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PubMed: Suche nach Alternativmethoden zu Tierversuchen

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Die wegen ihres innovativen PubMed-Interface GoPubmed (PDF) bekannte Dresdener Firma Transinsight bietet nun mit der Unterstützung von BASF die Datenbank (besser ‚Interface‘) „Go3R“ an. Diese verfügt über einen intelligenten Filter für Alternativmethoden zu Tierversuchen. Sie müssen also bei jeder Suche immer auf die oberste Kategorie „3R Relevance Filters (Beta)“ klicken, um zu diesen „alternativen“ Papern zu kommen. Diese sind zusätzlich durch ein Go3R-Siegel gekennzeichnet (siehe rechts). Darüber hinaus werden – wie aus GoPubMed bekannt – die Suchergebnisse nach Wissensgebieten kategorisiert, in denen man komfortabel weiter herumstöbern kann (die dann aber nichts mehr mit Alternativmethoden zu tun haben).

  1. Bei Recherchen denken Sie auch bitte an die frei verfügbare Datenbank der Zentralstelle zur Erfassung und Bewertung von Ersatz- und Ergänzungsmethoden zum Tierversuch (ZEBET) über Alternativen zu Tierversuchen AnimAlt-ZEBET, die beim DIMDI bzw. MedPilot aufliegt (weitere Infos).
  2. Lesen Sie auch bitte: Chilov et al.: Using MeSH to Search for Alternatives to the Use of Animals in Research (nur Universität Münster)
    • Trick 1: Replacement: Once the initial broad research topic/objective search is done, the Boolean operator “OR” can be used to create a single search set of all articles indexed with either the “Animals” or “Humans” MeSH terms. The Boolean operator “NOT” is then applied to the search in order to exclude these articles from the final results set of citations. As such, this final set of articles should hopefully include everything but animal or human experimentation with regard to this topic.
    • Trick 2: Create a search strategy using MeSH terms that actually describe the possible non-animal methods themselves. This strategy can include, for example, the MeSH terms “Computer Simulation,” “Cadaver,” “Aborted Fetus,” etc. Exploring the MeSH hierarchy is a good way to compile terminology for other possible alternative models/methods. For example, the MeSH terms found under the broader heading “Models, Theoretical” could be utilized if these are deemed to be applicable to a protocol
    • Substituting animal with “lower” organisms (less-sentient species). If non-animal replacements are not available, substituting animals with phylogenically “lower” organisms is also an option. Such a search can be achieved, for example, in the above-mentioned case study, by exploding
      the MeSH term “Animals” and then excluding from that results set all. of the articles indexed with the MeSH term “Mammals”. This example assumes that non-mammal subjects would be reasonable alternatives for this research protocol. In another case, for example, if the researcher was experimenting on primates, a “lower” organism substitute could be one from the rodentia order. Alternatively, if the researcher is already aware of potential “lower” organism candidates for substitution, these can be searched upon directly using the MeSH terms that describe them and then combined together in one search set using the Boolean operator “OR.” For example, the researcher may wish to consider “Guinea Pigs” or “Rabbits” as possible substitutes.

„iTunes für PubMed“

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Picture by gPapers

Folgende Anwendungen helfen, eigene oder aus Datenbanken wie z.B. PubMed heruntergeladene PDFs zu speichern, zu archivieren und zu organisieren. Sie werden deshalb auch als „next-generation academic reference manage systems“ oder „iTunes für PDFs“ bezeichnet. Teilweise ist es noch nicht einmal nötig, die Angaben zum Artikel (Autor, Titel, Journal) selber einzugeben oder von PubMed herunterzuladen, sondern sie werden automatisch aus dem Verlags-PDF extrahiert (z.B. PubMedPDF). Lesen Sie dazu auch die aktuelle Nature News: Programs promise to end PDF paper-chase. Mit „Single ware“ sind Anwendungen für den individuellen Nutzer gemeint, mit „Group ware“ Anwendungen, die den Austausch/Empfehlung von PDFs erlauben.

