Das GKM kooperiert mit anderen altertumswissenschaftlichen und religionswissenschaftichen Institutionen innerhalb und außerhalb der Universität Münster und ist durch seine Mitglieder eng mit ihnen verwoben.
Arbeitsstelle historische Landeskunde des antiken Griechenland
Centrum für religionsbezogene Studien (CRS)
Centrum für Religion und Moderne
Exzellenzcluster "Religion und Politik"
Forschungsstelle Antike Numismatik
Institut für Frühmittelalterstudien
Institut für Interdisziplinäre Zypernstudien
Institut für Neutestamentliche Textforschung
Käte Hamburger Kolleg Münster "Einheit und Vielfalt im Recht"
Netzwerk "Archäologie Diagonal"
Institut Catholique de Paris - École des Langues et Civilisations de l'Orient Ancien (ELCOA)