Konflikt zwischen der Stadt Essen und der Äbtissin
Im März 1563 lehnte die Äbtissin das Ansinnen nach einer Kommunion unter beiderlei Gestalt erneut ab, nicht zuletzt, weil sie um ihre Rechte in der Stadt und im Reich fürchtete. Sie bat den Kaiser um Unterstützung. Gleichzeitig kam Barenbroich nach Essen, wo er am 28. April 1563 seine erste Predigt in der Hospitalkirche hielt und am 2. Mai die Kommunion im Sinne Luthers spendete. Offensichtlich scheute der Rat noch die Machtprobe mit der Äbtissin. Dann aber berief der Rat Barenbroich als Prediger an die Gertrudenkirche. Als jedoch die vom Kaiser eingesetzte Kommission in Essen eintraf, musste der Rat Saldenberg wieder sein Amt zugestehen. Der neue Prädikant zog fort. Es war nicht das letzte Mal, dass er die Stadt nach einer Berufung wieder verlassen musste. Der Rat argumentierte in den folgenden Verhandlungen, dass ihm das Ius reformandi gemäß des Augsburger Religionsfriedens zukomme, da man die Stellung einer Reichsstadt habe. Das traf aber juristisch nicht zu, wenngleich dieser Status auch vom Essener Rat beansprucht wurde, um sich von der Äbtissin zu lösen. Der Rat behauptete, die Fürstäbtissin habe keine Hoheitsrechte. Die kaiserliche Kommission forderte dagegen die Ausweisung des Predigers, doch kehrte dieser erneut zurück.
Im Herbst 1563 folgten weitere Verhandlungen, in denen die Stadt sich weiterhin als Reichsstadt darstellte und den Herzog von Kleve zu gewinnen suchte, indem man die Kommunion unter beiderlei Gestalt in den Vordergrund stellte, die auch in den herzoglichen Landen akzeptiert war. Die Äbtissin hingegen pochte auf ihre überkommenen Rechte an den Pfarrkirchen. Es kam zu einem Vermittlungsversuch der klevischen Räte, die im humanistischen Sinne vorschlugen, das Abendmahl wie im Herzogtum auf Wunsch unter beiderlei Gestalt zu reichen und hiermit die katholischen Geistlichen zu beauftragen. Dem aber widersetzten sich beide Parteien. In der Folge kam es am 26. Oktober 1563 zu einer Bürgerversammlung, auf der der Bürgermeister die Bürger aufforderte, ihren Glauben zu bekennen. Darauf entgegneten die Bürger, sie wollten an der Augsburgischen Konfession festhalten. Als Konsequenz setzte der Rat einen lutherischen Prädikanten neben Saldenberg ein, der im November 1563 die Deutsche Messe einführte. Der Rat bat dann den Pfalzgrafen Wolfgang von Zweibrücken offiziell, Barenbroich zu entsenden. Gleichzeitig wurde der Herzog um Schutz gebeten, den dieser aber ablehnte. Vielmehr forderte er die Stadt auf, alle Neuerungen einzustellen. Wohl aus Angst, der Essener Stadtrat könne dem Befehl folgen, gab die Bürgerschaft nun die Richtung vor: Saldenberg wurde von den Bürgern gezwungen, die Gertrudenkirche zu verlassen; der Rat setzte Barenbroich erneut ein und betonte, die Kirche sei eine „gemeine Bürgerkirche“. Diese Maßnahme in Religionsdingen sei statthaft, weil die Stadt die Reichsstandschaft besitze. Die Essener erkannten das Argument der klevischen Räte, die Stadt sei nur zusammen mit dem Stift ein Reichsstand, aber eben keine Reichsstadt, nicht an. Auch der herzogliche Kompromissvorschlag, die Kommunion unter beiderlei Gestalt im Anschluss an die katholische Messe zu reichen und die Taufe in deutscher Sprache zu spenden, wurde von beiden Seiten nicht akzeptiert. Man vertrat nun die Scheidung der Konfessionen. Allerdings legte der Rat im Dezember 1563 fest, dass man den Konvent der Stiftsdamen am Reichsstift und die dortigen Kanoniker sowie andere Geistliche nicht beschimpfen dürfte und dass die katholischen Zeremonien in den anderen Kirchen der Stadt ungestört bleiben sollten.