Ausbreitung der lutherischen Lehre
In den Grafschaften Steinfurt und Bentheim wurde die Reformation durch Arnold II. eingeführt. Zusammen mit seinem Hofprediger Johann von Loen und dem Pfarrer der Gemeinde Ülsen, Hasenhart, führte Arnold eine landesherrliche Reformation, vergleichbar mit der Vorgehensweise Konrad von Tecklenburgs, durch. Graf Arnold ordnete 1544 eine Versammlung aller Pfarrer der beiden Grafschaften an, um den gräflichen Wunsch nach Einführung der Reformation zu verkünden. Neben von Loen und Hasenhart nahmen elf weitere Pfarrer teil. Eine Verordnung folgte, die die „Abschaffung der päpstlichen Religion, abergläubischer Zeremonien, Messopfer, Anrufung der Heiligen, Prozessionen, Weihwasser und dergleichen“ vorgab. Eingeführt werden sollte das Augsburger Bekenntnis, nach dem die Sakramente gespendet werden sollten und sich der Gottesdienst zu richten hatte. Die Einführung einer Kirchenordnung unterblieb jedoch.
Im Zuge der nur mündlichen Einführung der Reformation ohne schriftliche Fixierung der neuen Lehre, Kirchenverfassung und Gottesdienstformen kam es in den Grafschaften Steinfurt und Bentheim in den Jahren ab 1544 zu einer Ausbreitung einer gemischt-konfessionellen Liturgie: In den Gemeinden hielt vielerorts die lutherische Lehre Einzug, während die Pfarrer gleichzeitig an katholischen Traditionen festhielten. Die Messe wurde auf Deutsch gehalten, wogegen die Zeremonien der alten Kirche, einschließlich der Messgewänder beibehalten wurden. Das Abendmahl wurde in beiderlei Gestalt ausgeteilt, die Sakramente wurden hingegen in gleicher Weise wie vor der Reformation gespendet. Entsprechend wurde sich das Volk der „theologischen Unterschiede zwischen alter und neuer Lehre“ kaum bewusst (Alois Schröer).
Mittel landesherrlichen Engagements
Um die Reformation in seinen Herrschaftsgebieten durchzusetzen, griff Graf Arnold II. auf ähnliche Mittel zurück, wie vor ihm bereits Graf Konrad von Tecklenburg: Er nutzte vielerorts das Patronatsrecht, um ihm genehme Pfarrer einzusetzen und diese auf die neue Konfession zu verpflichten. So heißt es in der vom Grafen am 25. November 1544 ausgestellten Bestallungsurkunde für den Bentheimer Pfarrer Victor ter Haer, dass der neue Prädikant sich in seiner Predigt nach den „locis communibus Philippi Melanchthonis“ (den allgemeinen Grundsätzen Philipp Melanchthons) und dem Augsburger Bekenntnis zu richten habe. Nur „wat recht christelyck“ sei und mit der Heiligen Schrift übereinstimme, habe er zu verkünden.
Arnold II. ließ das Vermögen des Augustinerinnenklosters in Schüttorf einziehen, doch gelang es ihm nicht, weitere Klöster aufzulösen bzw. auf diese Einfluss auszuüben. Bei den Benediktinerinnen in Wietmarschen versuchte er, einen lutherischen Prediger zu installieren und die Güterverwaltung zu übernehmen. Doch das Kloster verbündete sich mit dem münsterischen Bischof Franz von Waldeck und wehrte diese Bestrebungen ab. Für die Augustinerinnen Schüttorfs sind keine Interventionen belegt. Im ehemals gräflichen Hauskloster Frenswegen scheiterte Arnold; der katholische Gottes- und Chordienst blieb erhalten. Erst Arnolds Sohn Everwin III. (1553–1562) gelang es 1560, einen Aufnahmestopp für weitere Novizen durchzusetzen. Arnold II. vermochte auch nicht, in sämtlichen Kirchen seiner Grafschaften neue Pfarrer einzusetzen – die Große Kirche in Burgsteinfurt blieb auch nach der Reformation im Besitz der dortigen Johanniterkommende, während die lutherische Lehre nur in der Kleinen Kirche und in der Schlosskapelle verkündet wurde. Insgesamt ging der Graf behutsam vor; er gestattete die Lehre der Confessio Augustana, verlangte aber, dass niemand zur Annahme des neuen Glaubens gezwungen werden dürfe und sprach sich ausdrücklich gegen einen Bildersturm in den Kirchen und Klöstern aus.
Dass die lutherische Lehre in den Landgemeinden der Grafschaften nicht allzu gefestigt war und die Ausbildung einer Frömmigkeit im Sinne Luthers nicht stattfand, zeigt das Beispiel Schüttorf. Wie andernorts auch, waren lutherische Geistliche von Tür zu Tür gezogen und ließen sich den Glaubenswechsel der Einwohner per Unterschrift oder Handzeichen bestätigen, ohne diesen aber die neue Lehre zu erklären. Der katholische Pfarrer der nahegelegenen münsterischen Gemeinde Emsbüren reiste daraufhin nach Schüttorf und konnte die Bewohner der umliegenden Bauerschaften für die alte Lehre zurückgewinnen.
Nach dem Tod Arnolds II. erfolgte eine Teilung des Besitzes: In der Grafschaft Bentheim trat der ältere Sohn Everwin III. 1553 das Erbe an. Der junge Graf, seit diesem Jahr auch mit Anna von Tecklenburg verheiratet, zeigte eine „betont katholiken-freundliche Haltung“ (Alois Schröer) und versuchte entsprechend auch nicht, die Etablierung der lutherischen Lehre in seinem Teil der Grafschaft zu fördern.