Archiv des Autors: Volker Frick

Elektronische Laborbücher: Ein Wegweiser

Das Laborbuch gilt als wichtiger Baustein zur Dokumentation von Forschungsprozessen und den dabei erhobenen Rohdaten. Heute wird das Laborbuch überwiegend in elektronischer Form als Electronic Lab Notebook, kurz ELN, geführt.

Da der Auswahl eines geeigneten Tools ein komplexer Entscheidungsprozess zu Grunde liegt, hat nun die Deutsche Zentralbibliothek für Medizin (ZB MED) – Informationszentrum Lebenswissenschaften einen ELN-Wegweiser, der umfassende Hilfestellungen gibt, veröffentlicht:

„Elektronische Laborbücher im Kontext von Forschungsdatenmanagement und guter wissenschaftlicher Praxis – ein Wegweiser für die Lebenswissenschaften“ (pdf)

Die beiden Autorinnen Birte Lindstädt und Beatrix Adam, Expertinnen auf dem Gebiet Forschungsdaten in der Medizin,  haben aus Interviews mit Fachleuten Best-Practice-Beispiele abgeleitet. In Infoboxen haben die Autorinnen hilfreiche Hinweise – überwiegend Webressourcen – zusammengetragen. Zwei Toolboxen können als nachnutzbare Werkzeuge individuell angepasst werden. Darüber hinaus enthält der ELN-Wegweiser konkrete Handlungsempfehlungen für Auswahl, Test und Einführung eines elektronischen Laborbuchs.

Somit gibt der Leitfaden den Verantwortlichen für Informationsinfrastrukturen sowie Forschenden notwendige Informationen rund um ELNs an die Hand. Dies unterstützt sie darin, den Entscheidungsprozess zur Auswahl eines geeigneten Tools individuell und bedarfsgerecht gestalten zu können.

Alle ZB MED-Informationen rund um das Forschungsdatenmanagement sind eingebunden in PUBLISSO, das ZB MED-Publikationsportal Lebenswissenschaften. Hier finden Sie auch weitere Informationen zum Forschungsdatenmanagement und zu Electronic Lab Notebooks.

Logo © ZB MED

„Paper of the Month“ Juli 2019 geht an Dr. Mirjam Gerwing aus der AG Wildgruber (Klinische Radiologie)

Für den Monat Juli 2019 wurde Dr. Mirjam Gerwing aus der AG Wildgruber (Institut für Klinische Radiologie) für die Publikation: The beginning of the end for conventional RECIST – novel therapies require novel imaging approaches in der Zeitschrift Nature Reviews Clinical Oncology, 16(7).2019, p. 442-58 [Volltext] ausgezeichnet.

Verbesserte Kenntnisse in der Tumorbiologie führen zu der Entwicklung neuer zielgerichteter Therapeutika. Die Selektion von geeigneten Patienten wird jedoch zunehmend schwieriger. Da historisch die Größe der Läsionen zur Therapieevaluation verwendet wurde, welche bei diesen Therapien oft nicht primär beeinflusst wird, werden Therapien unter Umständen voreilig beendet.

Es wurde die Problematik, dass das weitverbreitete RECIST eine inadäquate Methode ist, um das Therapieansprechen von zielgerichteten Therapeutika zu untersuchen, detailliert aufgearbeitet. Bei Verwendung der Tumorgröße als wegweisendes Kriterium bleibt die Tumorbiologie unberücksichtigt. Das ist problematisch, da es aufgrund einer Infiltration von Immunzellen, einer Ödembildung oder Hämorrhagie zu einer initialen Vergrößerung der Läsionen, dem sogenannten Pseudoprogress, kommen kann. Es gibt bereits zahlreiche Ansätze dieses Problem zu lösen, ein Großteil ist jedoch bislang nur in der präklinischen Forschung oder an einzelnen Probanden untersucht worden. Eine computergestützte Aufarbeitung der bereits aktuell in der Klinik akquirierten Bilder könnte daher die Lösung sein.

Die meisten Studien nutzen noch immer RECIST zur Evaluation des Therapieansprechens, was in Anbetracht der geschilderten Problematik erneut hinterfragt werden sollte. Klar ist jedoch, dass die Radiologie der klinischen Onkologie eine bessere Einschätzung des Therapieansprechens ermöglichen muss, wozu der Artikel hoffentlich künftig beiträgt.

