Archiv der Kategorie: PubMed

PubMed-Limits can be tricky

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Ein Artikel in den Annals of Internal Medicine wies kürzlich auf Limitations of the MEDLINE Database in Constructing Meta-analyses hin. Die niederländischen Ärzte der Cochrane Childhood Cancer Group, Edith Leclercq, Bianca Kramer und Winnie Schats, beschäftigten sich insbesondere mit den MeSH-Begriffen und den PubMed Limits.

Search limits in PubMed zu benutzen, kann tricky sein, weil die meisten Limits auf MeSH_Begriffen beruhen. Aber nicht alle PubMed-Zitate sind mit MeSH-Begriffen indexiert. Neue PubMed-Zitate werden vom Verlag geliefert und besitzen noch keine MeSH-Headings. Außerdem gibt es zahlreiche OLDMEDLINE-Zitate, die erst nachträglich mit (wenigen und dann meist krankheitsrelevanten) MeSH-Begriffen versehen wurden. Wenn „Limits“ benutzt werden, können Ihnen diese Zitate durch die Lappen gehen. Die einzigen Suchlimitierungen, die verläßlich benutzt werden können, sind Datum und Sprache.


Übrigens, die National Library of Medicine begeht dieses Jahr ihren 175. Geburtstag. JAMA schrieb zu diesem Anlaß:

Today, at the 175th anniversary of the NLM, the library’s free access system PubMed processes nearly 1 billion online searches per year from users looking for medical and health information in more than 20 million articles published in more than 5300 journals. On the day in 1997 that the library’s database of abstracts and articles became freely available to anyone with an Internet connection, Vice President Al Gore declared that PubMed “may do more to reform and improve the quality of health care in the United States than anything
we have done in a long time.”

7,56 Millionen Volltexte in PubMed

Greg Klee-Globe Staff Photo Illustration

Mit heutigem Datum stehen Ihnen mehr als 7,5 Mio. Volltextartikel in PubMed zur Verfügung – genau 7.559.398. Von diesen Artikeln wurden 5,85 Mio. von der Zweigbibliothek Medizin lizenziert (als Universitäts- oder National-Lizenz) und weitere 1,7 Mio. stehen als Open Access oder Embargo-Zeitschrift frei zur Verfügung. Dies entspricht ca. 37% aller PubMed-Zitate.

Zusätzlich sind hundertausende weitere Volltext-Artikel von der Bibliothek lizenziert, aber aus folgenden Gründen nicht in PubMed nachgewiesen:

  • Die Zeitschrift wird nicht von PubMed indexiert (deutschsprachige oder ältere als 1945)
  • Die Zeitschrift liefert PubMed keine Volltext-Links
  • Die Volltext-Links in PubMed zeigen auf eine nicht lizenzierte Version der Zeitschrift

Denken Sie also immer daran, dass Sie sich nicht nur auf den orangen Volltext-Button in PubMed verlassen können, sondern zusätzlich noch unser Zeitschriftenverzeichnis konsultieren!


PubMed umfasst über 20 Millionen Zitate für biomedizinische Literatur aus Medline, biowissenschaftlichen Zeitschriften und Online-Büchern. Die Zitate und Abstracts aus PubMed erfassen die Bereiche Medizin, Krankenpflege, Zahnmedizin, Veterinärmedizin, Gesundheitswesen und vorklinische Fachgebiete. PubMed bietet auch Links zu relevanten Websites und zu den anderen NCBI-Ressourcen wie z.B. Gen- oder Proteindatenbanken. PubMed ist eine kostenfreie Datenbank, die vom National Center for Biotechnology Information (NCBI) der US National Library of Medicine (National Institutes of Health) betrieben wird.

Foto: Greg Klee-Globe

„PubReminer“: Die Daten von PubMed im Detail auswerten

pubreminer

Mein kanadischer Kollege Dean Giustini hat in seinem The Search Principle blog eine interessante Zusammenfassung von PubMed-Derivaten erstellt mit dem Titel: Data-mining of MEDLINE – “PubReminer”, die ich im Folgenden für Sie übersetzt habe.

PubReMiner ist eines von vielen (siehe unten) Front-End-Data-Mining-Werkzeugen, die eine statistische Analyse der Ergebnisse von PubMed-Recherchen erlaubt. Als ein einfaches, textbasiertes Tool zum Erstellen von Suchanfragen wertet PubReMiner (PRM) die Informationen aus den PubMed-Resultaten aus und zeigt die Ergebnisse in Form von Häufigkeitstabellen an – nach Zeitschrift, Autoren oder Stichwörtern geordnet.

