Übersicht

PALMA (Paralleses Linux-System für Münsteraner Anwender) ist ein Cluster aus insgesamt 2576 Prozessorkernen. Diese sind wie folgt verteilt:

• 36 Knoten mit je 2 4-Kern Intel Nehalem Prozessoren, also 8 Kernen pro Knoten
• 180 Knoten mit je 2 6-Kern Intel Westmere Prozessoren, also 12 Kernen pro Knoten
• 1 SMP (shared memory) Knoten mit 128 Prozessorkernen

Die Ausstattung im Detail:

Compute Nodes:

• 2,6 GHz, 4 bzw. 6 Kerne
• 2 bzw. 3 bzw. 4 GB Arbeitsspeicher pro Prozessorkern (je nach Knoten)

Filesystem:

• 3 TB /home Partition
• 180 TB /scratch Partition

Als schnelles Kommunikationssystem dient Infiniband.

Zugang zum System

Es ist grundsätzlich nur Personen möglich, Jobs auf Palma abzuschicken, die zwei Voraussetzungen erfüllen:

• Der Benutzer muß Mitglied der Gruppe u0clustr sein (geht über MeinZIV)
• Der Benutzer muß Mitglied eines der 23 Projekte sein, die für das System zugelassen sind. In diesem Fall kann der Benutzer im myJAM registriert werden

Eine Übersicht über die Warteschlangen sowie die Auslastung des Gesamtsystems befindet sich hier: https://palma1.uni-muenster.de/myJAM (anmelden mit dem üblichen Benutzernamen und dem Standardpasswort)

Der von außen per ssh erreichbare Loginknoten heißt palma1.

Rechnen auf PALMA

Kompilieren von Programmen

Das Modul-Konzept

Umgebungsvariablen (z.B. PATH, LD_LIBRARY_PATH) für Compiler und Bibliotheken werden über module-Befehle definiert:

Befehl (Kurz- und Langform)	Bedeutung
module av[ailable]	Listet alle verfügbaren Module auf
module li[st]	Zeigt alle in der aktuellen Umgebung geladenen Module.
module show modulname	Listet die Änderungen auf, die ein Modul an der Umgebung bewirkt.
module add modul1 modul2 ...	Fügt Module der aktuellen Umgebung hinzu.
module rm modul1 modul2 ...	Entfernt Module aus der aktuellen Umgebung.
module purge	Löscht alle aktivierten Module aus der Umgebung.

Um alle verfügbaren Module zu sehen, müssen die folgenden beiden Module geladen werden (dies kann am besten über die .bashrc geschehen):

module add shared

module add /Applic.PALMA/modules/path

Submittieren von Jobs

Für die Verteilung von Rechenjobs auf dem Cluster sorgen das Batchsystem TORQUE sowie der Scheduler Maui. Ein manuelles Starten von längeren Programmläufen auf den Rechenknoten oder auf PALMA am Batchsytem vorbei ist nicht erlaubt. Solche "streunenden" Prozesse werden ohne Vorwarnung vom Administrator beendet. Grundsätzlich sollten Batch-Jobs nur vom Dialogserver palma1 aus abgeschickt werden.

-- HolgerAngenent - 2010-07-08