Der Kursus der Mikroskopischen Anatomie baut auf der im Rahmen der Biologie besprochenen Zytologie auf und behandelt inhaltlich die Gewebelehre und die Organlehre. Die systematischen, topografischen und funktionellen Aspekte der Makroskopie werden erlernt und durch die zugehörige feingewebliche Sicht ergänzt. Ziele des Histologiekurses sind einerseits die Vorbereitung auf die Histopathologie, für die die gesunde "Referenz" bekannt gemacht und die Voraussetzung zur Erkennung der pathologischen Abweichungen vom Gesunden geschaffen werden sollen. Andererseits soll das Verständnis für den Bau der Gewebe und Organe für funktionelle Erkenntnis aus der feingeweblichen Struktur vermittelt werden.

Der Kurs behandelt anhand von strukturierten theoretischen Modulen, die vor den Kursstunden zur Vorbereitung im Eigenstudium zur Verfügung gestellt und über Leinwandprojektionen vorgestellt werden, die wesentlichen Grundlagen der Diagnostik der Präparate. Ergänzend zu der, den Kursprägenden virtuellen Mikroskopie, wird natürlich auch das Mikroskopieren an einem realen Mikroskop vermittelt.

In den entsprechend zugehörigen Seminaren werden die diagnostischen Fähigkeiten weiter trainiert. Der Kurs bereitet vorzugsweise auf die Testate in der Art des schriftlichen Physikums (M1) vor, die Seminare hingegen vermehrt auf die Form der mündlichen Prüfung im Physikum. Sowohl Kurs als auch Seminare werden von Studentischen Hilfskräften (SHK) begleitet.