Verlust der städtischen Autonomie
In der Folgezeit musste der Rat, seit Ende Dezember 1531/Januar 1532 durch eine Blockade bedroht, die städtischen Autonomierechte gegenüber den beiden Stadtherren verteidigen: Auf die Vorhaltung des Herzogs von Kleve und des Grafen Simon V. zur Lippe, in Lippstadt seien von den 16ern eigenmächtig Ratsherren eingesetzt worden, antwortete der neue Rat, die Stadt habe das alleinige Ratswahlrecht; es gebe keine Mitsprache für die Stadtherren. Diese hätten nur darauf zu achten, dass der Treueid von den gewählten Ratsherren geleistet werde. Und auf die Weisung, alle Neuerungen müssten abgestellt werden, antwortete man mit dem Verweis auf den Vorrang des Wortes Gottes: Was das Gewissen und die Seligkeit angehe, werde in Lippstadt „Gottes Wort allein regieren, denn dieses geht das Reich Christi an und nicht das Reich der Welt“. Man gebe Christus, was Gott gehöre, und unseren „gnedigen Lantfürsten“, was ihnen gebühre, so die Anlehnung an das Bibelwort.
Daraufhin ließen sich die beiden Stadtherren auf Verhandlungen ein; die Blockade wurde aufgehoben, um einen Vergleich zu erzielen. Lippstadt lehnte den auf dem Vergleichstag in Dortmund (1. Mai 1532) erstellten Vorschlag ab, die klevische Kirchenordnung nach der humanistischen Reform einzuführen und die lutherischen Neuerungen einzustellen. Weitere Verhandlungen, die sich über zwei Jahre hinzogen und dann aufgrund der Belagerung der Täufer in Münster von Herzog und Graf unterbrochen wurden, änderten nichts an den Positionen. Daraufhin verhängte Herzog Johann erneut die Blockade der Stadt, die am 13. Juli 1535 zur Unterwerfung Lippstadts und in deren Gefolge zum zeitweiligen Autonomieverlust führten.
Die Prädikanten, darunter auch Johann Westermann, und die Anführer des Aufstandes von 1531 wurden der Stadt verwiesen. In einem Rezess vom 24. August 1535 wurden die kirchlichen Neuerungen verboten, die überkommenen Zeremonien wieder eingeführt und die humanistische Kirchenordnung Kleves zur Grundlage des Kirchenwesens erklärt.
Der Landesherr erlaubte, den von ihm entsandten katholischen Geistlichen, das Abendmahl unter beiderlei Gestalt zu spenden. Die Wahl des Rates war an den Konsens der Landesherren gebunden.