Archiv für den Monat: Februar 2011

„PubReminer“: Die Daten von PubMed im Detail auswerten

pubreminer

Mein kanadischer Kollege Dean Giustini hat in seinem The Search Principle blog eine interessante Zusammenfassung von PubMed-Derivaten erstellt mit dem Titel: Data-mining of MEDLINE – “PubReminer”, die ich im Folgenden für Sie übersetzt habe.

PubReMiner ist eines von vielen (siehe unten) Front-End-Data-Mining-Werkzeugen, die eine statistische Analyse der Ergebnisse von PubMed-Recherchen erlaubt. Als ein einfaches, textbasiertes Tool zum Erstellen von Suchanfragen wertet PubReMiner (PRM) die Informationen aus den PubMed-Resultaten aus und zeigt die Ergebnisse in Form von Häufigkeitstabellen an – nach Zeitschrift, Autoren oder Stichwörtern geordnet.

Neben dem Erstellen von Suchanfragen ist PRM hilfreich bei:

  • der Auswahl von Zeitschriften, die ähnliche Forschung veröffentlichen wie die bereits gefundenen
  • Ausfindigmachen von Experten, durch Erstellung einer „Top-Autoren“-Liste ausgehend vom Suchergebnis
  • Bestimmen der Forschungsinteressen der gefundenen Autoren
  • Die relevanten MeSH-Begriffe für eine ganze Reihe von Artikeln in PubMed herausfinden

Wie liest man die Häufigkeitstabellen von PRM? Nachdem PubReMiner PubMed mit Ihren Suchbegriffen abgefragt, alle Abstracts abgerufen und daraus Häufigkeitstabellen erzeugt hat, werden drei Tabellen erstellt:

  1. Zeitschriften, in denen Arbeiten zu Ihrer Fragestellung veröffentlicht wurden
  2. Die aktivsten Autoren im Bereich des Suchergebnisses
  3. Wörter, die am häufigsten in Titel und Abstract der gefundenen Artikel vorkommen

Darüber hinaus werden die MeSH des Artikels und das Erscheinungsjahr angezeigt, und Ihre Anfrage kann mit weiteren Feldern verfeinert werden. Wenn Sie Ihre Suche solcherart optimiert haben, wechseln Sie zu PubMed und lassen diese erneut ausführen.

Weitere Data-Mining Tools für PubMed:

 

Literatur:

Moderne Technik macht’s möglich: Mit 300 Mbit/s ins Internet

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Das Zentrum für Informationsverarbeitung hat ganze Arbeit geleistet: Wenige Wochen nach Beauftragung konnten heute morgen die neuen Access Points freigeschaltet werden. Dipl. Ing. Jamaldin Chakoh vom ZIV testete heute vor Ort die Verbindungsqualität der neuen Zugangspunkte (links oben im Bild unten) und war begeistert.

Durch die neuen „Kästchen“ und die Einführung der zusätzlichen SSID wwu sollen die durch vielfältige Störeinflüsse verursachten Verbindungsabbrüche künftig ausgeschlossen sein. Die Konfiguration der SSID wwu ist (abgesehen vom Namen) identisch zur Konfiguration der schon existierenden SSID uni-ms oder eduroam.

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Wessen Laptop den neuen Übertragungsstandard 802.11n unterstützt (iPad und iPhone 4 tun es), kann in der Lehrbuchsammlung und im Aussenbereich zwischen den beiden Seitenflügeln der Bibliothek sogar eine Datentransferrate von bis zu 300 Mbit/s erreichen. Der dortige Zugangspunkt (siehe Bild unten) kann leicht mit einer Überwachungskamera verwechselt werden.

