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Auf Palma verfügbare Software

Im folgenden Teil eine Übersicht über die Module ("module av") und was sie bewirken. Module können mit "module add _Modulname_" geladen werden, "module show _Modulname_" liefert Infos über die gesetzten Umgebungsvariablen

Compiler

Serielle Compiler

Setzen die Umgebungsvariablen CC, CXX, FC und FLAGS_FAST

intel/2016a Version 16 der Intel Compiler Suite, inkl. C/C++ und Fortran
GNU/5.1.0-2.25 GNU Compiler in Version 5.1. Aus Performancegründen wird zur Verwendung des Intel Compilers geraten.

MPI

Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90

impi/5.1.2.150-iccifort-2016.1.150-GCC-4.9.3-2.25 Intel MPI, wird automatisch durch intel/2016a geladen
OpenMPI /1.10.2-GCC-5.3.0 Falls Intel MPI nicht funktioniert. Ist mit GCC in Version 5.3 übersetzt
OpenMPI /1.8.4-GCC-4.8.4 Falls Intel MPI nicht funktioniert. Ist mit GCC in Version 4.8.4 übersetzt

Bibliotheken

FFTW/3.3.4-intel-2016a Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler, lädt dessen Modul automatisch.
imkl/11.3.2.181-iimpi-2016.02-GCC-4.9.3-2.25 Intel Math Kernel Library. Lädt automatisch intel/2016a

Debugger/Profiler

Allinea DDT

Paralleldebugger für MPI und OpenMP. (Link zur Seite des Herstellers) Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul

ddt/6.1

laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.

Intel Trace Analyzer and Collector

itac/9.1.0.015 Intel Trace Analyzer and Collector. Zur Performanceanalyse von MPI parallelisierten Programmen.

Intel Inspector

Inspector/2015_update1 memory error and thread checker tool for C, C++, C# .NET, and Fortran

  • (optional) um gefundene Fehler im Code auffinden zu können, mit der Option "-g" kompilieren
  • GUI mittels "inspxe-gui" aufrufen
  • Projekt anlegen
  • "New Analysis" auswählen
  • Programm auf Probleme wie Speicherprobleme, Speicherlecks, Data Races und Deadlocks untersuchen

Intel VTune

VTune/2013_update10 Performanceengpässe finden
Achtung! Aufgrund eines Bugs im Prozessortyp, der auf palma1 verwendet wird, darf das Programm auf keinen Fall auf dem Headnode zum Daten sammeln eingesetzt werden. Auf palma50 ist dies problemlos möglich.

  • GUI mittels "amplxe-gui" aufrufen *

Sonstiges

Matlab Mathematica and Maple

Die Module für die aktuellen Version von Matlab, Mathematica and Maple heißen

mathematica/9.0.1
matlab/R2015a
maple/Maple17
Sollen die Programme mit dem GUI über das Batchsystem gestertet werden, siehe diese Anleitung

R

R/3.2.3-intel-2016a R übersetzt mit Intel Compiler

-- HolgerAngenent - 2011-04-04

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Topic revision: r15 - 2016-09-07 - HolgerAngenent
 
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