Anwendungen für PDF-Management

Ohne PubMed-Support Mit PubMed-Support
Single ware
Group ware

Werde diese Liste von Zeit zu Zeit aktualisieren. [Thanks to TechCrunch | David Rothman: here, here and here]

med – Das Magazin der Zweigbibliothek: Ausgabe 2-2008

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Inhalt:

– Editorial: Was wir mit Ihren Studienbeiträgen machen
– Studienbeiträge – Wo gehen sie hin?
– Subito-Lieferungen wieder per Email
– DRM-Verschlüsselung ärgerlich
– BioMed Central: Bibliothek übernimmt 50% der Kosten für Open Access Artikel
– LiteraturLektion1: PubMed
– Taskforce Bibliothek+Fachschaft: Interview mit Volker Frick
– News
– PubMed versus Google: Können Wissenschaftler nur Google?
– Eine Wikipedia für die Fakultät
– PubMed News
– Neuerscheinungen

Die neue Ausgabe der Bibliothekszeitung med finden Sie sowohl bei issuu (Flash, s.o.) als auch bei Miami (PDF). Die gedruckten Exemplare finden sie ab nächster Woche in der Bibliothek und im Zeitungsregal der Personalkantine. Darüber hinaus werden allen Instituten und Kliniken Exemplare zugeschickt.

8 Millionen Volltexte in PubMed

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Mit heutigem Datum stehen Ihnen mehr als 8 Mio. Volltextartikel in PubMed zur Verfügung – genau 8.001.567. Von diesen Artikeln stehen 2,35 Mio. frei als Open Access oder Embargo-Zeitschrift zur Verfügung, 5,65 Mio. wurden von der Zweigbibliothek Medizin lizenziert (als Universitäts- oder National-Lizenz). Insgesamt entspricht die Zahl der Volltexte ca. 45% aller PubMed-Zitate.

Zusätzlich sind hundertausende weitere Volltext-Artikel von der Bibliothek lizenziert, aber aus folgenden Gründen nicht in PubMed nachgewiesen:

  • Die Zeitschrift wird nicht von PubMed indexiert (deutschsprachige oder ältere als 1950)
  • Die Zeitschrift liefert PubMed keine Volltext-Links
  • Die Volltext-Links in PubMed zeigen auf eine nicht lizenzierte Version der Zeitschrift (NEJM)

Denken Sie also immer daran, dass Sie sich nicht nur auf den orangen Volltext-Button in PubMed verlassen können, sondern zusätzlich noch unser Zeitschriftenverzeichnis konsultieren!

Neu: Faculty of 1000 Biology

Der Test der beiden Rezensionsdatenbanken Faculty of 1000 Biology und Faculty of 1000 Medicine führte nun zu der Abonnierung der ersteren Datenbank. Faculty of 1000 Biology ist älter, größer und wird häufiger genutzt als die entsprechende Datenbank für die Medizin.

Mehr als 2.000 Wissenschaftler rezensieren Zeitschriftenartikel ihres Forschungsgebietes für diese Datenbank: „by scientists for scientists“. Außer der Beschreibung des Wertes eines Artikels für das Forschungsgebiet wird er anhand einer Punktescala als „recommended“, „must read“ oder „exceptional“ gewertet und erhält zusätzliche Etiketten, wie „hypothesis“, „controversial findings“ u.ä. Artikel aus kleineren oder fachfremden Zeitschriften werden besonders gekennzeichnet. Bei künftigen Recherchen in Pubmed wird immer dann ein Logo in der Vollansicht eingeblended, wenn ein Artikel in Faculty of 1000 Biology rezensiert wurde. [Meldung der ULB]

Umlaute in PubMed

In PubMed können nuch auch Umlaute dargestellt und gesucht werden, wie das Technical Bulletin meldet. Es ist also möglich, nach einem Forscher „Müller“ zu suchen. Wundern sie sich aber nicht, wenn sowohl Autoren namens Müller als auch Muller gefunden werden, denn PubMed übersetzt den Autorennamen im Hintergrund in „Muller“ und sucht auch danach.

Cave! Suchen Sie zusätzlich auch nach „Mueller“, denn die Umsetzung von Umlauten beim Autor, Verlag oder PubMed kann auch diese Schreibweise umfassen.

Third Partys PubMed Tools

Als Third Party PubMed Tools werden Webseiten oder Datenbanken bezeichnet, die es ermöglichen, PubMed unter einer neuen Oberfläche oder in neuen Zusammenhängen/Aspekten zu durchsuchen. Der amerikanische Blogger Rothman hat eine Liste dieser Tools zusammengestellt:

med – Das Magazin der ZB Med: 2. Ausgabe 2007

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Sie können unter dem folgenden Link die zweite Ausgabe 2007 von med – Das Magazin der Zweigbibliothek Medizin als PDF (0,7MB) herunterladen. med wird ab nächster Woche in der Bibliothek und der Kantine verfügbar sein und allen Instituten und Kliniken zugesandt werden. Ich hoffe, Aussehen und Inhalt gefällt Ihnen!

