zeitschriftentiteln zuläßt. Im Folgenden finden Sie die genaue Vorgehensweise, wie man eine PubMed-Recherche auf bestimmte Zeitschriften (hier diejenigen mit hohem Impact Faktor) beschränkt:

1. Zeitschriftensuche
Man stellt sich zunächst in PubMed eine Suche zusammen, die alle Klasse 1 – Zeitschriften eines Fachgebietes umfasst. Die Zeitschriften werden am besten im NLM Catalog: Journals referenced in the NCBI Databases gefunden. Über den „PubMed search builder“ wird das Journal in die Suche übernommen. Nimmt man als Beispiel die Subject Category „Allergy“ (nur zugänglich an der Universität Münster), wären dies:

  1. Journal of allergy and clinical immunology (PubMed-Suche)
  2. Allergy (PubMed-Suche)
  3. Clinical and experimental allergy (PubMed-Suche)
  4. Contact Dermatitis (PubMed-Suche)
  5. Clinical Reviews in Allergy and Immunology (PubMed-Suche)

2. Aufsummierung
Im zweiten Schritt gilt es, die Artikel der einzelnen Journale durch eine OR-Verknüpfung aufzusummieren:

„J Allergy Clin Immunol“[Journal] OR „Allergy“[Journal] OR „Clin Exp Allergy“[Journal] OR „Contact Dermatitis“[Journal] OR „Clin Rev Allergy Immunol“[Journal]

3. Abspeichern
Diese Suche muss man nun dauerhaft abzuspeichern. Dies funktioniert entweder als Lesezeichen im Browser, dazu geht man rechts auf „Search Details“, klickt auf „see more“ und legt sich einen Lesezeichen (Bookmark) auf die angegebene URL.

Oder man benutzt seinen MyNCBI-Account (Registrierung kostenlos), klickt auf „Save Search“ (oben unter dem Suchfenster) und kann nun die Suche jederzeit durch Klick auf den gewählten Suchnamen in MyNCBI wieder aufrufen.

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4. Eingrenzen
Will man irgendwann einmal seine Recherche (z.B. nach Latexallergien) auf diese Klasse 1- Zeitschriften eingrenzen, dann genügt es, die einmal abgespeicherte Suche über einen der beiden Wege aufzurufen und über „Advanced“ (oben unter dem Suchfenster) mit den aktuellen Suchtreffern (für Latexallergie) zu verknüpfen. Dies geschieht durch den Operator „AND“, siehe unten:

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Will man sich die Mühe nicht machen (oder hat keine studentische Hilfskraft dafür an der Hand 😉 ), kann man sich – zumindest in der Inneren Medizin – mit folgendem Trick behelfen: Unter „Limits“ kann in PubMed das Trefferergebnis nach bestimmten „Subsets“ eingegrenzt werden, darunter AIDS, Cancer oder aber die 120 Journals des Abridged Index Medicus. Diese so genannten „Core Clinical Journals“ stellen die (aus angloamerikanischer Sicht) wichtigsten klinischen Zeitschriften dar, lassen aber eine eindeutige Qualifizierung nach Impact Faktoren vermissen.

Die Bibliothek hilft Ihnen aber gerne bei der Formulierung der Suchanfrage, einfach eine Email an info@zbmed.ms schreiben.

E-Mail-/RSS-Benachrichtigung für Ihre Fachzeitschriften

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Möchten Sie sich regelmäßig über neue Artikel der von Ihren bevorzugten Zeitschriften informieren lassen? Dies ist mit Hilfe der Literaturdatenbank PubMed ohne großen Aufwand per E-Mail bzw. RSS-Feed möglich. Die beiden folgenden Videos der U.S. National Library of Medicine erklären die Vorgehensweise (auf Englisch):

E-mail Alerts for Articles from Your Favorite Journals (3 min.)
Saving Searches and Creating E-mail Alerts (4 min.)

[via Newsblog Uni Mannheim]

Foto: Vogelpieper / photocase.com

PubMed-Limits can be tricky

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Ein Artikel in den Annals of Internal Medicine wies kürzlich auf Limitations of the MEDLINE Database in Constructing Meta-analyses hin. Die niederländischen Ärzte der Cochrane Childhood Cancer Group, Edith Leclercq, Bianca Kramer und Winnie Schats, beschäftigten sich insbesondere mit den MeSH-Begriffen und den PubMed Limits.

Search limits in PubMed zu benutzen, kann tricky sein, weil die meisten Limits auf MeSH_Begriffen beruhen. Aber nicht alle PubMed-Zitate sind mit MeSH-Begriffen indexiert. Neue PubMed-Zitate werden vom Verlag geliefert und besitzen noch keine MeSH-Headings. Außerdem gibt es zahlreiche OLDMEDLINE-Zitate, die erst nachträglich mit (wenigen und dann meist krankheitsrelevanten) MeSH-Begriffen versehen wurden. Wenn „Limits“ benutzt werden, können Ihnen diese Zitate durch die Lappen gehen. Die einzigen Suchlimitierungen, die verläßlich benutzt werden können, sind Datum und Sprache.


Übrigens, die National Library of Medicine begeht dieses Jahr ihren 175. Geburtstag. JAMA schrieb zu diesem Anlaß:

Today, at the 175th anniversary of the NLM, the library’s free access system PubMed processes nearly 1 billion online searches per year from users looking for medical and health information in more than 20 million articles published in more than 5300 journals. On the day in 1997 that the library’s database of abstracts and articles became freely available to anyone with an Internet connection, Vice President Al Gore declared that PubMed “may do more to reform and improve the quality of health care in the United States than anything
we have done in a long time.”