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Compiler

MPI

Als Standard MPI-Version sollte Intel MPI in Version 4 verwendet werden. Das entsprechende Modul wird per

module add mpi/intel/4.0.0.028

geladen.

Weitere Varianten:

mpi/intel/3.2.2.006	Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1	MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt
mpi/mpich2/intel/1.3.1b
mpi/mpich2/intel/1.3.2
mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2	MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft
mpi/mvapich2/intel/stable
mpi/openmpi/gcc/1.4	OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt
mpi/openmpi/intel/1.5.1	dito mit Intel Compiler

Bibliotheken

Debugger/Profiler

Allinea DDT

Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul

module add ddt/2.6.1

laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.

Sonstiges

R

Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:

module rm intel/mpi
module add mpi/openmpi/gcc/1.4

Einen Knoten reservieren

qsub -I -A ...
mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca

Programm ausführen... Rmpi wieder beenden:

mpi.close.Rslaves()
mpi.quit()

-- HolgerAngenent - 2011-04-04