Die Schreiben vom 9. und 14. Juni 1960
Am 10. Juni 1960 erhielt der Kurator der Universität postalisch den auf den 9. Juni 1960 datierten positive Bescheid seitens des Kultusministers über die „Errichtung eines Katholischen Ökumenischen Instituts“. Zugleich beauftragte der Kultusminister im selben Schreiben „Herrn Prof. Dr. Hermann Volk mit der Leitung dieses Instituts“. Auch die Bewilligung einer Assistentenstelle wurde durch den Kultusminister – einen entsprechend Antrag vorausgesetzt – „zum Rechnungsjahr 1962“ in Aussicht gestellt:

Der Kurator der Universität teilt die Bewilligung der Errichtung des Instituts dem Dekan der Fakultät, Prof. Dr. Dr. Hermann Volk, in einem auf den 14. Juni 1960 datierten Schreiben mit:

Der Name des Instituts
In einem Schreiben vom 15. August 1960 bat Hermann Volk den Kurator der Universität um die Umänderung der Bezeichnung des Instituts von „Katholisches ökumenisches Institut“ zu „Katholisch-Ökumenisches Institut“, einer Variante, die der Kurator – wohl versehntlich – in einem Anschreiben an das Institut zuvor verwendet hatte. Volk teilte mit, dass ihm diese Bezeichnug besser gefalle, „da sie sich leichter spricht und das Gemeinte gut zum Ausdruck bringt“. Diese Bezeichnung trug das Institut fortan. Erst seit 1992 firmiert das Institut unter dem Namen „Ökumenisches Institut“.
1960–1964: Ein Institut ohne eigene Lehrstühle
Zu Beginn verfügte das Institut nur über eine wissenschaftliche Hilfskraft und eine Angestellte. Erst 1964 sollten zwei eigene Lehrstühle für Ökumenische Theologie eingerichtet und besetzt werden. Die dem Lehrstuhl für Dogmatik zugewiesenen Assisenten übernahmen auch Aufgaben des Instituts. Bis zum 28. Februar 1962 war dies Heribert Mühlen (1927–2006, später Professor in Paderborn) und von April 1962 bis August 1964 Peter Lengsfeld (1930–2009), der 1967 selbst einen der beiden 1964 geschaffenen Lehrstühle übernehmen sollte. Zum 1. August 1960 wurde Ernst Feil (1932–2013, später Professor in München) als wissenschaftliche Hilfskraft eingestellt. Die wissenschaftliche Arbeit war in den ersten Jahren durch den Aufbau der Bibliothek sowie vor allem durch die Beratertätigkeit des Gründungsdirektors Prof. Dr. Dr. Hermann Volk bei den Vorbereitung des Zweiten Vatikanischen Konzils bestimmt.
Nachdem Hermann Volk am 22. Mai 1962 zum Bischof von Mainz ernannt wurde und aus der Fakultät ausschied, wurde zunächst der Neutestamentler Prof. Dr. Joseph Gewiess (1904–1962) kommissarischer Direktor des Instituts. Nach Gewiess' unerwartetem Tod am 4. Dezember 1962 übernahm der Pastoraltheologe Prof. Dr. Theodor Filthaut (1907–1967) diese Rolle, bis am 1. Juli 1964 schließlich der Trierer Kirchenhistoriker und Experte für Reformationsgeschichte Prof. Dr. Erwin Iserloh zum Professor für Ökumenische Theologie und Direktor des Instituts (Abteilung I) ernannt wurde.