Offene Reproduzierbare Forschung
- Projektzeitraum
- Projektstatus
- Abgeschlossen
- Förderkennzeichen
- TR 864/6-1; KR 3930/3-1; PE 1632/10-1
Beschreibung
‘Open Access’ bezieht sich nicht nur auf eine Art des Publizierens, bei der akademische Veröffentlichungen der allgemeinen Öffentlichkeit bereitgestellt werden. Zunehmend bezeichnet es auch einen Trend in der Wissenschaft, den Forschungsprozess selbst offener und transparenter zu gestalten. Wenn die Wissenschaft selbst auf Open Access umstellt, dann beinhaltet dieser Wechsel den Zugriff auf akademische Publikationen, auf erhobene und generierte Forschungsdaten, auf die einer Publikation zugrunde liegenden Methoden sowie auf Laufzeitumgebungen für Software, die für die Ermittlung der Ergebnisse zum Einsatz kamen. Dadurch werden die in einer Publikation beschriebenen Forschungsergebnisse reproduzierbar und inspizierbar. Die Reproduzierbarkeit von Forschungsergebnissen – also die Fähigkeit experimentelle Prozeduren zu wiederholen und damit zuvor erzielte Ergebnisse zu bestätigen – ist das zentrale Element wissenschaftlichen Arbeitens. In vielen Disziplinen bedeutet Reproduktion von Forschungsergebnissen, dass Versuche nochmals durchgeführt werden, z.B. in einem Labor oder durch erneute Datensammlung im Feld. Zunehmend werden Forschungsergebnisse aber auch durch die numerische Manipulation bereits erhobener Daten erzielt bis hin zu Simulationsexperimenten, die vollständig im Rechner ablaufen.Mit dem Antrag „Offene Reproduzierbare foRschung (ORR)“ zielen wir direkt auf zentrale Aspekte von Open Access ab, indem wir den Austausch von online veröffentlichten Forschungsergebnissen verbessern, die produktive Aneignung ermöglichen und deren Wiederverwendung vereinfachen. Das experimentell ausgerichtete Projekt ORR fokussiert dabei auf technische und organisatorische Aspekte des Publikationsprozesses und das Absichern der möglichst umfassenden Nachnutzbarkeit von Publikationen. Diese Ziele werden durch substanzielle Innovationen im Hinblick auf reproduzierbare Forschung erreicht, einem Bereich also, der von außerordentlicher Bedeutung für wissenschaftliche Veröffentlichungen ist. Von zentraler Bedeutung für das beantragte Projekt ist die Entwicklung einer neuartigen Form für die Erstellung und Bereitstellung von Forschungsergebnissen – nämlich das ausführbare Forschungskompendium (executable research compendium, ERC). Dieses erlaubt nicht nur einem breiten Publikum, den im ERC beschriebenen Forschungsprozess zu reproduzieren und dort berichtete Forschungsergebnisse (Diagramme, Tabellen) zu rekreieren, sondern schafft auch neue Interaktionsmöglichkeiten mit den Ergebnissen bzw. Prozessen, inklusive deren einfacher Rekombinierung und Wiederverwendung. Das zu entwickelnde Containerformat für ERCs wird alle notwendigen Informationen enthalten, um verschiedene Anwendungen zu realisieren bzw. zu unterstützen, wie z.B. One-click reproduce, Langzeitverfügbarkeit, Forschungsinformationssysteme oder Suchanwendungen. Darüber hinaus sorgt es für Rückwirkungsfreiheit zwischen Datenobjekten und technischen Systemen. Aufbauend auf existierenden offenen Standards und Software wird das hier beantragte Projekt Tools und Standards für ERCs entwickeln. Diese werden mithilfe vollständig ausgearbeiteter Anwendungsfälle, die zunächst aus den Geowissenschaften stammen sollen, pilotartig demonstriert und evaluiert. Damit wird ORR einen substantiellen Schritt in Richtung ausführbarer Publikationen als neuem Standard für wissenschaftliche Veröffentlichungen machen. Personen
Publikationen
- Nüst, Daniel. . „Infrastructures and Practices for Reproducible Research in Geography, Geosciences, and GIScience.“ Dissertationsschrift, Universität Münster. doi: 10.5281/zenodo.4768096.
- Nüst, Daniel. . preprint, A Web service for executable research compendia enables reproducible publications and transparent reviews in geospatial sciences Zenodo. doi: 10.5281/zenodo.4818119.
- Nüst, D, Ostermann, FO, Sileryte, R, Hofer, B, Granell, C, Teperek, M, Graser, A, Broman, K, und Hettne, K. . AGILE Reproducible Paper Guidelines OSF. doi: 10.17605/OSF.IO/CB7Z8.
- Konkol, M., Kray, C., und Suleiman, J. . „Creating interactive scientific publications using bindings.“ Proceedings of the ACM on Human-Computer Interaction 3 (EICS). doi: 10.1145/3331158.
- Nüst, Daniel, Lohoff, Lukas, Einfeldt, Lasse, Gavish, Nimrod, Götza, Marlena, Tariq, Jaswal Shahzeib, Khalid, Salman, Meierkort, Laura, Mohr, Matthias, Rendel, Clara, und Antonia, van Eek. . „Guerrilla Badges for Reproducible Geospatial Data Science.“ In Accepted Short Papers and Posters from the 22nd AGILE Conference on Geo‐information Science, herausgegeben von P Kyriakidis, D Hadjimitsis, D Skarlatos und A Mansourian. Limassol, Cyprus: Springer. doi: 10.31223/osf.io/xtsqh.
