Fachbereich 05 - Medizinische Fakultät
Interdisziplinäres Zentrum für Klinische Forschung (IZKF)
Zentrale Projektgruppen

ZPG1: Integrierte Funktionelle Genomik (IFG)

Proteomik

• in-Gel-Verdau von Proteinen
• Peptide-Mapping mittels MALDI-Massenspektrometrie
• Identifizierung von sequence tags mittels HPLC-MS/MS
• Molekulargewichtsbestimmung von Biomolekülen
• Fragmentierungsanalyse von Biomolekülen

Genomik

• Isolierung von RNA für die Chipanalyse
• Expressionsscreening mit Affymetrix Gene Chips®
• SNP-Analyse
• Expressionsanalysen unter Nutzung des Taqman-Verfahrens
• Herstellung eigener Expressionschips

Bioinformatik

• Speicherung der Daten aus den o.g. Analysen in einer EST-Datenbank
• Clusteranalysen von Chip-Daten mit Expressionist (GeneData)
• Analyse von 2-D-Gelen mit PD-Quest (BioRad)
• Kurse und Schulungen zur Bioinformatik

Beteiligte Wissenschaftler:

Univ.-Prof. Dr. C. Sorg (Komm. Leiter der IFG), Dr. K. Riehemann (Wiss. Koordination/Bioinformatik), Dr. S. König (Proteomik), PD Dr. H. Funke (Genomik)

Veröffentlichungen:

Proteomik

König S, Zeller M, Peter-Katalinic J, Roth J, Sorg C, and Vogl T (2001) Use of Non-Specific Cleavage Products for Protein Sequence Analysis as Shown on Calcyclin Isolated from Human Granulocytes. Journal of the American Society for Mass Spectrometry 12, 11: 1180-1185.

S. König, J. Grote, and E. Gedig. High-Capacity Dextran Hydrogels for Protein Mass Spectrometry. Intern. Biotechn. Lab. 20, 1 (2002) 10

I. Eue, S. König, J. Pior, and C. Sorg. S100A8, S100A9 and the S100A8/A9 Heterodimer Complex Specifically Bind to Human Endothelial Cells. Identification, Characterization and Structural Analysis of a S100A9 - Binding Protein from HMEC-1 Cells. Intern. Immun. 14, 3 (2002) 287-297

S. König and J. Grote. Hydrophobic Targets for MALDI Mass Spectrometry. BioTechniques 32, 4 (2002) 612-615

M. Zeller, E. K. Brown, E.Bouvier, and S. König. Use of an Acid-labile Surfactant as SDS Substitute for Gel Electrophoresis and Proteomic Analysis. J. Biomol. Techn. 13 (2002) 1-4

S. König, O. Schmidt, K. Rose, S. Thanos, M. Besselmann, and M. Zeller. Sodium dodecyl sulfate versus Acid-labile Surfactant Gel Electrophoresis: Comparative Proteomic Studies on Rat Retina and Mouse Brain. Electrophoresis 4 (2003) in print

S. König, F. Wagner, E. Kauschke, J. Peter-Katalinic, E. L. Cooper, and I. Eue. Mass Spectrometric Analysis of CL39, CL41, and H1, H2, H3 Confirm Identity With Fetidin and Lysenin Produced by Earthworm Leucocytes. Developmental and Comparative Immunology (2003) in print

M. Huss, G. Ingenhorst, S. König, M. Gaßel, S. Dröse, A. Zeeck, K. Altendorf, and H. Wieczorek. Concanamycin A, the Specific Inhibitor of V-ATPases, Binds to the V0 Subunit c. J. Biol. Chemistry 277, 43 (2002) 40544-40548.

I. Yiallouros, R. Kappelhoff, O. Schilling, F. Wegmann, M. W. Helms, A. Auge, G. Brachtendorf, E. Große Berkhoff, B. Beermann, H.-J. Hinz, S. König, J. Peter-Katalinic, and W. Stöcker. Activation mechanism of pro-astacin. Role of pro-peptide, tryptic and autoproteolytic cleavage and importance of precise amino-terminal processing. J. Mol. Biol. 324 (2002) 237-246.

M. Koltzscher, C. Neumann, S. König, and V. Gerke. A novel approach in search for dimer-specific S100 protein ligands identifies ezrin as a binding partner for S100P: Ca2+ activation by dormant ezrin by S100P. Mol. Biol. of the Cell (2003) in print.

Genomik:

Isbrandt D, Friederich P, Solth A, Haverkamp W, Ebneth A, Borggrefe M, Funke H, Sauter K, Breithardt G, Pongs O, Schulze-Bahr E. (2002) Identification and functional characterization of a novel KCNE2 (MiRP1) mutation that alters HERG channel kinetics.J Mol Med 80: 524-32.

Funke H (2003) Diagnostische Genchips- Eine Option mit großem PotenzialKlinikarzt 32, 28-31.

Funke H, Cullen P, Gessner R, Klein HG, Knabbe C, Langmann T, Neumaier M (2003) Multiparametrische Gendiagnostik in der Medizin: Erarbeitung gemeinsamer StandardsJ Lab Med, in press.

Bioinformatik:

Stajich, J. E., Block, B., Boulez, K., Brenner, S. E., Chervitz, S. A., Dagdigian, C., Fuellen, G., Gilbert, J. G. R., Korf, I., Lapp, H., Lehväslaiho, H., Matsalla, C., Mungall, C. J., Osborne, B. I., Pocock, M. R., Schattner, P., Senger, M., Stein, L. D., Stupka, E., Wilkinson, M. and Birney, E. The Bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences. Genome Research 2002; 12(10): 1611-1618.