Archiv der Kategorie: PubMed

Mehr als 10.000.000 medizinische Artikel

Mit Stand heute morgen gibt es nun mehr als 9.000.000 Volltexte in PubMed. Von den insgesamt 22,8 Mio. Datensätzen sind damit nun 37% als PDF oder HTML zugreifbar. 4 Mio sind (als Open Access) frei zugänglich, die restlichen 5 Mio. PubMed-Artikel hat die ZB Med für die Universität Münster lizenziert.

Achtung! Insgesamt stehen über die ZB Med mehr als die obigen 5 Mio. Artikel zur Verfügung. Sie finden aber nicht alle von uns lizenzierten Artikel in PubMed, da lediglich Volltexte von speziellen Verlagen dort angezeigt werden. Die restlichen Volltexte finden Sie nur über die Homepages der einzelnen Zeitschriften über die Zeitschriftensuche der EZB. Wenn man davon ausgeht, dass diese ca. 10-20% der über PubMed verzeichneten Volltexte ausmachen, stehen Ihnen nun mehr als 10 Mio. Zeitschriftenartikel im Volltext zur Verfügung.

Zahl der Volltexte in PubMed überschreitet die Marke von 8 Millionen

Mit heutigem Datum stehen Ihnen erstmals mehr als 8 Mio. Volltextartikel in PubMed zur Verfügung. Von diesen Artikeln wurden 6,1 Mio. von der Zweigbibliothek Medizin lizenziert (als Universitäts- oder National-Lizenz) und weitere 2 Mio. stehen als Open Access oder Embargo-Zeitschrift frei zur Verfügung. Dies entspricht ca. 38% aller PubMed-Zitate.

Zusätzlich sind hundertausende weitere Volltext-Artikel von der Bibliothek lizenziert, aber aus folgenden Gründen nicht in PubMed nachgewiesen:

  • Die Zeitschrift wird nicht von PubMed indexiert (deutschsprachige oder ältere als 1945)
  • Die Zeitschrift liefert PubMed keine Volltext-Links
  • Die Volltext-Links in PubMed zeigen auf eine nicht lizenzierte Version der Zeitschrift

Denken Sie also immer daran, dass Sie sich nicht nur auf den orangen Volltext-Button in PubMed verlassen können, sondern zusätzlich noch unser Zeitschriftenverzeichnis konsultieren!

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PubMed umfasst über 21 Millionen Zitate für biomedizinische Literatur aus Medline, biowissenschaftlichen Zeitschriften und Online-Büchern. Die Zitate und Abstracts aus PubMed erfassen die Bereiche Medizin, Krankenpflege, Zahnmedizin, Veterinärmedizin, Gesundheitswesen und vorklinische Fachgebiete. PubMed bietet auch Links zu relevanten Websites und zu den anderen NCBI-Ressourcen wie z.B. Gen- oder Proteindatenbanken. PubMed ist eine kostenfreie Datenbank, die vom National Center for Biotechnology Information (NCBI) der US National Library of Medicine (National Institutes of Health) betrieben wird.

Foto: S-Charly at fotolia.com

PubMed-Recherche in Zeitschriften mit hohem Impact Faktor

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Bei allgemeinen PubMed-Recherchen (wie z.B. nach „Latex Allergy“) erhält man eine Unmenge an Treffern, die ohne weitere Eingrenzung oft ein unverdauliches Mass erreichen (hier 3.000 Zitate). Am Besten grenzt man nun die Suche weiter sachlich ein: Latex Allergy AND Pregnancy (50 Treffer). Steht eine sachliche Eingrenzung nicht zur Verfügung, weil man z.B. alles zur Latexallergie finden möchte oder noch gar nicht weiß, unter welchen Aspekten man Latexallergie studieren möchte, kann man auf formale Eingrenzungen ausweichen (den so genannten PubMed-„Limits“). Diese begrenzen die Suche u.a. nach Altersgruppen, Artikelart (Clinical Trial, RCT, Review, Twin Study), Sprache oder Aktualität. Diese Limits sind jedoch oft unbefriedigend, weil dabei immer das Riskio besteht, relevante Arbeiten „wegzulimitieren“.

