Der Reformationsprozess bis 1565
Anders als in der benachbarten Abtei Werden beeinflussten die Herzöge von Jülich-Kleve-Berg auch das Reichsstift Essen in der Reformationszeit. Die Via media des benachbarten Territorialkomplexes hielt in dem kleinen Stift Einzug, während sich die Stadt Essen gleichzeitig von der Abtei zu lösen versuchte und einen eigenständigen Weg einschlug. Die Beanspruchung des Status als Reichsstadt und die damit einhergehenden Konflikte zwischen Stadtrat und Fürstäbtissin traten in der konfessionellen Auseinandersetzung zwischen Stadt und Territorium offen zutage. Während sich die Stadt Essen für das Luthertum entschied und dieses in den Jahren zwischen 1560 und 1565 endgültig durchsetzen konnte, verblieb das Stift Essen, von den Herzögen von Jülich, Kleve und Berg beeinflusst, bei der Via media als einem reformkatholischen Sonderweg. Zuvor hatte die Stadt Essen vor allem aus steuerrechtlichen Gründen auf den Status als Reichsstadt verzichtet, als dieser ihr von Kaiser Karl IV. 1377 angeboten wurde. Sie begab sich stattdessen unter den Schutz der Abtei und des Herzogs von Kleve, konnte im Gegenzug aber in einem Vertrag von 1399 rechtliche und finanzielle Freiheiten vom Stift aushandeln. Mit Einführung der Reformation versuchte die Stadt, sich von dieser Regelung loszusagen und die eigenen Interessen innerhalb der Stadtmauern unabhängig von der Äbtissin durchzusetzen.
Das Essener Stift blieb von den Ideen der Reformation nicht unberührt, als sich nach 1530 die neue Lehre in den westfälischen Territorien etablierte. Einige Stiftsdamen, unter ihnen auch mehrere, die Grafenhäusern entstammten, die selbst die Reformation eingeführt hatten, interessierten sich offen für die Ideen Luthers. Der Äbtissin Sibylla von Montfort, sie regierte von 1534 bis 1551, wurde ebenfalls eine Nähe zur Reformation nachgesagt. Sie verblieb jedoch beim alten Glauben, allerdings in Form der Via media Jülich-Kleve-Bergs. 1538 führte Sibylla in der Stiftskirche St. Gertrud in Essen die Kirchenordnung Kleves von 1533 ein und verpflichtete den Pfarrer auf die Einhaltung dieser Auslegung des katholischen Glaubens Herzog Johanns III. von Kleve. Das bedeutete unter anderem die Austeilung des Abendmahls unter beiderlei Gestalt oder auch den Verzicht auf die Heiligenprozessionen. Als sich in der Stadt Essen ab 1540 eine eigenständige lutherische Gemeinde auszubilden begann, konnte die Äbtissin die Einführung der Reformation in der Stiftskirche abwenden, die Besetzung der Pfarrstelle an der Marktkirche jedoch nicht beeinflussen, sodass in der Folge eine gemischt-konfessionelle Stadt Essen dem offiziell altgläubigen Stift Essen gegenüberstand.
Unter den Nachfolgerinnen Sibyllas, ab 1551 führte Katharina von Tecklenburg das Reichsstift, fand keine Änderung der Situation statt. Katharina, die Schwester Konrad von Tecklenburgs, der in seinem Herrschaftsbereich die Reformation eingeführt hatte, hing vermutlich selbst der neuen Lehre an. Dennoch führte sie das Augsburger Bekenntnis während ihrer Amtszeit im Stift Essen nicht ein – nicht zuletzt, weil sie als mögliche Folge der Einführung mit ihrer Amtsenthebung hätte rechnen müssen. Eine Reformation des Stifts Essen hätte zudem neben der zu befürchtenden Absetzung Katharinas auch die Existenz des Stifts selbst in Frage gestellt. Diese Überlegungen haben die Äbtissinnen von Essen sicherlich beeinflusst, als sie entschieden, mit dem Stift beim alten Glauben zu verbleiben. Aus diesen Gründen ist es verständlicherweise nicht möglich, eine eindeutige Aussage über die persönliche Glaubenshaltung der Äbtissinnen zu treffen. Selbstzeugnisse in Form von Briefen oder Testamenten mit klaren Positionierungen haben sich nicht erhalten, die wenigen überlieferten Quellen lassen eine eindeutige Zuschreibung nicht zu.
Die Nachfolgerin Katharinas, Maria von Spiegelberg, führte das Stift Essen nur anderthalb Jahre lang von März 1560 bis September 1561. Über ihre konfessionelle Haltung ist ebenfalls wenig bekannt, in ihrer kurzen Amtszeit ergriff sie kaum Maßnahmen gegen die neue Lehre, förderte sie aber auch nicht. Ihr folgte Irmgard von Diepholz im Amt nach, der eine protestantische Überzeugung nachgesagt wurde. Als die Stadt Essen 1563 die Reformation einführte, klagte Irmgard jedoch beim Reichshofrat gegen diesen Schritt. Außerdem verhandelte sie mit den Kölner Jesuiten und versuchte, diese zur Einrichtung einer Niederlassung in der Stadt Essen zu bewegen. Nach außen hin agierte Irmgard nicht wie eine Vorkämpferin für die Sache Luthers.