Eine Liste aller bisherigen Gewinner der Paper of the Month – Auszeichnung finden Sie hier.

Der Paper of the Month – Aufsteller in der Zweigbibliothek Medizin bietet den Besuchern die Lektüre der Studie vor Ort an.

Foto: MFM/Christian Albiker

Netzwerkarbeiten: Zentralbibliothek am Samstag, 17.8. geschlossen

Die seit längerem andauernden Netzwerkarbeiten in der Universität- und Landesbibliothek (ULB) finden am Samstag, 17.8. mit dem „Neuverdrahten“ des zentralen Glasfaseranschlusses ihren Abschluss. Da während dieser Maßnahme die gesamte Zentralbibliothek von der „digitalen Außenwelt“ abgeschnitten sein wird, im Gebäude also weder Ausleihe noch Katalog- und Internetrecherche oder sonstige netzwerkbasierten Dienstleistungen (WLAN etc.) funktionieren, werden wir an diesem Tag die Zentralbibliothek schließen.

Bitte beachten Sie, dass diese Arbeiten keinerlei sonstige Auswirkungen auf die netzbasierten Dienstleistungen der ULB haben, da die Server nicht im Gebäude der Zentralbibliothek stehen, sondern im ZIV. Damit ist insbesondere in den dezentralen Ausleihbibliotheken ein regulärer Ausleihbetrieb gewährleistet, und die Nutzung von Website, Katalog und Nutzerkonten von überall her uneingeschränkt möglich.

Foto: joexx at photocase.com

Zum 50. Geburtstag wird das DIMDI vom BfArM übernommen

Die von Bundesgesundheitsminister Jens Spahn angeordnete Zusammenlegung des Deutschen Instituts für medizinische Dokumentation und Information mit dem Bundesinstitut für Arzneimittel und Medizinprodukte (BfArM) (siehe FAZ) hat dazu geführt, dass das DIMDI die Feiern für ein Festsymposion am 21. September anlässlich seines 50. Geburtstages abgesagt hat, wie Password Online jetzt meldete.

Password weiter:

Da das DIMDI über etwa 150 Mitarbeiter, das BfArM hingegen über 1.500 Angestellte verfüge, ließe sich auch von einer Übernahme des DIMDI durch das Bundesinstitut sprechen. Dazu passt, dass BfArM-Präsident Karl Broich die kommissarische Leitung des DIMDI übernehmen soll, sobald der jetzige Präsident des DIMDI, Dietrich Kaiser, zum 1. Oktober dieses Jahres in den Ruhestand gegangen ist. Die Fusionierung selbst soll im zweiten Halbjahr 2020 vollzogen werden. Die Struktur der klassischen Fachinformationsbranche, wie wir sie in den 80er und 90er Jahren kannten, zerfasert damit weiter und wird bald nur noch in Restbeständen vorhanden sein. Gesundheitsminister Spahn hat seine Anordnung mit einer besseren Ausschöpfung von Ressourcen und einer nach der Zusammenlegung besseren Zusammenarbeit zwischen den beiden nachgeordneten Behörden begründet. Die Anordnung selbst kam für das gesamte DIMDI überraschend, da sie in keine  Konsultation, die der Entscheidung Spahns vorangegangen wäre, einbezogen worden war. DIMDI war lange Jahre eine Pioniereinrichtung in der sich entfaltenden Fachinformationsbranche. Dietrich Kaiser trat 1986 in die Online-Branche ein. Das ursprünglich geplante Festsymposion wäre ein guter Anlass gewesen, die Repräsentanten der Pionierzeit noch einmal zusammenzuführen.

Dr. Oliver Obst, ehemaliges Mitglied des DIMDI-Beirats: „Nach dem Wegfall der Literaturdatenbanken vor zweieinhalb Jahren war das DIMDI für uns gestorben. Es hatte damit seine einst unverzichtbare Informationsvermittlungsrolle bei der Erstellung von Leitlinien, systematischen Reviews und allen weiteren Arten der Literaturrecherche aufgegeben. Die „feindliche Übernahme“ durch das BFARM wundert mich nicht. Es war der nächste logische Schritt. Tatsächlich ist dies aber ein schwarzer Tag für jeden Informationsvermittler.“

Logo © DIMDI

„Paper of the Month“ Juni 2019 geht an Dr. Marcel Trautmann aus dem Gerhard-Domagk-Institut für Pathologie

Für den Monat Juni 2019 wurden Dr. Marcel Trautmann aus dem Gerhard-Domagk-Institut für Pathologie, Sektion für Translationale Pathologie für die Publikation: Requirement for YAP1 signaling in myxoid liposarcoma in der Zeitschrift EMBO Molecular Medicine, 11(5).2019, p. e9889 [Volltext] ausgezeichnet.