Bei einem meiner letzten Hausbesuche kam nun der interessante Vorschlag auf, eine PubMed-Recherche auf wichtige, impaktstarke Zeitschriften eingrenzen, z.B. auf alle Klasse 1 – Zeitschriften eines Fachgebietes. Dies ist in der Tat möglich, da PubMed a) die allermeisten Zeitschriften mit Impact Faktor indexiert (z.B. 97% in der Kardiologie) und b) eine Suche nach den Zeitschriftentiteln zuläßt. Im Folgenden finden Sie die genaue Vorgehensweise, wie man eine PubMed-Recherche auf bestimmte Zeitschriften (hier diejenigen mit hohem Impact Faktor) beschränkt:

1. Zeitschriftensuche
Man stellt sich zunächst in PubMed eine Suche zusammen, die alle Klasse 1 – Zeitschriften eines Fachgebietes umfasst. Die Zeitschriften werden am besten im NLM Catalog: Journals referenced in the NCBI Databases gefunden. Über den „PubMed search builder“ wird das Journal in die Suche übernommen. Nimmt man als Beispiel die Subject Category „Allergy“ (nur zugänglich an der Universität Münster), wären dies:

  1. Journal of allergy and clinical immunology (PubMed-Suche)
  2. Allergy (PubMed-Suche)
  3. Clinical and experimental allergy (PubMed-Suche)
  4. Contact Dermatitis (PubMed-Suche)
  5. Clinical Reviews in Allergy and Immunology (PubMed-Suche)

2. Aufsummierung
Im zweiten Schritt gilt es, die Artikel der einzelnen Journale durch eine OR-Verknüpfung aufzusummieren:

„J Allergy Clin Immunol“[Journal] OR „Allergy“[Journal] OR „Clin Exp Allergy“[Journal] OR „Contact Dermatitis“[Journal] OR „Clin Rev Allergy Immunol“[Journal]

3. Abspeichern
Diese Suche muss man nun dauerhaft abzuspeichern. Dies funktioniert entweder als Lesezeichen im Browser, dazu geht man rechts auf „Search Details“, klickt auf „see more“ und legt sich einen Lesezeichen (Bookmark) auf die angegebene URL.

Oder man benutzt seinen MyNCBI-Account (Registrierung kostenlos), klickt auf „Save Search“ (oben unter dem Suchfenster) und kann nun die Suche jederzeit durch Klick auf den gewählten Suchnamen in MyNCBI wieder aufrufen.

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4. Eingrenzen
Will man irgendwann einmal seine Recherche (z.B. nach Latexallergien) auf diese Klasse 1- Zeitschriften eingrenzen, dann genügt es, die einmal abgespeicherte Suche über einen der beiden Wege aufzurufen und über „Advanced“ (oben unter dem Suchfenster) mit den aktuellen Suchtreffern (für Latexallergie) zu verknüpfen. Dies geschieht durch den Operator „AND“, siehe unten:

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Will man sich die Mühe nicht machen (oder hat keine studentische Hilfskraft dafür an der Hand 😉 ), kann man sich – zumindest in der Inneren Medizin – mit folgendem Trick behelfen: Unter „Limits“ kann in PubMed das Trefferergebnis nach bestimmten „Subsets“ eingegrenzt werden, darunter AIDS, Cancer oder aber die 120 Journals des Abridged Index Medicus. Diese so genannten „Core Clinical Journals“ stellen die (aus angloamerikanischer Sicht) wichtigsten klinischen Zeitschriften dar, lassen aber eine eindeutige Qualifizierung nach Impact Faktoren vermissen.

Die Bibliothek hilft Ihnen aber gerne bei der Formulierung der Suchanfrage, einfach eine Email an info@zbmed.ms schreiben.

E-Mail-/RSS-Benachrichtigung für Ihre Fachzeitschriften

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Möchten Sie sich regelmäßig über neue Artikel der von Ihren bevorzugten Zeitschriften informieren lassen? Dies ist mit Hilfe der Literaturdatenbank PubMed ohne großen Aufwand per E-Mail bzw. RSS-Feed möglich. Die beiden folgenden Videos der U.S. National Library of Medicine erklären die Vorgehensweise (auf Englisch):

– E-mail Alerts for Articles from Your Favorite Journals (3 min.)
– Saving Searches and Creating E-mail Alerts (4 min.)

[via Newsblog Uni Mannheim]

Foto: Vogelpieper / photocase.com

PubMed-Limits can be tricky

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Ein Artikel in den Annals of Internal Medicine wies kürzlich auf Limitations of the MEDLINE Database in Constructing Meta-analyses hin. Die niederländischen Ärzte der Cochrane Childhood Cancer Group, Edith Leclercq, Bianca Kramer und Winnie Schats, beschäftigten sich insbesondere mit den MeSH-Begriffen und den PubMed Limits.

Search limits in PubMed zu benutzen, kann tricky sein, weil die meisten Limits auf MeSH_Begriffen beruhen. Aber nicht alle PubMed-Zitate sind mit MeSH-Begriffen indexiert. Neue PubMed-Zitate werden vom Verlag geliefert und besitzen noch keine MeSH-Headings. Außerdem gibt es zahlreiche OLDMEDLINE-Zitate, die erst nachträglich mit (wenigen und dann meist krankheitsrelevanten) MeSH-Begriffen versehen wurden. Wenn „Limits“ benutzt werden, können Ihnen diese Zitate durch die Lappen gehen. Die einzigen Suchlimitierungen, die verläßlich benutzt werden können, sind Datum und Sprache.