Neben dem Erstellen von Suchanfragen ist PRM hilfreich bei:

  • der Auswahl von Zeitschriften, die ähnliche Forschung veröffentlichen wie die bereits gefundenen
  • Ausfindigmachen von Experten, durch Erstellung einer „Top-Autoren“-Liste ausgehend vom Suchergebnis
  • Bestimmen der Forschungsinteressen der gefundenen Autoren
  • Die relevanten MeSH-Begriffe für eine ganze Reihe von Artikeln in PubMed herausfinden

Wie liest man die Häufigkeitstabellen von PRM? Nachdem PubReMiner PubMed mit Ihren Suchbegriffen abgefragt, alle Abstracts abgerufen und daraus Häufigkeitstabellen erzeugt hat, werden drei Tabellen erstellt:

  1. Zeitschriften, in denen Arbeiten zu Ihrer Fragestellung veröffentlicht wurden
  2. Die aktivsten Autoren im Bereich des Suchergebnisses
  3. Wörter, die am häufigsten in Titel und Abstract der gefundenen Artikel vorkommen

Darüber hinaus werden die MeSH des Artikels und das Erscheinungsjahr angezeigt, und Ihre Anfrage kann mit weiteren Feldern verfeinert werden. Wenn Sie Ihre Suche solcherart optimiert haben, wechseln Sie zu PubMed und lassen diese erneut ausführen.

Weitere Data-Mining Tools für PubMed:

 

Literatur:

PubMed erweitert My NBCI: My Bibliography

PubMed logo

Der neue Service My Bibliography steht allen Nutzern eines My NCBI-Kontos ab sofort zur Verfügung. Ein My NCBI-Konto ist ein personalisiertes Konto, welches neben dem Anlegen einer eigenen Bibliografie auch das Anlegen von Literaturlisten (Collections) ermöglicht.

Aus dem PubMed Send to-Menü, können nun Treffer aus der Ergebnismenge in My Bibliography exportiert werden:

Abb. 1 My Bibliography

Abb. 1 zeigt das „Send to“-Menü mit Auswahl von „My Bibliography“.
Ein Klick auf „Add to My Bibliography“ öffnet die „My NCBI Save to Bibliography“-Seite, Abb. 2:

Abb. 2 My Bibliography

Details und zusätzliche Features, wie das dauerhafte Speichern von Suchanfragen, erhalten Sie unter My NCBI Help.

PubMed enthält nun erstmals auch Bücher

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PubMed enthält seit kurzem auch Buchkapitel. Während andere fachwissenschaftliche Datenbanken wie PsycInfo oder Biosis von Anfang an Verweise auf Konferenzreports und Bücher enthielten, war PubMed bzw. Medline in der Vergangenheit hier absolut puritanisch vorgegangen und hatte nur Zeitschriftenartikel indexiert.

Damit ist nun Schluß. PubMed öffnet sich nun auch für Bücher, allerdings nicht irgendwelche, sondern (erstmal?) nur diejenigen knapp 100 frei verfügbaren Titel, die im NCBI Bookshelf nachgewiesen sind. Die ersten beiden zu PubMed hinzugefügten Bücher sind GeneReviews und Essentials of Glycobiology. Sowohl das Buch selber als auch jedes Kapitel wird einen Datensatz in PubMed bekommen und dort zu finden sein, wie z.B. eine Recherche nach Feingold Syndrome zeigt. Die Zitate werden mit „Books & Documents“ gekennzeichnet und immer einen Link zum (frei verfügbaren) Volltext enthalten.

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Weitere Informationen der National Library of Medicine:

In order to accommodate the book and book chapter citations, the PubMed Summary display will also be modified. PubMed citations may include one of the set of labels and links outlined below. The Related articles link will also be renamed to Related citations. New copper-colored labels (Books & Documents, Free PMC Article, and Free Article) provide users with a quick and easy way to scan the Summary display to find text that is freely available. The blue Free text links display for PubMed Central articles and Bookshelf items (see Figure 1) and, when clicked, open a new browser page with full text. When Free Article is displayed, use the title link to the Abstract format to find a publisher icon link to full text. http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ma10/ma10_pm_books.html

P.S.: Buchkapitel können natürlich – wie auch alle anderen frei verfügbaren Online-Artikel – nicht über RAPIDOC bestellt werden.