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Neues Online-Buch: RNA Methodologies

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RNA Methodologies (Fourth Edition): A Laboratory Guide for Isolation and Characterization

Author(s): Robert E. Farrell, Jr., Ph.D
ISBN: 978-0-12-374727-3
Elsevier 2010

This is the fourth edition of the successful laboratory guide which has translated the rich story of riboneucleic acid for over fifteen years. RNA Methodologies 4e presents the latest collection of tested laboratory protocols for the isolation and characterization of eukaryotic and prokaryotic RNA with greater emphasis on transcript profiling, including quantification issues and elucidation of alternative transcription start sites. Collectively the chapters work together providing analysis with clear take-home lessons to assist researchers to understand RNA and to optimize time at the bench. The abundant use of flow charts, tables and graphs are especially helpful in the planning and implementation phases of a project and facilitate learning. 30% new material in this edition includes the addition of RNA isolation protocols including RNA isolation from tissue, expansion of PCR optimization analysis and RNA interference sections, the introduction of a new chapter dealing with the molecular biology of plants, and an expanded glossary.


Das obige Buch gehört zu den gut 1.000 dauerhaft von der ZB Med gekauften Online-Büchern des Elsevier-Verlags der Jahre 1995-2008 und 2009, die in den folgenden Sachgebieten erschienen sind: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Forensics; Immunology and Microbiology; Medicine and Dentistry; Neuroscience; Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutical Science; Psychology.

Informations-Display mit Nachrichten aus UKM und Fakultät

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Der Vorreiter war die Universitäts- und Landesbibliothek Münster. Sie startete bereits im Oktober mit einem so genannten Informations-Display, um ihre Benutzer auf dem Laufenden zu halten über aktuelle Geschehnisse und Veranstaltungen der Bibliothek. Seit Mittwoch hängt nun auch je ein Informations-Display in den Zweigbibliotheken Sozialwissenschaften und Medizin. Das Informations-Display bietet sich auch an, um zeitnah auf Schulungen aufmerksam zu machen oder führt als Teil der Leitssystem die Benutzer an ihr Ziel.

Die Zeitsteuerung ermöglicht einen programmierbaren Wechsel von Informationen. Darüber hinausgehend kann im oberen Teil des Displays vor ihrem Beginn auf aktuelle Schulungen hingewiesen werden. Im unteren Teil besteht die Möglichkeit, per Laufschrift, wichtige, aktuelle Meldungen, die alle zur Kenntnis nehmen müssen (z.B. „Die Bibliothek schließt heute ab 19 Uhr!“), einzuspielen.

In der Anfangsphase werden erst einmal die gesammelten Nachrichten aus UKM & Fachbereich eingespielt (in Form eines RSS-Feeds), später sollen weitere Informationen (s.o.) hinzukommen.

Wen es interessiert: Die Displays werden mit der Open Source Software Xibo Open Source Digital Signage gesteuert, was einfache und flexible Anpassungen an lokale Verhältnisse erlaubt.

Wir wünschen Ihnen viel Spaß und einen Informationsgewinn durch das neue Display – das übrigens den Etat der ZB Med in keiner Weise belastet hat, sondern von der ULB zur Verfügung gestellt wurde.

Neue Anwendungen auf den Bibliotheks-iPads

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AgingSpine HD
Aging Spine was created as a companion to SpineDecide. In Aging Spine, VIEW spinal motion or flexion in 360 degrees and EXPLORE anatomy vertebra by vertebra. MATCH your condition to other common conditions of the aging spine detailed in different MRIs and LEARN about treatment processes through varied media content. LOCATE specialists near you in easy to understand listings. The treatments covered are: Osteoarthritis, Osteoporosis, Degenerative Disc Disease, Kyphosis, Degenerative Scoliosis, Spondylolisthesis, Lumbar Stenosis, Cervical Stenosis.

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USMLExchange Step 1 for iPad
Study aid created by and designed for medical students. Over 5000+ USMLE-style 100% high yield questions for Step 1. Customizable test creation wizard. Detailed explanations including key concepts and common mistakes. Comprehensive score reports and performance analysis. Seamlessly integrated NBME FRED-style interface.

