Der 1964 mit Johannes Remmers besetzte Lehrstuhl für Geschichte und Theologie der östlichen Kirchen wurde mit einer Assistentenstelle ausgestattet, die ab dem 1. Dezember 1964 der aus Griechland stammende orthodoxe Theologe Anastasios Kallis (*1934) inne hatte. Nach seiner Promotion habilitierte sich Kallis 1978 als erster nicht-katholischer Theologe an einer Katholisch-Theologischen Fakultät in Deutschland und übernahm 1980 den neugeschaffenen Lehrstuhl für Orthodoxe Theologie an der Katholisch-Theologischen Fakultät, der Abteilung II des Ökumenischen Instituts zugeordnet war. 1999 wurde Anastasios Kallis emeritiert.
Nach einer mehrjährigen Vakanz wurde der Lehrstuhl 2005 mit dem aus dem Libanon stammenden orthodoxen Theologen Assaad Elias Kattan wieder besetzt. Seither ist der Lehrstuhl nicht mehr der Katholisch-Theologischen Fakultät und dem Ökumenischen Institut, sondern dem 2003 gegründeten Centrum für religionsbezogene Studien zugeordnet. Zwischen dem Lehrstuhl für Orthodoxe Theologie und dem Lehrstuhl für Ostkirchenkunde und Ökumenik des Ökumenischen Instituts gibt es weiterhin eine enge Kooperation, die sich in gemeinsamen Lehrveranstaltungen und Oberseminaren niederschlägt.