- Nüst, Daniel, Boettiger, Carl, und Marwick, Ben. . How to Read a Research Compendium https://arxiv.org/abs/1806.09525: arXiv.
- Nüst, Daniel. . Reproducibility Service for Executable Research Compendia: Technical Specifications and Reference Implementation doi: 10.5281/zenodo.2203844.
- Konkol, M, und Kray, C. . „In-depth examination of spatiotemporal figures in open reproducible research.“ Cartography and Geographic Information Science 2018. doi: 10.1080/15230406.2018.1512421.
- Konkol, M, Kray, C, und Pfeiffer, M. . „Computational reproducibility in geoscientific papers: Insights from a series of studies with geoscientists and a reproduction study.“ International Journal of Geographical Information Science 2018. doi: 10.1080/13658816.2018.1508687.
- Nüst, Daniel, Granell, Carlos, Hofer, Barbara, Konkol, Markus, Ostermann, Frank O, Sileryte, Ruse, und Cerutti, Valentina. . „Reproducible research and GIScience: an evaluation using AGILE conference papers.“ PeerJ 6: e5072.. doi: 10.7717/peerj.5072.
- Nüst, Daniel Bartoschek Thomas. . „Open Environmental Data Analysis.“ Beitrag präsentiert auf der EGU General Assembly 2018, Vienna, Austria doi: 10.5281/zenodo.1217911.
- Nüst, Daniel, Boettiger, Carl, und Eddelbuettel, Dirk. . „rocker/geospatial: a flexible runtime environment for geoscientific data analysis.“ Beitrag präsentiert auf der EGU General Assembly 2018, Vienna, Austria doi: 10.5281/zenodo.1216750.
- Nüst, Daniel, Granell, Carlos, Hofer, Barbara, Konkol, Markus, Ostermann, Frank, Sileryte, Rusne, und Cerutti, Valentina. . Peerj Preprints, Bd. 6:e26561v1, Reproducible research and GIScience: an evaluation using AGILE conference papers doi: 10.7287/peerj.preprints.26561v1.
- Nüst, Daniel, Schutzeichel, Marc, und Konkol, Markus. . Opening Reproducible Research: a research project website and blog doi: 10.5281/zenodo.1485437.
- Granell, Carlos, Nüst, Daniel, Ostermann, Frank O, und Sileryte, Rusne. . „Reproducible Research is like riding a bike.“ PeerJ Preprints 6 (e27216v1). doi: 10.7287/peerj.preprints.27216v1.
- Konkol, M, Kray, C, und Pfeiffer, M. . The State of Reproducibility in the Computational Geosciences doi: 10.17605/OSF.IO/KZU8E.
- Konkol, M, und Kray, C. . In-depth examination of spatio-temporal figures in open reproducible research doi: 10.17605/OSF.IO/Q53M8.
- Konkol, M. im Druck. „Reproducible research bindings.“ Beitrag präsentiert auf der European Geosciences Union General Assembly 2018, Wien, Österreich
- Nüst, Daniel, und Schutzeichel, Marc. . „An Architecture for Reproducible Computational Geosciences.“ In Societal Geo-Innovation doi: 10.5281/zenodo.1478542.
- Konkol, Markus, Nüst, Daniel, Schutzeichel, Marc, Pebesma, Edzer, Kray, Christian, Przibytzin, Holger, und Lorenz, Jörg. . „Opening reproducible research (o2r).“ Beitrag präsentiert auf der Open Science Conference, Berlin, Germany
- Nüst, D, Konkol, M, Pebesma, E, Kray, C, Schutzeichel, M, Przibytzin, H, und Lorenz, J. . „Opening the Publication Process with Executable Research Compendia.“ D-Lib Magazine 23. doi: 10.1045/january2017-nuest.
- Nüst, Daniel. . „Executable research compendia in geoscience research infrastructures.“ In Bd. EGU2017-7215 aus Geophysical Research Abstracts
- Knoth, C, und Nüst, D. . „Reproducibility and Practical Adoption of GEOBIA with Open-Source Software in Docker Containers.“ Remote Sensing 9 (3). doi: 10.3390/rs9030290.
- Appel, Marius, Nüst, Daniel, und Pebesma, Edzer. . „Reproducible Earth observation analytics: challenges, ideas, and a study case on containerized land use change detection.“ Beitrag präsentiert auf der EGU General Assembly 2017, Vienna, Austria
- Knoth, Christian Nüst Daniel. . „Enabling Reproducible OBIA with Open-Source Software in Docker Containers.“ Beitrag präsentiert auf der GEOBIA 2016: Solutions & Synergies, Enschede, The Netherlands doi: 10.3990/2.456.
- Stasch, Christoph, und Nüst Daniel, Pross Benjamin. . „Sharing environmental models: An Approach using GitHub repositories and Web Processing Services.“ In Bd. 18 aus Geophysical Research Abstracts, herausgegeben von European Geophysical Union.
- Nüst, Daniel, Konkol, Markus, Pebesma, Edzer, Kray, Christian, Klötgen, Stephanie, Schutzeichel, Marc, Lorenz, Jörg, Przibytzin, Holger, und Kussmann, Dirk. . „Opening Reproducible Research.“ In Bd. 18 aus Geophysical Research Abstracts, herausgegeben von European Geophysical Union.