Das Institut für Mikrobiologie wurde 1970 in der damaligen Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster mit der Berufung von Dr. Hans-Jürgen Rehm zum ordentlichen Professor für Mikrobiologie und Institutsdirektor gegründet. Die zunächst nur für eine vorübergehende Startphase gedachte, eher behelfsmäßige räumliche Unterbringung in einigen Räumen des Instituts für Lebensmittelchemie und in einem angemieteten Notgebäude an der Piusallee in Münster erwies sich - wie viele provisorische Lösungen - als recht langlebig: erst 14 Jahre später - 1984 - konnte das inzwischen wesentlich vergrößerte Institut in das völlig renovierte Gebäude des ehemaligen Pflanzenschutzamtes an der Corrensstraße übersiedeln.

Mit der Gründung des Instituts wurde an der Universität Münster das Fach Mikrobiologie im Studiengang Biologie etabliert. Der Aufbau von Vorlesungen und besonders von Praktika für künftige Diplom-Biologen und Lebensmittelchemiker stellte an die zunächst noch geringe Zahl von Mitarbeitern hohe Anforderungen. Die Forschung des Instituts war von Beginn an deutlich in Richtung der "angewandten und industriellen Mikrobiologie" orientiert: Physiologie, Biologie und Biochemie des Abbaus von Kohlenwasserstoffen durch Bakterien und Pilze, die mikrobielle Produktion von Citronensäure mit Pilzen auf Alkan-Basis, die Bildung von Mykotoxinen durch wichtige, auf Nahrungsmitteln vorkommende Pilze waren damals wesentliche Arbeitsgebiete von Prof. Rehm und seiner Arbeitsgruppe. Seit etwa 1980 kam als neues Thema das eingehende Studium immobilisierter Mikroorganismen als Biokatalysatoren zur Stoffproduktion und zum Schadstoffabbau hinzu. Hauptrichtungen waren dabei die Bildung von Citronensäure und Polyolen mit Hefen und Hyphenpilzen, die Synthese von Ergotalkaloiden mit Claviceps, sowie der Abbau phenolischer, chlorierter und polycyclischer aromatischer Verbindungen. Zusammen mit dem Springer Verlag wird seit Ende der siebziger Jahre die Zeitschrift Applied Microbiology and Biotechnology, seit Beginn der achtziger mit dem Verlag Chemie das mehrbändige Handbuch Biotechnology herausgegeben.