20 Mio. Artikel: PubMed geht nun zurück bis 1947

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Als die ursprüngliche Datenbank – damals noch unter dem Namen MEDLINE (Index MEDicus onLINE) – im Jahr 1971 debütierte, enthielt es ausschließlich Zitate auf Zeitschriftenartikel nach 1966. Zwanzig Jahre später, in den 90er, begann der Hersteller – die National Library of Medicine – jedoch mit der retrospektiven Erfassung älterer Zeitschriftenliteratur; so konnten z.B. mehr als 307.000 Zitierungen aus den Jahren 1964 und 1965 auf einen Schlag vom Kölner DIMDI übernommen werden (die NLM selber hatte diese Zitate längst gelöscht). PubMed bewegt sich seitdem stetig rückwärts in der Zeit.

Mit der jüngsten Ergänzung von 60.000 Artikelzitaten aus dem Jahre 1947 enthält PubMed nun mehr als 20 Millionen Records aus 63 Jahren Indizierung biomedizinischer Fachliteratur.

Die NLM kommentiert dieses erneuten Meilenstein stolz:

Harry Truman was President, gas cost 15 cents a gallon, the transistor was invented, and internationally renowned surgeon Dr. Michael DeBakey was publishing articles on the US Army’s World War II experience with battle injuries, military surgery, and the use of streptomycin therapy. Citations to these and more than 60,000 other articles indexed in the 1947 Current List of Medical Literature (CLML) are now available in the National Library of Medicine® (NLM®) MEDLINE®/PubMed database.

PubMed: Umfangreiche Suchergebnisse per E-Mail versenden

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Foto: photocase

Das NLM Technical Bulletin beschreibt in seiner Ausgabe Jan-Feb 2010 über Easy E-mailing of Large Search Results Restored in PubMed:

Dieses Feature erlaubt die Zusendung von umfangreichen Suchergebnissen in mehreren, kleinen E-Mails. Sie wollen z.B. die Ergebnisse einer Suche mit 246 Datensätzen einem Kollegen schicken. Da die maximale Anzahl von Datensätzen, die per Email verschickt werden können, 200 beträgt, müssen zwei Emails auf den Weg gebracht werden. Schicken Sie die erste E-Mail mit Maximalzahl von 200 und stellen Sie bei der zweiten E-Mail die Zahl 201 als Startzahl in der Zitat-Box des „Send to“-Feldes ein.

Zusätzliche Hinweise im Textfeld helfen dem Empfänger die E-Mails richtig zuzuordnen. Ihre PubMed Suchresultate werden von einem Mailserver des NCBI mit der Absebnderadresse „nobody@ncbi.nlm.nih.gov“ mit dem Subject „PubMed Search Results“ verschickt.

PubMed mit neuem Interface

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Wie Sie vielleicht schon gemerkt haben, hat die National Library of Medicine, Dept. National Center of Biotechnology Information (NCBI), die Suchoberfläche von PubMed überarbeitet und ihr seit Ende Okt. 2009 ein neues Design verliehen. Hier einige der Neuerungen:

  • Die bisherigen Reiter (Limits, Preview/Index, History, Clipboard, Details) sind abgeschafft worden. Diese Funktionen wurden in die „Advanced Search“ integriert.
  • Auch die Anzeigeformate (Display formats) sind überarbeitet und auf 7 reduziert worden. Möchten Sie jetzt das Anzeigeformat der Treffer verändern, nutzen Sie bitte das neue Menü „Display Settings“ (links oberhalb der „Results“=Treffer). Im Anzeigeformat „Abstract“ werden Ihnen bereits im Rahmen der Trefferliste auch die jeweiligen Links zum Volltext mit angezeigt. Sie befinden sich direkt unterhalb der einzelnen Treffer.
  • Mit Hilfe des „Send to“ Menüs (rechts von den „Display Settings“) können markierte Treffer u.a. im „Clipboard“ abgelegt, in den MyNCBI-Collections abgespeichert oder auch als Mail verschickt werden.
  • Unter „Filter your results“ (ganz rechts) bekommen Sie angezeigt:
    • bei wieviel Treffern es sich um „Reviews“, „Clinical Trails“ oder „Full Texts“ handelt
    • wieviel deutschsprachige Treffer ermittelt wurden
    • wieviel Treffer mit einem Link zum Volltext (Button „Volltext bereitgestellt durch zb med münster“, für den Bereich der Universität Münster gültig) versehen worden sind

Bitte beachten Sie, dass möglicherweise auch Artikel, obwohl sie nicht mit dem entsprechenden Button versehen sind, doch im Uninetz online zugänglich sind bzw. die entsprechende Zeitschrift in Bibliotheken der Universität Münster als Druckausgabe vorliegt. Hier finden Sie weitere Informationen über die neue Suchoberfläche von PubMed.