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iPubMed+
Build searches by typing any PubMed supported free text or using App flexible and powerful search builder for Advanced Search. Sort results by your favorite order (Recently Added, Pub Date, First Author, Last Author, Journal, Title). Access PubMed webpage for your selected reference in App, without leaving the result view. You could get fulltext access like you use a computer if you are in your organizational network (including through VPN on your iPad). Email search results by only one tap.

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First Consult
Point of care information system. Resource for quickly answering questions related to screening, prevention, diagnosis, and treatment of the majority of the medical conditions responsible for office visits and inpatient admissions. Part of your existing First Consult subscription or on a 60-day free trial basis.

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Procedures Consult: Internal Medicine – General
Procedures Consult is a multimedia procedures training and reference solution from Elsevier. It features a dynamic blend of high-quality expert video, illustrations, animations and text that helps physicians, medical residents and students prepare for, perform and test their knowledge of the most common medical procedures encountered in a clinical setting. 25 common Internal Medicine procedures Abdominal Paracentesis, Arterial Blood Gas Sampling, Arterial Cannulation, Basic Airway Management, Cardioversion, Central Venous Catheterization: Femoral Approach, Central Venous Catheterization: Internal Jugular Approach, Central Venous Catheterization: Subclavian Approach, Cerumen Removal, Defibrillation, Epistaxis Management , Incision and Drainage of an Abscess , Intravenous Cannulation, Local Anesthesia , Lumbar Puncture , Nasogastric Intubation , Needle Thoracostomy, Papanicolaou Testing, Phlebotomy, Pulmonary Artery Catheter, Stapling Devices, Thoracentesis, Tick Removal, Transcutaneous Pacing, Transvenous Pacing.


Zur Verbesserung der Informationsversorgung der Medizinischen Einrichtungen leiht die ZB Med mehrere iPads aus. Diese sind zur Zeit mit über 220 medizinischen Apps bestückt, die nach denselben Fachgebieten geordnet sind wie unsere Bücher. Wollen Sie auf dem Laufenden bleiben, dann abonnieren Sie unseren App-Feed, der auf alle neuen medizinischen iPad-Apps hinweist (und nicht nur auf die hier besprochenen). iPads können bei Dr. Obst reserviert werden.

Neues Online-Buch: Real World Drug Discovery

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Real World Drug Discovery: A Chemist’s Guide to Biotech and Pharmaceutical Research

Author(s): Robert M. Rydzewski
ISBN: 978-0-08-046617-0
Elsevier 2008

Drug discovery increasingly requires a common understanding by researchers of the many and diverse factors that go into the making of new medicines. The scientist entering the field will immediately face important issues for which his education may not have prepared him: project teams, patent law, consultants, target product profiles, industry trends, Gantt charts, target validation, pharmacokinetics, proteomics, phenotype assays, biomarkers, and many other unfamiliar topics for which a basic understanding must somehow be obtained. Even the more experienced scientist can find it frustratingly difficult to get an overview of the many factors involved in modern drug discovery and often only after years of exploring does a whole and integrated picture emerge in the mind of the researcher. Real World Drug Discovery: A Chemist’s Guide to Biotech and Pharmaceutical Research presents this kind of map of the landscape of drug discovery. In a single, readable volume it outlines processes and explains essential concepts and terms for the recent science graduate wondering what to expect in pharma or biotech, the medicinal chemist seeking a broader and more timely understanding of the industry, or the contractor or collaborator whose understanding of the commercial drug discovery process could increase the value of his contribution to it.


Das obige Buch gehört zu den gut 1.000 dauerhaft von der ZB Med gekauften Online-Büchern des Elsevier-Verlags der Jahre 1995-2008 und 2009, die in den folgenden Sachgebieten erschienen sind: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Forensics; Immunology and Microbiology; Medicine and Dentistry; Neuroscience; Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutical Science; Psychology.