Die Ursprünge des Bibelmuseums liegen in Schenkungen und Dauerleihgaben von Bischof Hermann Kunst, der Familie Aland und – seit 1998 – großzügigen Dauerleihgaben von Dr. Martin Schøyen, Oslo. Derzeit befinden sich rund 5.100 Objekte in der Datenbank. Im Museum sind in den beiden Vitrinen etwa 1.500 Objekte, zumeist wie in einer Bibliothek aufgestellt, zu sehen.  Es handelt sich bei dem Großteil der Sammlung um Bibeln und theologische Schriften unterschiedlichen Alters, Größe, Erhaltungszustandes und Materialität. Zudem finden sich eine Reihe an archäologischen Objekten, Autographen der Reformationszeit, Kunstobjekten und auch Portraits (Stiche) beispielsweise von Personen der Reformationszeit. Hervorzuheben sind die derzeit 123 Handschriften aus der Zeit vom 2. bis 18. Jahrhundert mit biblischem Text.

Das Bibelmuseum ist Fenster für die Arbeit des INTF und der wissenschaftlichen Forschungsgeschichte zur textkritischen Arbeit und vermittelt anhand der aktuellen Rekonstruktion des „Urtextes“ die textlichen Veränderungen, die sich beispielsweise durch die Übernahme bzw. die Übersetzung in der Einheitsübersetzung 2016 und der Lutherbibel 2017 widerspiegeln.

Das Bibelmuseum zeigt mehrere Ausstellungen im Jahr, in denen anhand von Originalen die Überlieferungsgeschichte der Bibel von den handschriftlichen Anfängen bis heute dargestellt werden. Aufgrund der konservatorischen Anforderungen und Gegebenheiten orientierten sich die Ausstellungen bzw. der Ausstellungsrhythmus am Kirchenjahr. Zu den großen christlichen Festen wie Weihnachten und Ostern zeigt das Museum entsprechend je eine Ausstellung aus eigenen Beständen, ergänzt durch Dauerleihgaben. Im Sommer wird jeweils eine große Sonderausstellung zu einem biblischen Thema gezeigt. Leihgaben stammen hierbei aus großen nationalen Museen.

Das Museum als Ort der Vermittlung und Bildung ist als außerschulischer Lernort anerkannt und wird entsprechend von Schulen (Grundschulen, weiterführende Schulen, Berufsschulen) entsprechend frequentiert. Zudem finden regelmäßig Lehrerfortbildungen im Bibelmuseum statt.

Das Bibelmuseum gibt in seiner Reihe „Biblica Monasteriensia“ Ausstellungskataloge zu den jährlichen großen Sonderausstellungen heraus.