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Übrigens, die National Library of Medicine begeht dieses Jahr ihren 175. Geburtstag. JAMA schrieb zu diesem Anlaß:

Today, at the 175th anniversary of the NLM, the library’s free access system PubMed processes nearly 1 billion online searches per year from users looking for medical and health information in more than 20 million articles published in more than 5300 journals. On the day in 1997 that the library’s database of abstracts and articles became freely available to anyone with an Internet connection, Vice President Al Gore declared that PubMed “may do more to reform and improve the quality of health care in the United States than anything
we have done in a long time.”

7,56 Millionen Volltexte in PubMed

Greg Klee-Globe Staff Photo Illustration

Mit heutigem Datum stehen Ihnen mehr als 7,5 Mio. Volltextartikel in PubMed zur Verfügung – genau 7.559.398. Von diesen Artikeln wurden 5,85 Mio. von der Zweigbibliothek Medizin lizenziert (als Universitäts- oder National-Lizenz) und weitere 1,7 Mio. stehen als Open Access oder Embargo-Zeitschrift frei zur Verfügung. Dies entspricht ca. 37% aller PubMed-Zitate.

Zusätzlich sind hundertausende weitere Volltext-Artikel von der Bibliothek lizenziert, aber aus folgenden Gründen nicht in PubMed nachgewiesen:

  • Die Zeitschrift wird nicht von PubMed indexiert (deutschsprachige oder ältere als 1945)
  • Die Zeitschrift liefert PubMed keine Volltext-Links
  • Die Volltext-Links in PubMed zeigen auf eine nicht lizenzierte Version der Zeitschrift

Denken Sie also immer daran, dass Sie sich nicht nur auf den orangen Volltext-Button in PubMed verlassen können, sondern zusätzlich noch unser Zeitschriftenverzeichnis konsultieren!

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PubMed umfasst über 20 Millionen Zitate für biomedizinische Literatur aus Medline, biowissenschaftlichen Zeitschriften und Online-Büchern. Die Zitate und Abstracts aus PubMed erfassen die Bereiche Medizin, Krankenpflege, Zahnmedizin, Veterinärmedizin, Gesundheitswesen und vorklinische Fachgebiete. PubMed bietet auch Links zu relevanten Websites und zu den anderen NCBI-Ressourcen wie z.B. Gen- oder Proteindatenbanken. PubMed ist eine kostenfreie Datenbank, die vom National Center for Biotechnology Information (NCBI) der US National Library of Medicine (National Institutes of Health) betrieben wird.

Foto: Greg Klee-Globe

„PubReminer“: Die Daten von PubMed im Detail auswerten

pubreminer

Mein kanadischer Kollege Dean Giustini hat in seinem The Search Principle blog eine interessante Zusammenfassung von PubMed-Derivaten erstellt mit dem Titel: Data-mining of MEDLINE – “PubReminer”, die ich im Folgenden für Sie übersetzt habe.

PubReMiner ist eines von vielen (siehe unten) Front-End-Data-Mining-Werkzeugen, die eine statistische Analyse der Ergebnisse von PubMed-Recherchen erlaubt. Als ein einfaches, textbasiertes Tool zum Erstellen von Suchanfragen wertet PubReMiner (PRM) die Informationen aus den PubMed-Resultaten aus und zeigt die Ergebnisse in Form von Häufigkeitstabellen an – nach Zeitschrift, Autoren oder Stichwörtern geordnet.

Neben dem Erstellen von Suchanfragen ist PRM hilfreich bei:

  • der Auswahl von Zeitschriften, die ähnliche Forschung veröffentlichen wie die bereits gefundenen
  • Ausfindigmachen von Experten, durch Erstellung einer „Top-Autoren“-Liste ausgehend vom Suchergebnis
  • Bestimmen der Forschungsinteressen der gefundenen Autoren
  • Die relevanten MeSH-Begriffe für eine ganze Reihe von Artikeln in PubMed herausfinden

Wie liest man die Häufigkeitstabellen von PRM? Nachdem PubReMiner PubMed mit Ihren Suchbegriffen abgefragt, alle Abstracts abgerufen und daraus Häufigkeitstabellen erzeugt hat, werden drei Tabellen erstellt:

  1. Zeitschriften, in denen Arbeiten zu Ihrer Fragestellung veröffentlicht wurden
  2. Die aktivsten Autoren im Bereich des Suchergebnisses
  3. Wörter, die am häufigsten in Titel und Abstract der gefundenen Artikel vorkommen

Darüber hinaus werden die MeSH des Artikels und das Erscheinungsjahr angezeigt, und Ihre Anfrage kann mit weiteren Feldern verfeinert werden. Wenn Sie Ihre Suche solcherart optimiert haben, wechseln Sie zu PubMed und lassen diese erneut ausführen.

