Einzug des neuen Administrators
Die zweite Phase der Reformation in der Stadt Paderborn begann mit der Übernahme der Herrschaft durch den neuen Administrator Hermann von Wied (1477–1552), seit 1515 Erzbischof von Köln. Dieser wollte zu seinem Amtsantritt feierlich in Paderborn einziehen und die Huldigung der Stadt entgegennehmen. Dieses Vorhaben war nichts Ungebührliches, weil der Erzbischof als gleichzeitiger Bischof von Paderborn auch der Stadtherr war. Nachdem der Bevollmächtigte des Erzbischofs die Städte des Hochstifts Paderborn und des Herzogtums Westfalen zur Vermittlung aufgefordert hatte, weil Hermann von Wied in dieser Situation Einzug und Huldigung nicht vornehmen wollte, bedrängten die anderen Städte den Paderborner Rat, dass er die „Teufelei“ abstellen sollte. Die Anhänger der Reformation aber waren erzürnt, dass die anderen Städte dieses verlangten. Ihren religiösen Protest brachten sie durch das Singen lutherischer Lieder und Predigten zum Ausdruck. Zudem wiesen sie diejenigen Personen aus, die sie nicht unterstützten.
Auch der Erzbischof versuchte, Rat und Bürgerschaft zu überzeugen. Er befahl, die „neuen Dinge“ abzustellen, bevor er seinen Einzug halte – er werde dann den Paderbornern eine neue Kirchenordnung erlassen. Doch dieses Angebot wurde abgelehnt. Wohl unter Verweis auf den Wahlspruch der Reformation „Gottes Wort bleibt in Ewigkeit“ betonte die reformationswillige Gemeinde, sie wollte bei dem Wort Gottes bleiben. Diese Losung gab sie den Boten auch schriftlich mit und hielt nun den Zeitpunkt für gekommen, einen Prädikanten einzusetzen.
Als allerdings am 10. August 1532 Hermann von Wied mit seinem Gefolge nach Schloss Neuhaus bei Paderborn kam, wollte der Rat auf einmal von seiner früheren Zusage gegenüber der Gemeinde und der Eidverbrüderung nichts mehr wissen und betonte stattdessen, er wolle alles tun, was der Erzbischof fordere. Um Loyalität zu demonstrieren, sandte der Rat dem Erzbischof Wein auf das Schloss, den dieser jedoch abwies. Er ließ dem Landtag mitteilen, dass für ihn der Tatbestand des Ungehorsams der Stadt Paderborn erfüllt sei. Auf Bitten der Stände wurde ein nochmaliger Schlichtungsversuch gestartet, doch den ständischen Gesandten konnte der Rat nur mitteilen, dass die Gemeinde bis zum Michaelstag (29. September), aber nicht länger, auf das Singen der neuen Lieder verzichten werde. Pünktlich am Michaelstag fingen die Anhänger der Reformation in der Franziskanerkirche erneut zu singen an. Dies war eine Provokation gegenüber dem Erzbischof und stellte den Anlass für einen innerstädtischen Konflikt mit den altgläubigen Bürgern dar. Diese boten in Gestalt der „Schützen“ dem Rat ihre Vermittlerdienste an und sandten ihren Vorsteher in die Franziskanerkirche. Doch dieser wurde von den dort anwesenden Frauen und Männern mit Steinen beworfen und verjagt. Die in der Kirche versammelten 250 reformatorisch gesonnenen Bürger traten zu einer Schwureinung zusammen. Sie wollten zusammenbleiben und lieber sterben als die neuen Gebräuche abzustellen. Es kreisten Gerüchte in der Stadt, die Aufständischen wollten Ratsmänner und katholische Geistliche erschlagen. Der Bischof ließ seinen Einritt verkünden; Rat und die „Gemeinheit“ (die 40er) sagten zu. Am 8. Oktober 1532 ritt der Erzbischof ein. Jetzt wurde der Ungehorsam erst recht deutlich, da die Lutheraner ihm faktisch die Huldigung verweigerten bzw. sich verstellten, denn zahlreiche Bürger ließen sich nach der Huldigung, also dem Treueid gegenüber dem Stadtherrn, so vernehmen, dass sie diesem zwar „treu und hold“ sein wollten, dass sie dies aber nicht daran hindere, das Evangelium zu verkünden und die Psalmen zu singen. Deshalb haben sie zum Schwur die ganze Hand aufgerichtet und nicht die zwei Finger der Hand wie üblich. Der Erzbischof, der mit starker Mannschaft in die Stadt eingeritten war, ließ die Bürgerschaft im geschlossenen Hof des Abdinghofklosters vor sich antreten, schloss die Tore und beschuldigte die Bürger, ohne seine Zustimmung eigene Prediger einzustellen und deutsche Psalmen singen zu wollen. Dieses sei Ungehorsam. Er ließ 16 Bürger ausrufen, diese verhaften und schickte die anderen nach Hause. Der Erzbischof war formal im Recht, und die Stadt zu schwach, sich mit einer gespaltenen Bürgerschaft zur Wehr zu setzen.
Nach dem Verhör unter Folter, unter der die 16 Angeklagten die Schwureinung bestätigten, wurden sie zum Tode verurteilt. Daraufhin ließ der Bischof eine Hinrichtungsstätte auf dem Marktplatz errichten. Die Verurteilten sollten die Beichte ablegen und sich auf den Tod vorbereiten. In der Urteilsbegründung heißt es, dass sie gegen das Gebot kaiserlicher Majestät gehandelt und auf „Zwietracht und Unfriede“ hingearbeitet haben. Zudem seien sie ihrem Rat ungehorsam gewesen und haben ihren Bürgereid gebrochen. Als die Verurteilten das Todesurteil vernahmen, fielen sie auf die Knie und baten um ihr Leben. Sie sollen dabei angegeben haben, durch falsche Prediger betrogen und verleitet worden zu sein.
Der Bischof zeigte sich nun milder gestimmt, wohl auch, weil er als Landesherr Gerechtigkeit und Gnade immer zu verbinden hatte. Zudem setzte in der Stadt ein „jämmerliches Schreien“ ein. 400 Frauen und Jungfrauen baten beim Bischof um das Leben der Männer. Diese wurden begnadigt, mussten aber nichtlutherische Bürgen stellen.