Die Einführung der Reformation
Das Predigtverbot für Buthmann durch Bischof und Rat 1533 und die Ausweisung der Prediger hatte die evangelische Bewegung in Osnabrück zunächst einmal zurückgeworfen. Allerdings verbreitete sich die Lehre Luthers in der Bevölkerung weiter. Bei Landesherr, Domkapitel und Stadtrat bestand allerdings bis zum Ende der 1530er Jahre hinsichtlich der ablehnenden Haltung zur Reformation Interessensübereinstimmung. Handlungsleitend für die Osnabrücker Politik Franz von Waldecks waren weniger konfessionelle bzw. kirchliche Motive als dynastische und einflussstärkende Beweggründe. Möglicherweise trug sich Franz mit dem Gedanken, seine geistlichen Staaten – die Fürstbistümer Osnabrück, Münster und Minden – in ein geschlossenes weltliches Territorium umzuwandeln, was auch ein Grund für seine Hinwendung zur Reformation gewesen sein könnte. Zeitlich fällt diese konfessionspolitische Wende mit dem Eintreten des Erzbischofs von Köln, Hermann von Wied, für die neue Lehre zusammen. Franz sah sich – wie Hermann auch – durch den Artikel 25 des Regensburger Reichsabschieds von 1541 gestützt.
Zustimmung des Stadtrates
Auch der Osnabrücker Rat stand zu Beginn der 1540er Jahre der Reformation positiv gestimmt gegenüber, weil die Bürgerschaft sich immer mehr dem lutherischen Glauben zugewandt hatte und sich beide Organe somit in ihren Standpunkten entfremdeten. Daher kam es zu einem neuen Impuls für die evangelische Bewegung, der vom Stadtherrn, also dem Bischof, und Stadtrat gemeinsam gegeben wurde. Diese Partnerschaft zeigte sich zunächst in der Klosterfrage: Während andernorts Klöster Ziel von Klosterstürmen (Herford) waren oder sie nach der Einführung des Luthertums aufgelöst wurden (Minden), ging der Osnabrücker Rat mit den Insassen der geistlichen Institute etwas milder um. Schon 1540 hatte er etwa den Mönchen des Augustinereremitenklosters eine Leibrente für den Fall versprochen, dass sie das Kloster zugunsten einer Schule aufgeben würden. Offensichtlich bezogen sich die Bemühungen des Rates auch auf die beiden anderen Bettelordensklöster, denn im Juli 1542 erbat der Rat vom Bischof die Überlassung aller drei Bettelordensklöster. Franz gab dem statt und begründete die Übertragung damit, dass sich die Zahl der Mönche verringert habe und dass die Schulbildung bisher vernachlässigt worden sei. Von dem Klostervermögen sollten eine Schule errichtet und ein oder zwei Prediger in den Pfarr- und Klosterkirchen angestellt werden, die das Wort Gottes „recht und lauter“ verkünden würden. An den Zeremonien und an der Ordnung des Gottesdienstes sollte aber, so der Bischof, bis zu einem Konzil nichts geändert werden. Alles müsse mit den Mönchen vertraglich geregelt werden. In dem vom Rat mit den Augustinereremiten abgeschlossenen Leibrentenvertrag verzichteten die Mönche für sich und im Namen des Ordens auf das Kloster. Waren die Augustinereremiten von Luthers Ideen überzeugt, so tat sich der Rat mit den Dominikanern schwerer. Auch hier wurde er durch den Beschluss des Bischofs verpflichtet, den Mönchen Leibrente und Wohnrecht zu gewährleisten. Die Dominikaner aber weigerten sich, ihr Kloster zu verlassen. So konnte der Rat nur die Kirchenschätze beschlagnahmen; das Kloster aber blieb bestehen.
Dieses Vorgehen gegen die Klöster ist ein erster Hinweis auf eine intendierte Veränderung der Kirchenlandschaft, denn die neuen Predigerstellen, bezahlt aus dem Klostervermögen, und die neue Schule unterstanden der Aufsicht des Rates und nicht mehr dem Domkapitel, dem in der Altstadt Osnabrücks die Pfarrkirchen inkorporiert waren.
Reformation durch Hermann Bonnus
Ende 1542 scheint der Rat den Weg zur Reformation weitergegangen zu sein, was möglicherweise auf Druck der zum Großteil neugläubigen Einwohnerschaft geschah. Am 6. Dezember 1542 wandte sich der Osnabrücker Rat an die Amtskollegen der Stadt Lübeck und bat um Beurlaubung und Entsendung des dortigen Superintendenten Hermann Bonnus, eines gebürtigen Quakenbrückers (Osnabrücker Nordland), der seit der Einführung der Reformation 1531 das Kirchenwesen der Hansestadt geleitet hatte. Diese Bitte aber war mit Bischof Franz von Waldeck abgestimmt. Der Lübecker Rat sagte zu und beurlaubte Bonnus, nachdem Bischof Franz einen Geleitbrief erstellt hatte. Rat und Bischof arbeiteten somit gemeinsam auf die Reformation hin – der Bischof für das Hochstift, der Rat für die Bischofsstadt. Der von außen angeforderte Reformator kam am 25. Januar 1543 mit seiner Familie in Osnabrück an und zog gegen den Willen des Domkapitels in das Pfarrhaus von St. Marien ein. Seine Tätigkeit begann er mit einer symbolträchtigen Handlung, indem er den ersten Gottesdienst als Deutsche Messe feierte und die Kommunion unter beiderlei Gestalt reichte. Bonnus führte die Taufe in deutscher Sprache ein und verbot die Prozessionen. Die katholischen Pfarrer wurden unter Missachtung der Kollationsrechte durch lutherische Prediger ersetzt. Zudem bestimmte der Rat, dass niemand im Dom dem katholischen Gottesdienst beiwohnen durfte. Anschließend verfasste Bonnus nach dem Vorbild Johannes Bugenhagens Braunschweiger, Lübecker und Hamburger Kirchenordnung eine Osnabrücker Ordnung als Grundlage des neuen Kirchenwesens und des Gottesdienstes, die in Lübeck gedruckt wurde. Der Rat betonte in seiner Vorrede, dass er Bonnus mit der Kirchenordnung beauftragt habe. Und der Bischof approbierte dieselbe durch sein Nachwort. Am 11. Mai 1543 trat die Stadtkirchenordnung in Kraft. Der kirchliche Wandel in Osnabrück war also mit dem Stadtherrn erfolgt – nicht wie andernorts gegen ihn. Allerdings wurden auch gegenüber dem Domkapitel Kompromisse eingegangen. In Osnabrück blieben Domkapitel, Domkirche – die ihren Pfarrstatus verlor – und Domschule katholische Einrichtungen; zwei der drei Bettelorden fielen an die Stadt, die Dominikaner aber konnten ihre Existenz sichern. Akzeptiert wurde in der Osnabrücker Kirchenordnung zudem, dass in der Pfarre des Johannesstifts weiterhin katholisch praktiziert wurde, da dies der Wunsch des Kapitels war.