Das myxoide Liposarkom (MLS) ist eine aggressive mesenchymale Krebserkrankung lipogener Differenzierung. Molekular zielgerichtete Therapien stehen nicht zur Verfügung. Die Mehrzahl von MLS exprimiert das Fused in Sarcoma: DNA Damage-Inducible Transcript 3 (FUS DDIT3) Fusionsprotein, welches als aberranter Transkriptionsfaktor fungiert. Die Mechanismen, durch die FUS DDIT3 die Tumorgenese von MLS treibt, sind bisher nur unvollständig verstanden.

Mittels eines genomischen RNAi-Screen konnte YAP1 in FUS-DDIT3 exprimierenden mesenchymalen Stammzellen als essentieller Effektor identifiziert werden. Immunhistochemische Analysen zeigten in MLS im Vergleich zu anderen Liposarkomtypen eine signifikant gesteigerte nukleäre YAP1 Expression. Suppression von YAP1 in MLS Zellen führte zu einer Reduktion der Zellviabilität, Zellzyklusarrest, zellulärer Seneszenz und Apoptose. Das chimäre FUS-DDIT3 Fusionsprotein stimulierte die Expression, die nukleäre Lokalisation und die transkriptionelle Aktivität von YAP1. In einem MLS Xenotransplantatmodell konnte die wachstumshemmende und pro-apoptotische Wirkung in vivo bestätigt werden.

Die detektierte YAP1 Abhängigkeit stellt Grundlage für einen rationalen Therapieansatz dar, um selektiv FUS-DDIT3 exprimierende MLS Zellen zu inhibieren. Als potentieller Biomarker kann die nukleäre Expression von YAP1 helfen, Patienten zu identifizieren, die in zukünftigen klinischen Studien von einer YAP1-gerichteten Therapie profitieren können.

Eine Liste aller bisherigen Gewinner der Paper of the Month – Auszeichnung finden Sie hier.

Der Paper of the Month – Aufsteller in der Zweigbibliothek Medizin bietet den Besuchern die Lektüre der Studie vor Ort an.

Foto: MFM/Christian Albiker

Literatur verwalten: RefWorks und Citavi im Vergleich

Die ULB Münster bietet im Rahmen ihrer Schulungen am Montag, 15.07.2019, um 10°° Uhr im Auditorium im 1. OG eine Veranstaltung zum Einstieg  in die Nutzung von RefWorks und Citavi an (Dauer  2 Std.).

Die Veranstaltung wendet sich primär an Studierende vor dem Examen und Promovierende und bietet

  • Nutzen und Funktionen von Literaturverwaltungsprogrammen
  • Grundfunktionen beider Programme
  • Unterstützung bei der Entscheidung für ein Programm

Voraussetzungen zur Teilnahme:

  • E-Mail-Adresse der Universität Münster
  • sicherer Umgang mit dem PC, Fachdatenbanken

Da die Teilnahme auf 14 Personen beschränkt ist wird um verbindliche Anmeldung gebeten.

© Grafiken: Citavi / RefWorks

Die neuen Impact Faktoren sind da: Release 2019 (Data 2018)

Ab sofort stehen die neuen Impact Faktoren unter der Adresse https://jcr.clarivate.com/ im Hochschulnetz zur Verfügung. Dort finden Sie alle Impact Faktoren ab 1997 und weitere „Key Indicators“ wie Immediacy Index, Eigenfactor und 5 Year Impact Factor.

Impact Faktor New England Journal of Medicine 2018

Der Impact Faktor des New England Journal of Medicine ist in 2018 unter die Werte der beiden Vorjahre gesunken.

Obacht: Unter der Adresse https://www.uni-muenster.de/ZBMed/recherche/zeitschriften/impact-faktoren.html finden Sie auch die Klasseneinteilungen der Impact Faktoren, allerdings noch mit Stand 2017! Wir werden die 2018er Impact Faktoren einarbeiten, sobald wir die Daten vom Anbieter Clarivate bekommen haben.

