Die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler tragen die in den unterschiedlichen vatikanischen Archiven verstreuten Bittschreiben und die dazu gehörenden einschlägigen Quellen zusammen. Sie rekonstruieren die weiteren Schicksale der hier vorkommenden jüdischen NS-Opfer auf der Basis dieser sowie nationaler wie internationaler Online-Quellen und publizieren die Ergebnisse im Rahmen einer kritischen digitalen Edition. In regelmäßigen Abständen arbeiten sie dafür vor allem im Apostolischen Vatikanischen Archiv und dem Archiv des Staatssekretariats. Weitere römische Archive, wie das Archiv der Glaubenskongregation, das Generalatsarchiv der Jesuiten, das Archiv der Päpstlichen Universität Gregoriana und verschiedene Ordensarchive werden im weiteren Projektverlauf ebenfalls konsultiert.

Apostolisches Vatikanisches Archiv (AAV)

Das AAV ist das Zentralarchiv des Heiligen Stuhls und damit das größte und wichtigste der vatikanischen Archive. Bis Oktober 2019 hieß das AAV Vatikanisches Geheimarchiv (Archivio Segreto Vaticano/ASV), was immer wieder falsch interpretiert wurde. Denn der Begriff "geheim" verweist auf das persönliche Archiv des Papstes im Unterschied zu den Archiven kirchlicher Behörden und hat nichts damit zu tun, dass dort geheime Akten unter Verschluss gehalten werden.
Insgesamt sollen 85 Regalkilometer Akten im AAV gesammelt sein - davon entfallen allein 400.000 Schachteln auf die seit dem 2. März 2020 zugänglichen Bestände aus dem Pontifikat Pius' XII.

Historisches Archiv des Staatssekretariats (ASRS)

Das Historische Archiv des Staatssekretariats (ASRS) in seiner heutigen Form existiert erst seit ungefähr zehn Jahren. Hier werden die Akten der Kongregation für die Außerordentlichen Kirchlichen Angelegenheiten aufbewahrt. Sie enthalten Dokumente, die sich mit der Politik gegenüber den Staaten weltweit befassen. Dementsprechend gibt es Länderserien und einen bedeutenden Bestand "Stati Ecclesiastici", der übernationale Fragen behandelt. Obwohl diese Kongregation unter Pius XII. an Einfluss verlor, sind ihre Bestände äußerst bedeutend.