Das Bibelmuseum präsentiert im Jahreszyklus wechselnde Sonderausstellungen, sodass immer neue Facetten der Bibel erforscht werden können.
Dazu gehören die Osterausstellung im Frühjahr und die Weihnachtsausstellung im Winter. Die Sonderausstellungen im Sommer nehmen sich speziellen Themen der Bibel an und beleuchten diese zusätzlich mit einem Ausstellungsband, der im LIT Verlag erscheint.
Die Sonderausstellung "Und der Herr pflanzte einen Garten in Eden. Pflanzen in der Bibel" zeigt ins sechs Abteilungen die theologische und lebensweltliche Bedeutung von Pflanzen in der Bibel. So ist eine Abteilung der Äbtissin und Pflanzenkundlerin Hildegard von Bingen gewidmet, weitere Abteilungen beschäftigen sich zum Beispiel mit den allegorischen und metaphorischen Geschichten im Alten und Neuen Testament, in denen Pflanzen eine Rolle spielen. Auch archäologische Funde und die Präsentation von Bibelillustrationen sind unter den knapp 100 Exponaten. Die Ausstellung ist bis zum 5. November dienstags bis sonntags von 10 bis 18 Uhr, am zweiten Freitag in jedem Monat bis 22 Uhr, zu sehen.
Begleitend zur Sonderausstellung sind im Botanischen Garten der Universität sind 35 Pflanzen der Bibel in einem Bibelpflanzenpfad in natura zu sehen.