Derzeit noch in Arbeit! ---+ Auf Palma verfügbare Software ---++ Compiler ---+++ MPI Als Standard MPI-Version sollte Intel MPI in Version 4 verwendet werden. Das entsprechende Modul wird per <verbatim> module add mpi/intel/4.0.0.028 </verbatim> geladen. Weitere Varianten: | mpi/intel/3.2.2.006 | Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen | | mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 | MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt | | mpi/mpich2/intel/1.3.1b | | | mpi/mpich2/intel/1.3.2 | | | mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2 | MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft | | mpi/mvapich2/intel/stable | | | mpi/openmpi/gcc/1.4 | OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt | | mpi/openmpi/intel/1.5.1 | dito mit Intel Compiler | ---++ Bibliotheken ---++ Debugger/Profiler ---+++ Allinea DDT Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul <verbatim> module add ddt/2.6.1 </verbatim> laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando =ddt= starten. ---++ Sonstiges ---+++ R Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden: <verbatim> module rm intel/mpi module add mpi/openmpi/gcc/1.4 </verbatim> Einen Knoten reservieren <verbatim> qsub -I -A ... mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca </verbatim> Programm ausführen... Rmpi wieder beenden: <verbatim> mpi.close.Rslaves() mpi.quit() </verbatim> -- Main.HolgerAngenent - 2011-04-04
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Topic revision: r4 - 2011-07-27 - HolgerAngenent
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