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Auf Palma verfügbare Software

Im folgenden Teil eine Übersicht über die Module ("module av") und was sie bewirken. Module können mit "module add _Modulname_" geladen werden, "module show _Modulname_" liefert Infos über die gesetzten Umgebungsvariablen

Compiler

Serielle Compiler

Setzen die Umgebungsvariablen CC, CXX, FC und FLAGS_FAST

intel/cc/11.1.059	Intel C und C++ Compiler
intel/fc/11.1.059	Intel Fortran Compiler
studio/12.2	Oracle Studio Compiler, nur zu Testzwecken gedacht

MPI

Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90

mpi/intel/4.0.0.028

Intel MPI in Version 4, sollte standardmäßig verwendet werden

Weitere Varianten:

mpi/intel/3.2.2.006	Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen
intel/mpi/3.2.2.006	Dasselbe Modul
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1	MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt
mpi/mpich2/intel/1.3.1b
mpi/mpich2/intel/1.3.2
mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2	MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft
mpi/mvapich2/intel/stable
mpi/openmpi/gcc/1.4	OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt
mpi/openmpi/intel/1.5.1	dito mit Intel Compiler

Bibliotheken

fftw/intel/2.1.5	FFTW, übersetzt mit Intel Compiler
fftw/intel/3.2.2
fftw/intel/3.3-b1
fftw/studio/3.2.2	FFTW, übersetzt mit Oracle Studio
hdf5/parallel/1.8.4	parallele Version von HDF5
hdf5/serial/1.8.4	serielle Version von HDF5
netcdf/serial/4.1.1
netcdf/serial/intel/4.1.2
petsc/intel/3.0.0-p12
petsc/intel/3.1-p8
slepc/intel/3.0.0-p7
slepc/intel/3.1-p6
nag/fnl6i04dcl
dislin/10.0
dislin/10.1

Debugger/Profiler

Allinea DDT

Paralleldebugger für MPI und OpenMP. Seite des Herstellers Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul

ddt/2.6.1

laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.

Sonstiges

R

Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:

module rm intel/mpi
module add mpi/openmpi/gcc/1.4

Einen Knoten reservieren

qsub -I -A ...
mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca

Programm ausführen... Rmpi wieder beenden:

mpi.close.Rslaves()
mpi.quit()

-- HolgerAngenent - 2011-04-04