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---+ Auf Palma verfügbare Software

Im folgenden Teil eine Übersicht über die Module ("module av") und was sie bewirken. Module können mit "module add _Modulname_" geladen werden, "module show _Modulname_" liefert Infos über die gesetzten Umgebungsvariablen

---++ Compiler

---+++ Serielle Compiler
Setzen die Umgebungsvariablen CC, CXX, FC und FLAGS_FAST
| compiler/intel/12 | Version 12 der Intel Compiler Suite, inkl. C/C++ und Fortran |
| intel/cc/11.1.059 | Intel C und C++ Compiler |
| intel/fc/11.1.059 | Intel Fortran Compiler |
| studio/12.2 | Oracle Studio Compiler, nur zu Testzwecken gedacht |
| pgi/11.3 | PGI Compiler inkl. des [[http://www.pgroup.com/resources/accel.htm][PGI Accelerators]], der mittels einfacher Pragmas GPU fähigen Code erzeugen kann |

---+++ MPI
Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90

| mpi/intel/4.0.0.028 | Intel MPI in Version 4, sollte standardmäßig verwendet werden |

Weitere Varianten:
| mpi/intel/3.2.2.006 | Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen  | 
| intel/mpi/3.2.2.006 | Dasselbe Modul|
| mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 | MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt |
| mpi/mpich2/intel/1.3.1b | | 
| mpi/mpich2/intel/1.3.2 | |
| mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2 | MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft |
| mpi/mvapich2/intel/stable | |
| mpi/openmpi/gcc/1.4 | OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt |
| mpi/openmpi/intel/1.5.1 | dito mit Intel Compiler |




---++ Bibliotheken

| fftw/intel/2.1.5 | Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler |
| fftw/intel/3.2.2 |  |
| fftw/intel/3.3-b1 | FFTW, aktuelle Beta Version |
| fftw/studio/3.2.2 | FFTW, übersetzt mit Oracle Studio |
| hdf5/parallel/1.8.4 | parallele Version von HDF5 |
| hdf5/serial/1.8.4 | serielle Version von HDF5 |
| netcdf/serial/4.1.1 |  |
| netcdf/serial/intel/4.1.2 |  |
| petsc/intel/3.0.0-p12 |  |
| petsc/intel/3.1-p8 | Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation [[http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/][Link zur Homepage]]|
| slepc/intel/3.0.0-p7 |  |
| slepc/intel/3.1-p6 | Scalable Library for Eigenvalue Problem Computations, Extension of PETSC [[http://www.grycap.upv.es/slepc/][Link zur Homepage]] |
| nag/fnl6i04dcl |  |
| dislin/10.0 |  |
| dislin/10.1 |  |
| intel/mkl/10.2.4.032 | Intel Math Kernel Library [[http://software.intel.com/en-us/articles/intel-math-kernel-library-documentation/][Dokumentation]] |
---++ Debugger/Profiler

---+++ Allinea DDT
Paralleldebugger für MPI und OpenMP. (Link zur [[http://www.allinea.com/products/ddt/][Seite des Herstellers]])
Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul
<verbatim>
ddt/2.6.1
</verbatim>
laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando =ddt= starten.

---+++ OMPP

| ompp/0.7.0 | OpenMP Profiler für C/C++ und Fortran [[http://projekt17.pub.lab.nm.ifi.lmu.de/ompp/usage.pdf][Link zum Handbuch]] |

---+++ Marmot

| marmot/intel/2.4.0 | MPI Checker [[http://www.hlrs.de/organization/av/amt/projects/marmot/][Link zur Homepage]] |

Marmot ist ein Tool, das MPI Programme auf Fehler wie Deadlocks überprüft. Zur Benutzung:
   * Compileraufruf ersetzen durch marmotcc, marmotcxx, marmotf77, marmotf90
   * Programm starten mit MARMOT_LOGFILE_TYPE=1 mpirun -np(n+1) ./Programmname
   * Es wird eine HTML Datei erzeugt, die Hinweise auf Programmierfehler liefert

---+++ Oracle Studio

| studio/12.2 | Compiler Suite, die Profiling Tools für serielle und parallele Programme mitbringt |

---+++ Intel Trace Analyzer and Collector

| intel/itac/7.2.2 | MPI Profiler |

---+++ Intel Inspector

| tools/intel-inspector/xe_2011 | memory error and thread checker tool for C, C++, C# .NET, and Fortran |

   * (optional) um gefundene Fehler im Code auffinden zu können, mit der Option "-g" kompilieren
   * GUI mittels "inspxe-gui" aufrufen
   * Projekt anlegen
   * "New Analysis" auswählen
   * Programm auf Probleme wie Speicherprobleme, Speicherlecks, Data Races und Deadlocks untersuchen

---+++ Intel VTune

| tools/vtune/xe_2011 | Performanceengpässe finden |

Achtung! Aufgrund eines Bugs im Prozessortyp, der auf palma1 verwendet wird, darf das Programm auf keinen Fall auf dem Headnode zum Daten sammeln eingesetzt werden. Auf palma50 ist dies problemlos möglich.

   * GUI mittels "amplxe-gui" aufrufen
   * 


---++ Sonstiges

---+++ R
Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:
<verbatim>
module rm intel/mpi
module add mpi/openmpi/gcc/1.4
</verbatim>
Einen Knoten reservieren
<verbatim>
qsub -I -A ...
mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca
</verbatim>
Programm ausführen...
Rmpi wieder beenden:
<verbatim>
mpi.close.Rslaves()
mpi.quit()
</verbatim>


-- Main.HolgerAngenent - 2011-04-04
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Topic revision: r9 - 2011-10-28 - HolgerAngenent
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