Weitere Data-Mining Tools für PubMed:

 

Literatur:

PubMed erweitert My NBCI: My Bibliography

PubMed logo

Der neue Service My Bibliography steht allen Nutzern eines My NCBI-Kontos ab sofort zur Verfügung. Ein My NCBI-Konto ist ein personalisiertes Konto, welches neben dem Anlegen einer eigenen Bibliografie auch das Anlegen von Literaturlisten (Collections) ermöglicht.

Aus dem PubMed Send to-Menü, können nun Treffer aus der Ergebnismenge in My Bibliography exportiert werden:

Abb. 1 My Bibliography

Abb. 1 zeigt das „Send to“-Menü mit Auswahl von „My Bibliography“.
Ein Klick auf „Add to My Bibliography“ öffnet die „My NCBI Save to Bibliography“-Seite, Abb. 2:

Abb. 2 My Bibliography

Details und zusätzliche Features, wie das dauerhafte Speichern von Suchanfragen, erhalten Sie unter My NCBI Help.

PubMed enthält nun erstmals auch Bücher

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PubMed enthält seit kurzem auch Buchkapitel. Während andere fachwissenschaftliche Datenbanken wie PsycInfo oder Biosis von Anfang an Verweise auf Konferenzreports und Bücher enthielten, war PubMed bzw. Medline in der Vergangenheit hier absolut puritanisch vorgegangen und hatte nur Zeitschriftenartikel indexiert.

Damit ist nun Schluß. PubMed öffnet sich nun auch für Bücher, allerdings nicht irgendwelche, sondern (erstmal?) nur diejenigen knapp 100 frei verfügbaren Titel, die im NCBI Bookshelf nachgewiesen sind. Die ersten beiden zu PubMed hinzugefügten Bücher sind GeneReviews und Essentials of Glycobiology. Sowohl das Buch selber als auch jedes Kapitel wird einen Datensatz in PubMed bekommen und dort zu finden sein, wie z.B. eine Recherche nach Feingold Syndrome zeigt. Die Zitate werden mit „Books & Documents“ gekennzeichnet und immer einen Link zum (frei verfügbaren) Volltext enthalten.

pubmed-books

Weitere Informationen der National Library of Medicine:

In order to accommodate the book and book chapter citations, the PubMed Summary display will also be modified. PubMed citations may include one of the set of labels and links outlined below. The Related articles link will also be renamed to Related citations. New copper-colored labels (Books & Documents, Free PMC Article, and Free Article) provide users with a quick and easy way to scan the Summary display to find text that is freely available. The blue Free text links display for PubMed Central articles and Bookshelf items (see Figure 1) and, when clicked, open a new browser page with full text. When Free Article is displayed, use the title link to the Abstract format to find a publisher icon link to full text. http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ma10/ma10_pm_books.html

P.S.: Buchkapitel können natürlich – wie auch alle anderen frei verfügbaren Online-Artikel – nicht über RAPIDOC bestellt werden.

20 Mio. Artikel: PubMed geht nun zurück bis 1947

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Als die ursprüngliche Datenbank – damals noch unter dem Namen MEDLINE (Index MEDicus onLINE) – im Jahr 1971 debütierte, enthielt es ausschließlich Zitate auf Zeitschriftenartikel nach 1966. Zwanzig Jahre später, in den 90er, begann der Hersteller – die National Library of Medicine – jedoch mit der retrospektiven Erfassung älterer Zeitschriftenliteratur; so konnten z.B. mehr als 307.000 Zitierungen aus den Jahren 1964 und 1965 auf einen Schlag vom Kölner DIMDI übernommen werden (die NLM selber hatte diese Zitate längst gelöscht). PubMed bewegt sich seitdem stetig rückwärts in der Zeit.

Mit der jüngsten Ergänzung von 60.000 Artikelzitaten aus dem Jahre 1947 enthält PubMed nun mehr als 20 Millionen Records aus 63 Jahren Indizierung biomedizinischer Fachliteratur.

Die NLM kommentiert dieses erneuten Meilenstein stolz:

Harry Truman was President, gas cost 15 cents a gallon, the transistor was invented, and internationally renowned surgeon Dr. Michael DeBakey was publishing articles on the US Army’s World War II experience with battle injuries, military surgery, and the use of streptomycin therapy. Citations to these and more than 60,000 other articles indexed in the 1947 Current List of Medical Literature (CLML) are now available in the National Library of Medicine® (NLM®) MEDLINE®/PubMed database.