EndNoteWeb + ResearcherID + Web of Science

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Dank der Nordrhein-Westfälischen Konsortiallizenz zur Datenbank Web of Science ist es allen Angehörigen der Universität Münster möglich, die Literaturverwaltung EndNoteWeb kostenfrei zu nutzen (Online-Tutorial). Sie müssen sich dazu lediglich einmal registrieren und können dann Suchergebnisse von Web of Science in Ihre persönliche EndNoteWeb-Library exportieren. Dort können Sie die Literaturstellen dann komfortabel organisieren, Bibliographien erstellen, in Ihre Arbeiten einbetten („Cite While You Write“) und Literatur von einer Vielzahl weiterer Datenbanken (u.a. PubMed, siehe unten) durchsuchen und importieren. Ihre EndNoteWeb-Library können Sie in gängigen Datenbankformaten exportieren und mit anderen Literaturverwaltungsprogrammen weiterverarbeiten oder mit anderen Forschern gemeinsam bearbeiten. Die „EndNoteWeb-Toolbar für Firefox“ speichert Onlinereferenzen direkt in Ihrer EndNoteWeb-Library ab.

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Mit dieser Registrierung sollte es prinzipiell möglich sein, in den drei obigen Datenbanken EndNoteWeb, Web of Science, ResearcherID hin und her zu navigieren.

Im Gegensatz zu der von der Universität Münster lizenzierten Literaturverwaltung Refworks hat EndNoteWeb jedoch einige Nachteile:

  • Der Zugang ist nur innerhalb des Hochschulnetzes möglich (RefWorks kann von jedem Computer weltweit benutzt werden)
  • Es ist langsamer und hat weniger Möglichkeiten (RefWorks bietet den Funktionsumfang einer hochwertigen Literaturverwaltung)
  • Es speichert keine Volltexte
  • Es erlaubt das Teilen der Bibliothek nur mit anderen EndNoteWeb-Nutzern (RefWorks erlaubt das Teilen mit Jedermann)

Deutsches Ärzteblatt International nun in MEDLINE

Das Deutsche Ärzteblatt International, ein Ableger des Deutschen Ärzteblatts wird nun von Medline indexiert und steht auf PubMedCentral zur Verfügung:

As of 2009, the articles of Deutsches Ärzteblatt International (DAI) will be indexed in NLM’s MEDLINE database. The journal is also listed in Carelit, CINAHL, Compendex, DOAJ, EMBASE, EMNursing, GEOBASE, HINARI, Index Copernicus, Medpilot, PsycINFO, and Scopus. [via Deutsches Aerzteblatt international: Homepage]

Das DAI stellt ausgewählte Artikel des Deutschen Ärzteblatts auf Englisch zur Verfügung. Es wird ab 2008 in PubMedCentral archiviert. Es gibt keine Embargoperiode, aber „For technical reasons, the English full text will be published approximately two weeks after the German print edition has been published.“

Journals Recently Accepted by NLM for Inclusion in MEDLINE

Das Literature Selection Technical Review Committee der National Library of Medicine der USA hat wieder getagt und 46 neue Zeitschriftentitel in Medline, den Olymp der medizinischen Literaturdatenbankwesens, befördert. Spätestens mit Heft Nr.1, 2009, werden Zeitschriften mit illustren Namen von African journal of psychiatry über American journal of men’s health und Anais brasileiros de dermatologia bis zu Targeted oncology und Zoo biology von Medline neu indexiert, d.h. demnächst in PubMed zu finden sein. Neben je einer Zeitschrift in portugiesisch, spanisch und türkisch Titeln sind alle übrigen 43 Titel in Englisch. Deutschsprachige Journale waren bei dieser Runde nicht dabei.

Weitere Informationen über die Indexierungspraxis der NLM finden Sie in unserem WissensWiki-Artikel PubMedZeitschriftenAuswahl.