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Compiler

MPI

Als Standard MPI-Version sollte Intel MPI in Version 4 verwendet werden. Das entsprechende Modul wird per

module add mpi/intel/4.0.0.028
geladen.

Weitere Varianten:

mpi/intel/3.2.2.006 Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt
mpi/mpich2/intel/1.3.1b  
mpi/mpich2/intel/1.3.2  
mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2 MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft
mpi/mvapich2/intel/stable  
mpi/openmpi/gcc/1.4 OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt
mpi/openmpi/intel/1.5.1 dito mit Intel Compiler

Bibliotheken

Debugger/Profiler

Allinea DDT

Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul

module add ddt/2.6.1
laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.

Sonstiges

R

Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:
module rm intel/mpi
module add mpi/openmpi/gcc/1.4
Einen Knoten reservieren
qsub -I -A ...
mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca
Programm ausführen... Rmpi wieder beenden:
mpi.close.Rslaves()
mpi.quit()

-- HolgerAngenent - 2011-04-04

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Topic revision: r4 - 2011-07-27 - HolgerAngenent
 
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