Derzeit noch in Arbeit! ---+ Auf Palma verfügbare Software Im folgenden Teil eine Übersicht über die Module ("module av") und was sie bewirken. Module können mit "module add _Modulname_" geladen werden, "module show _Modulname_" liefert Infos über die gesetzten Umgebungsvariablen ---++ Compiler ---+++ Serielle Compiler Setzen die Umgebungsvariablen CC, CXX, FC und FLAGS_FAST | intel/cc/11.1.059 | Intel C und C++ Compiler | | intel/fc/11.1.059 | Intel Fortran Compiler | | studio/12.2 | Oracle Studio Compiler, nur zu Testzwecken gedacht | ---+++ MPI Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90 | mpi/intel/4.0.0.028 | Intel MPI in Version 4, sollte standardmäßig verwendet werden | Weitere Varianten: | mpi/intel/3.2.2.006 | Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen | | intel/mpi/3.2.2.006 | Dasselbe Modul| | mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 | MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt | | mpi/mpich2/intel/1.3.1b | | | mpi/mpich2/intel/1.3.2 | | | mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2 | MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft | | mpi/mvapich2/intel/stable | | | mpi/openmpi/gcc/1.4 | OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt | | mpi/openmpi/intel/1.5.1 | dito mit Intel Compiler | ---++ Bibliotheken | fftw/intel/2.1.5 | FFTW, übersetzt mit Intel Compiler | | fftw/intel/3.2.2 | | | fftw/intel/3.3-b1 | | | fftw/studio/3.2.2 | FFTW, übersetzt mit Oracle Studio | | hdf5/parallel/1.8.4 | parallele Version von HDF5 | | hdf5/serial/1.8.4 | serielle Version von HDF5 | | netcdf/serial/4.1.1 | | | netcdf/serial/intel/4.1.2 | | | petsc/intel/3.0.0-p12 | | | petsc/intel/3.1-p8 | | | slepc/intel/3.0.0-p7 | | | slepc/intel/3.1-p6 | | | nag/fnl6i04dcl | | | dislin/10.0 | | | dislin/10.1 | | ---++ Debugger/Profiler ---+++ Allinea DDT Paralleldebugger für MPI und OpenMP. [[http://www.allinea.com/products/ddt/][Seite des Herstellers]] Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul <verbatim> ddt/2.6.1 </verbatim> laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando =ddt= starten. ---++ Sonstiges ---+++ R Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden: <verbatim> module rm intel/mpi module add mpi/openmpi/gcc/1.4 </verbatim> Einen Knoten reservieren <verbatim> qsub -I -A ... mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca </verbatim> Programm ausführen... Rmpi wieder beenden: <verbatim> mpi.close.Rslaves() mpi.quit() </verbatim> -- Main.HolgerAngenent - 2011-04-04
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Topic revision: r5 - 2011-07-27 - HolgerAngenent
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