  • Die Datenbank wird gepflegt und aktualisiert, um den ständigen Fortschritt von Forschung und Wissenschaft widerzuspiegeln. Die Ausgabe 2019 umfasst 11.877 Zeitschriften aus über 80 Ländern, die in 236 Disziplinen gelistet sind. Von den Zeitschriften wurden 283 erstmals gelistet.
  • Eine sorgfältige Verwaltung der Fachkategorien, nach denen die Zeitschriften organisiert sind, ist unerlässlich, um eine logische Inhaltsbeziehung innerhalb der Kategorie aufrechtzuerhalten und sicherzustellen, dass die Kategorien für Forscher relevant sind und neue Forschungsgebiete aufnehmen können. Im Jahr 2019 wurden drei neue Kategorien eingeführt: Quantum Science & Technology (SCIE), Development Studies (SSCI) und Regional- und Stadtplanung (SSCI).
  • In diesem Jahr wurden siebzehn Zeitschriften aus den Journal Citation Reports entfernt, um die Integrität der Berichte zu gewährleisten, was 0,14% der aufgeführten Zeitschriften entspricht. The Journal Citation Reports ist der einzige Zitatindex, der Zeitschriften überwacht und ausschließt, die ein anomales Zitatverhalten aufweisen, einschließlich der Fälle, in denen es Hinweise auf eine übermäßige Selbstzitation von Zitaten gibt.
  • Webinar One: Journal Citation Reports: 2019 update, June 27, 2PM EDT, Register
  • Webinar Two: Journal Citation Reports: 2019 update, July 1, 10.30AM GMT, Register

 

Grafik © Clarivate Analytics JCR-Webseite

Study Landscape: 40 neue Einzel- und Gruppenarbeitsplätze in der ZB Medizin

Neben den Gruppenarbeitsräumen und den Einzelarbeitsplätzen (Tages-Carrels und Lesesaal) in der Zweigbibliothek Medizin steht nun ein weiterer Raum zum Lernen bereit.

Ab sofort kann der Raum im 1. OG durch die Tür zwischen den Schließfächern betreten und genutzt werden. Rechts finden sich 22 Gruppenarbeitsplätze, links 20 Einzelarbeitsplätze, voneinander getrennt durch Stellwände.

 

 

 

 

 

Als Zeichen Ihrer Wertschätzung unseres Angebots verlassen Sie bitte alle von Ihnen genutzten Räume der Zweigbibliothek Medizin in einem sauberen und aufgeräumten Zustand. Essen und Trinken ist im Bistro gestattet – durchsichtige Wasserflaschen sind erlaubt.

Unser Verhaltenskodex für eine exzellente Lernumgebung

Fotos ©  ZB Medizin

„Paper of the Month“ Mai 2019 geht an Dr. Begemann und Dr. Galic aus dem Institut für Medizinische Physik und Biophysik

Für den Monat Mai 2019 wurden Dr. Begemann und Dr. Galic aus dem Institut für Medizinische Physik und Biophysik  für die Publikation: Mechano-chemical self-organization determines search pattern in migratory cells in der Zeitschrift Nature Physics, online 06 May 2019 [Volltext] ausgezeichnet.

Bewegung ist die Grundvoraussetzung für viele zelluläre Funktionen. Um sich fortzubewegen verwenden adhärente Zellen das Lamellipodium, eine zelluläre Struktur, welche fortlaufend auswächst und sich zurückzieht. Trotz ihrer zentralen Rolle ist zur Zeit unklar, wie die Lebensdauer dieser dynamischen Struktur bestimmt wird.

Die Studie beschreibt einen molekularen Mechanismus der langlebige Lamellipodien und somit eine gerichtete Bewegung von Zellen ermöglicht. Da die hierfür notwendige Signalkaskade sich selbst organisiert, entstehen spontan komplexe Bewegungsmuster, welche von Zellen zur Suche verwendet werden, wenn äußere Stimuli fehlen.

Die Ergebnisse erweitern das Verständnis, wie Zellen ihre Bewegung steuern. Dieses Wissen bietet innovative Ansatzpunkte für zukünftige Studien zur Immunantwort oder Metastasierung von Tumorgewebe.

Eine Liste aller bisherigen Gewinner der Paper of the Month – Auszeichnung finden Sie hier.