Inhalt:

  • Geht nicht, gibt’s nicht – Bibliotheksdienste auf einem Kongress
  • Ich hätte da mal eine Frage
  • Was wird aus subito?
  • Buchkritik: Auf des Messer’s Schneide
  • Online-Lehrbücher systematisch
  • Dissertationen der Fakultät
  • Alte & Neue Mitarbeiterinnen
  • Bibliothek platzt aus allen Nähten
  • PubMed: Neuigkeiten zur wichtigsten Literaturdatenbank in der Medizin

Ich hätte da mal eine Frage: Welchen Browser für PubMed nehmen?

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Frage:
Wenn ich in PubMed einen Artikel aufrufe, stürzt meine Browser (Firefox 1.07) regelmässig ab. Welche Browser arbeiten gut mit PubMed zusammen, welche nicht?

Antwort:
Die neue PubMed-Suchmaschine Entrez 2.0 brachte neben einigen Kinderkrankheiten auch höhere Anforderungen an die Browser der Nutzer mit sich. Die National Library of Medicine hat nun eine Liste derjenigen Browser veröffentlicht, die mit Pubmed gut und weniger gut zusammenarbeiten. Ihr Browser ist nicht aufgeführt. Da es sich aber um eine betagte Vorläuferversion eines „B“-Browsers handelt, würde ich Ihnen dringend einen Update auf die aktuelle Firefox-Version 2.0.0.4 raten.

A: Browser, die intensiv getestet wurden und gut funktionieren:

  • Windows: IE 7.0, IE 6.0, Firefox 2.0, Opera 9
  • Macintosh: Safari 2.0 on OSX 10.4, FireFox 2.0 on OS X 10.2-10.4, Opera 9
  • Solaris (Sun OS 10): FireFox 2.0, Opera 9

B: Browser, die halbwegs vernünftig funktionieren:

  • Windows: FireFox 1.5, SeaMonkey 1.1.2, Netscape 8.2 & 9.0
  • Macintosh: FireFox 1.5, iCab on OS 9 (with some problems)

C: Browser, die nicht funktionieren und aktualisiert werden sollten:

  • Windows: Netscape 7.2, Mozilla 1.7, IE 5.0, IE 5.5 SP2
  • Macintosh: Safari, all pre 2.0 versions, Mozilla 1.7, Macintosh IE

Quelle: PubMed Frequently Asked Questions

SFX – Treffende Tricks

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Mit dem Linking-Service SFX bietet Ihnen die ULB Münster jetzt einen schnellen und komfortablen Weg vom Treffer einer Literatursuche zum Dokument. Wenn Sie in Fachdatenbanken recherchieren, finden Sie bei der Trefferanzeige künftig oft den Button „Get IT / ULB MS“ (s.o.). Beim Klicken auf den Button öffnet sich eine Serviceseite, die Ihnen Beschaffungswege für die gewünschte Literatur anbietet, wenn möglich den direkten Link zum elektronischen Volltext, ansonsten auch Links zum OPAC oder zur Fernleihbestellung. In der Einführungsphase setzen wir diesen Service zunächst in einigen Datenbanken ein, z.B. Business Source Premier, EconLit, GeoRef, MLA, PsycInfo, SciFinder, BDSL, WISO. [aus den ULB Nachrichten]

Nachtrag: Die Integration von SFX in PubMed ist erfolgt. Bitte benutzen Sie diese URL für Ihre PubMed-Suche, wenn Sie die SFX-Möglichkeiten ausprobieren wollen.

Lassen Sie Datenbanken für sich arbeiten

Mit Datenbank-Alerts z. B. im Web of Science, in Medline oder auch der Digitalen Bibliothek NRW können Sie einmal formulierte Abfragen in regelmäßigen Abständen ausführen lassen und erhalten die Ergebnisse per E-Mail oder als RSS-Feed direkt auf Ihren Computer geliefert. Einfacher geht es kaum, auf dem Laufenden zu bleiben. Eine Übersicht dazu finden Sie als Word-Datei bzw. als PDF-Datei (mit anklickbaren Links). [Mit fr. Erlaubnis von Frau Seidel, Zweigbibliothek Chemie]