Ab dem Haushaltsjahr 2006 trat eine wesentliche Umstellung im Finanzierungssystem des Landes ein: Alle Hochschulen - so auch die Universität Münster - wurden ab diesem Zeitpunkt finanztechnisch in Form eines "Globalhaushaltes" geführt. Damit erhielt die Universität Münster ihre Haushaltsmittel in Form von Zuschüssen für den laufenden Betrieb, für die Investitionen sowie für Investitionen im Rahmen des HBFG. Die Bewirtschaftung der aufkommenden Einnahmen aus diesen Zuschussmitteln erfolgte in sogenannten Selbstbewirtschaftungskapiteln.
Bei der Überleitung aus der bisherigen Titelwirtschaft des Landeshaushaltes in einen Zuschusshaushalt konnte festgestellt werden, dass für die Universität Münster die bisher in Haushaltstiteln verfügbaren Mittel korrekt übergeleitet wurden. Eine Erhöhung der Haushaltsmittel ist dabei allerdings - wie auch in früheren Jahren - nicht erfolgt.
Das Haushaltsvolumen der WWU Münster betrug im abgelaufenen Jahr 239,3 Mio. €.
Erfreulich ist, dass im Rahmen der landesweiten leistungsorientierten Mittelverteilung die Universität Münster eine Verbesserung in der Zuweisung um 1,8 Mio. € erzielen konnte. Damit standen rund 29 Mio. € aus den Zuschüssen des Landes für Ausgaben der Lehre und Forschung zur Verfügung.
Das Haushaltsjahr 2006 war ebenfalls geprägt durch eine einschneidende Veränderung in der Bewirtschaftung der Personalkosten. Mit der Einführung des Globalhaushaltes wurden die Personalmittel für die Universität nur noch mit 96,8 % ausfinanziert. Das bedeutete für alle Einrichtungen eine besondere Herausforderung, die Personalmittel im Rahmen der verteilten Haushaltsbudgets auskömmlich zu bewirtschaften.
Das Jahresergebnis 2006 weist unter Berücksichtigung der aus dem vergangenen Jahr gebundenen Reste in den Fachbereichen, aus Verpflichtung des Personalhaushalts, aus erteilten Zusagen von Berufungsmitteln usw. einen Überschuss von 1,5 Mio. € aus, der zur weiteren Liquiditätssicherung herangezogen werden kann.