Mein kanadischer Kollege Dean Giustini hat in seinem The Search Principle blog eine interessante Zusammenfassung von PubMed-Derivaten erstellt mit dem Titel: Data-mining of MEDLINE – “PubReminer”, die ich im Folgenden für Sie übersetzt habe.

PubReMiner ist eines von vielen (siehe unten) Front-End-Data-Mining-Werkzeugen, die eine statistische Analyse der Ergebnisse von PubMed-Recherchen erlaubt. Als ein einfaches, textbasiertes Tool zum Erstellen von Suchanfragen wertet PubReMiner (PRM) die Informationen aus den PubMed-Resultaten aus und zeigt die Ergebnisse in Form von Häufigkeitstabellen an – nach Zeitschrift, Autoren oder Stichwörtern geordnet.

Neben dem Erstellen von Suchanfragen ist PRM hilfreich bei:

• der Auswahl von Zeitschriften, die ähnliche Forschung veröffentlichen wie die bereits gefundenen
• Ausfindigmachen von Experten, durch Erstellung einer „Top-Autoren“-Liste ausgehend vom Suchergebnis
• Bestimmen der Forschungsinteressen der gefundenen Autoren
• Die relevanten MeSH-Begriffe für eine ganze Reihe von Artikeln in PubMed herausfinden

Wie liest man die Häufigkeitstabellen von PRM? Nachdem PubReMiner PubMed mit Ihren Suchbegriffen abgefragt, alle Abstracts abgerufen und daraus Häufigkeitstabellen erzeugt hat, werden drei Tabellen erstellt:

1. Zeitschriften, in denen Arbeiten zu Ihrer Fragestellung veröffentlicht wurden
2. Die aktivsten Autoren im Bereich des Suchergebnisses
3. Wörter, die am häufigsten in Titel und Abstract der gefundenen Artikel vorkommen

Darüber hinaus werden die MeSH des Artikels und das Erscheinungsjahr angezeigt, und Ihre Anfrage kann mit weiteren Feldern verfeinert werden. Wenn Sie Ihre Suche solcherart optimiert haben, wechseln Sie zu PubMed und lassen diese erneut ausführen.

Weitere Data-Mining Tools für PubMed:

• Ali Baba – PubMed as a Graph – http://alibaba.informatik.hu-berlin.de/
• ClusterMed – http://clustermed.info/
• ConceptLink – http://project.cis.drexel.edu/conceptlink/
• eTBLAST – http://etest.vbi.vt.edu/etblast3/
• FABLE – http://fable.chop.edu/
• GoPubMed – http://gopubmed.com/
• HubMed – http://www.hubmed.org/
• Interact – http://pmi.nlm.nih.gov/interact
• LigerCat – http://ligercat.ubio.org/
• MedMiner – http://discover.nci.nih.gov/textmining/main.jsp (Genomics and Bioinformatics Group at NCI)
• Medstory – http://www.medstory.com/Home.html
• MedSum – http://webtools.mf.uni-lj.si/public/medsum.html
• MeshPubMed – http://www.meshpubmed.org
• Novoseek – http://www.novoseek.com/
• PubFocus – http://www.pubfocus.com/
• PubGet – http://pubget.com/
• PMinstant – http://pminstant.com/
• PubAnatomy – http://brainarray.mbni.med.umich.edu/Brainarray/prototype/PubAnatomy/
• PubMed On Tap (for iPhone) – http://www.referencesontap.com/
• PubMedReMiner – http://bioinfo.amc.uva.nl/human-genetics/pubreminer/
• Quertle – http://www.quertle.info/v2/
• ReleMed – http://www.relemed.com/
• SLIM v.2 – http://pmi.nlm.nih.gov/slim/
• XplorMed – http://www.ogic.ca/projects/xplormed/

Literatur:

• Bradley S, Giustini D. GoPubMed versus PubReMiner for analyzing PubMed search results: a head to head comparison of two free web ‘data mining’ tools. 2011 CHLA/ABSC Conference, Calgary, Alberta.
• Connor E. PubMed® Search Interface Alternatives: A Descriptive Comparison. Journal of Electronic Resources in Medical Libraries. 2010;7(2):126-134.
• Glynn RW, Kerin MJ, Sweeney KJ. Authorship trends in the surgical literature. Br J Surg. 2010;97(8):1304–1308.
• National Network of Libraries of Medicine, Pacific Northwest Region. Third-Party PubMed Tools. Slideshare.net
• Text Mining and Finding Connections. Virginia Commonwealth University. VCU Libraries.