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Auf Palma verfügbare Software
Im folgenden Teil eine Übersicht über die Module ("module av") und was sie bewirken. Module können mit "module add _Modulname_" geladen werden, "module show _Modulname_" liefert Infos über die gesetzten Umgebungsvariablen
Compiler
Serielle Compiler
Setzen die Umgebungsvariablen CC, CXX, FC und FLAGS_FAST
intel/cc/11.1.059 |
Intel C und C++ Compiler |
intel/fc/11.1.059 |
Intel Fortran Compiler |
studio/12.2 |
Oracle Studio Compiler, nur zu Testzwecken gedacht |
/Applic.PALMA/modules_intel/intel12 |
Macht diverse Module zum aktueller Intel Compiler verfügbar, inklusive diverser Bibliotheken und Intel Tools, die mit diesem übersetzt wurden |
MPI
Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90
mpi/intel/4.0.0.028 |
Intel MPI in Version 4, sollte standardmäßig verwendet werden |
Weitere Varianten:
mpi/intel/3.2.2.006 |
Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen |
intel/mpi/3.2.2.006 |
Dasselbe Modul |
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 |
MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt |
mpi/mpich2/intel/1.3.1b |
|
mpi/mpich2/intel/1.3.2 |
|
mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2 |
MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft |
mpi/mvapich2/intel/stable |
|
mpi/openmpi/gcc/1.4 |
OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt |
mpi/openmpi/intel/1.5.1 |
dito mit Intel Compiler |
Bibliotheken
fftw/intel/2.1.5 |
Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler |
fftw/intel/3.2.2 |
|
fftw/intel/3.3-b1 |
FFTW, aktuelle Beta Version |
fftw/studio/3.2.2 |
FFTW, übersetzt mit Oracle Studio |
hdf5/parallel/1.8.4 |
parallele Version von HDF5 |
hdf5/serial/1.8.4 |
serielle Version von HDF5 |
netcdf/serial/4.1.1 |
|
netcdf/serial/intel/4.1.2 |
|
petsc/intel/3.0.0-p12 |
|
petsc/intel/3.1-p8 |
Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation Link zur Homepage |
slepc/intel/3.0.0-p7 |
|
slepc/intel/3.1-p6 |
Scalable Library for Eigenvalue Problem Computations, Extension of PETSC Link zur Homepage |
nag/fnl6i04dcl |
|
dislin/10.0 |
|
dislin/10.1 |
|
intel/mkl/10.2.4.032 |
Intel Math Kernel Library Dokumentation |
Debugger/Profiler
Allinea DDT
Paralleldebugger für MPI und
OpenMP. (Link zur
Seite des Herstellers)
Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul
ddt/2.6.1
laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando
ddt
starten.
OMPP
Marmot
Oracle Studio
studio/12.2 |
Compiler Suite, die Profiling Tools für serielle und parallele Programme mitbringt |
Intel Trace Analyzer and Collector
intel/itac/7.2.2 |
MPI Profiler |
Sonstiges
R
Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:
module rm intel/mpi
module add mpi/openmpi/gcc/1.4
Einen Knoten reservieren
qsub -I -A ...
mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca
Programm ausführen...
Rmpi wieder beenden:
mpi.close.Rslaves()
mpi.quit()
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HolgerAngenent - 2011-04-04