Difference: Palma:software (12 vs. 13)

Revision 132016-08-19 - HolgerAngenent

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META TOPICPARENT name="PALMA"

Auf Palma verfügbare Software

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Compiler

Serielle Compiler

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 Setzen die Umgebungsvariablen CC, CXX, FC und FLAGS_FAST
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compiler/intel/12 Version 12 der Intel Compiler Suite, inkl. C/C++ und Fortran
intel/cc/11.1.059 Intel C und C++ Compiler
intel/fc/11.1.059 Intel Fortran Compiler
studio/12.2 Oracle Studio Compiler, nur zu Testzwecken gedacht
pgi/11.3 PGI Compiler inkl. des PGI Accelerators, der mittels einfacher Pragmas GPU fähigen Code erzeugen kann
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intel/2016a Version 16 der Intel Compiler Suite, inkl. C/C++ und Fortran
GNU/5.1.0-2.25 GNU Compiler in Version 5.1. Aus Performancegründen wird zur Verwendung des Intel Compilers geraten.
 

MPI

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Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90

mpi/intel/4.0.0.028 Intel MPI in Version 4, sollte standardmäßig verwendet werden

Weitere Varianten:

mpi/intel/3.2.2.006 Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen
intel/mpi/3.2.2.006 Dasselbe Modul
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt
mpi/mpich2/intel/1.3.1b  
mpi/mpich2/intel/1.3.2  
mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2 MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft
mpi/mvapich2/intel/stable  
mpi/openmpi/gcc/1.4 OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt
mpi/openmpi/intel/1.5.1 dito mit Intel Compiler
 
Added:
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Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90
 
Added:
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impi/5.1.2.150-iccifort-2016.1.150-GCC-4.9.3-2.25 Intel MPI, wird automatisch durch intel/2016a geladen
OpenMPI /1.10.2-GCC-5.3.0 Falls Intel MPI nicht funktioniert. Ist mit GCC in Version 5.3 übersetzt
OpenMPI /1.8.4-GCC-4.8.4 Falls Intel MPI nicht funktioniert. Ist mit GCC in Version 4.8.4 übersetzt
 

Bibliotheken

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fftw/intel/2.1.5 Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler
fftw/intel/3.2.2  
fftw/intel/3.3-b1 FFTW, aktuelle Beta Version
fftw/studio/3.2.2 FFTW, übersetzt mit Oracle Studio
hdf5/parallel/1.8.4 parallele Version von HDF5
hdf5/serial/1.8.4 serielle Version von HDF5
netcdf/serial/4.1.1  
netcdf/serial/intel/4.1.2  
petsc/intel/3.0.0-p12  
petsc/intel/3.1-p8 Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation Link zur Homepage
slepc/intel/3.0.0-p7  
slepc/intel/3.1-p6 Scalable Library for Eigenvalue Problem Computations, Extension of PETSC Link zur Homepage
nag/fnl6i04dcl  
dislin/10.0  
dislin/10.1  
intel/mkl/10.2.4.032 Intel Math Kernel Library Dokumentation
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FFTW/3.3.4-intel-2016a Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler, lädt dessen Modul automatisch.
imkl/11.3.2.181-iimpi-2016.02-GCC-4.9.3-2.25 Intel Math Kernel Library. Lädt automatisch intel/2016a
 

Debugger/Profiler

Allinea DDT

Line: 59 to 34
 Paralleldebugger für MPI und OpenMP. (Link zur Seite des Herstellers) Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul
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ddt/2.6.1 laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.

OMPP

ompp/0.7.0 OpenMP Profiler für C/C++ und Fortran Link zum Handbuch

Marmot

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ddt/2.6.1
 
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marmot/intel/2.4.0 MPI Checker Link zur Homepage

Marmot ist ein Tool, das MPI Programme auf Fehler wie Deadlocks überprüft. Zur Benutzung:

  • Compileraufruf ersetzen durch marmotcc, marmotcxx, marmotf77, marmotf90
  • Programm starten mit MARMOT_LOGFILE_TYPE=1 mpirun -np(n+1) ./Programmname
  • Es wird eine HTML Datei erzeugt, die Hinweise auf Programmierfehler liefert

Oracle Studio

studio/12.2 Compiler Suite, die Profiling Tools für serielle und parallele Programme mitbringt
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>
laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.
 

Intel Trace Analyzer and Collector

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intel/itac/7.2.2 MPI Profiler
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itac/9.1.0.015 Intel Trace Analyzer and Collector. Zur Performanceanalyse von MPI parallelisierten Programmen.
 

Intel Inspector

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Ist derzeit leider nicht installiert.
 
tools/intel-inspector/xe_2011 memory error and thread checker tool for C, C++, C# .NET, and Fortran

  • (optional) um gefundene Fehler im Code auffinden zu können, mit der Option "-g" kompilieren
Line: 96 to 56
 

Intel VTune

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tools/vtune/xe_2011 Performanceengpässe finden
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VTune/2013_update10 Performanceengpässe finden
 Achtung! Aufgrund eines Bugs im Prozessortyp, der auf palma1 verwendet wird, darf das Programm auf keinen Fall auf dem Headnode zum Daten sammeln eingesetzt werden. Auf palma50 ist dies problemlos möglich.

  • GUI mittels "amplxe-gui" aufrufen
Line: 109 to 67
 

Matlab Mathematica and Maple

Die Module für die aktuellen Version von Matlab, Mathematica and Maple heißen

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mathematica/8.0
matlab/R2011a
matlab/R2012b
maple/Maple14
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mathematica/9.0.1
matlab/R2015a
maple/Maple17
 Sollen die Programme mit dem GUI über das Batchsystem gestertet werden, siehe diese Anleitung

R

Deleted:
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Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:
module rm intel/mpi
module add mpi/openmpi/gcc/1.4
Einen Knoten reservieren
qsub -I -A ...
mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca
Programm ausführen... Rmpi wieder beenden:
mpi.close.Rslaves()
mpi.quit()
 
Added:
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R/3.2.3-intel-2016a R übersetzt mit Intel Compiler
  -- HolgerAngenent - 2011-04-04 \ No newline at end of file
 
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