Der Paper of the Month – Aufsteller in der Zweigbibliothek Medizin bietet den Besuchern die Lektüre der Studie vor Ort an.

Foto: MFM/Christian Albiker

UpToDate: Learning Forum Webinars

UpToDate bietet regelmäßig Webinars an, die aufgezeichnet dann auch später abrufbar sind, so dass in kurzer und knapper Form die wichtigsten Eigenschaften von UpToDate Advanced angeschaut werden können.

UpToDate Advanced umfasst:

  • UpToDate® Pathways – interaktive Lotsen unterstützen dabei, die richtigen Entscheidungen bezüglich spezifischer klinischer Fragestellungen zu treffen – unter Berücksichtigung der aktuellen Evidenz;
  • Lab Interpretation(tm) – hier helfen Monografien, rasch auffällige Laborergebnisse zu beurteilen und die nächsten Schritte in die Wege zu leiten.

Auf der Seite Learning Forum Webinars finden sie ältere neben finnischen und koreanischen meist englischsprachige Webinars wie Improving patient outcomes with clinical decision support oder Engaging patients in their medical care and treatment decisions.

Zur Nutzung genügt eine einmalige Registrierung.

 

Grafik © Wolters Kluwer

Was fordern Hochschulgruppen von der Bibliothek ?

Die Wahlen zum 62. Studierendenparlament (StuPa) an der Universität Münster enden heute. Bei der letzten Wahl 2018 lag die Wahlbeteiligung bei 19,91%, so hoch wie seit Jahren nicht …

Einige ausgewählte Forderungen einzelner antretender Listen beziehen sich auch auf die Bibliothekssituation:

So plädiert die Liberale Hochschulgruppe LHG (2018: 21,4%) für längere ULB-Öffnungszeiten, da Studierende durch Nebenjob, ehrenamtliche Tätigkeiten und Vorlesungen stark ausgelastet seien, so dass die Studierenden die ULB nutzen können, wenn sie Zeit haben. Vorrangig abends und am Wochenende sollte die Bibliothek länger geöffnet sein, in den ‚heißen‘ Phasen (Klausuren / Hausarbeiten) bis 02:00 Uhr.

Tatsächlich hat die ULB von Montag bis Freitag von 8-22 Uhr geöffnet, am Wochenende nur bis 20 Uhr (in den Klausurenphasen aber ebenfalls bis 22 Uhr). Die Zweigbibliothek Medizin hingegen hat recht komfortabel täglich von 8-24 Uhr geöffnet.

Der RCDS (2018: 17,5%) fordert in Bezug auf universitäre Bibliotheken ebenfalls längere Öffnungszeiten speziell in der Klausurenphase, des Weiteren eine Ausstattung mit Einzel-, Gruppen- und Steharbeitsplätzen sowie Ruheräumen und eine zuverlässige Klimatisierung.

Nun, die Zweigbibliothek Medizin bietet 30 Einzelarbeitskabinen, 50 ruhige Arbeitsplätze, zwei Gruppenarbeitsräume und einen Ruheraum an. Projektioniert ist eine weitere Aufstockung der Anzahl der Einzelarbeitsplätze. Die Forderung nach einer Klimaanlage begleitet die ZB Medizin seit Anbeginn, und tatsächlich sind die Einbauarbeiten jüngst begonnen worden.

Die Liste (2018: 11,1%) schlägt vor dem Hintergrund der zunehmenden Digitalisierung vor, die durch die Onlineverfügbarkeit freigewordenen Bibliotheksräume in Wohnraum umzuwandeln, da Café und sanitäre Einrichtungen schon vorhanden seien und Diskussionen um längere Öffnungszeiten, ausleihbare Ladekabel und Getränke diesseits von H2O sich darob erübrigen würden.

Nun, tatsächlich frei werdende Bibliotheksflächen werden ‚umgewidmet‘, dass heisst, es werden in der Zweigbibliothek Medizin weitere Arbeitsplätze innerhalb des Lernortes Bibliothek geschaffen.

Weitere im bisherigen StuPa vertretene Hochschulgruppen:

CampusGrün (CG) (2018: 24,7%)
Juso Hochschulgruppe (Juso-HSG) (2018: 19,2%)
SDS.dieLinke (2018: 4%)
Demokratische Internationale Liste (DIL) (2018: 2,1%]

Grafik © stupa.ms