---+ Auf Palma verfügbare Software Im folgenden Teil eine Übersicht über die Module ("module av") und was sie bewirken. Module können mit "module add _Modulname_" geladen werden, "module show _Modulname_" liefert Infos über die gesetzten Umgebungsvariablen %TOC{title="Software"}% ---++ Compiler ---+++ Serielle Compiler Setzen die Umgebungsvariablen CC, CXX, FC und FLAGS_FAST | intel/2016a | Version 16 der Intel Compiler Suite, inkl. C/C++ und Fortran | | GNU/5.1.0-2.25 | GNU Compiler in Version 5.1. Aus Performancegründen wird zur Verwendung des Intel Compilers geraten. | ---+++ MPI Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90 | impi/5.1.2.150-iccifort-2016.1.150-GCC-4.9.3-2.25 | Intel MPI, wird automatisch durch intel/2016a geladen | | !OpenMPI /1.10.2-GCC-5.3.0 | Falls Intel MPI nicht funktioniert. Ist mit GCC in Version 5.3 übersetzt | | !OpenMPI /1.8.4-GCC-4.8.4 | Falls Intel MPI nicht funktioniert. Ist mit GCC in Version 4.8.4 übersetzt | ---++ Bibliotheken | FFTW/3.3.4-intel-2016a | Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler, lädt dessen Modul automatisch. | | imkl/11.3.2.181-iimpi-2016.02-GCC-4.9.3-2.25 | Intel Math Kernel Library. Lädt automatisch intel/2016a | ---++ Debugger/Profiler ---+++ Allinea DDT Paralleldebugger für MPI und OpenMP. (Link zur [[http://www.allinea.com/products/ddt/][Seite des Herstellers]]) Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul <verbatim> ddt/6.1</verbatim> laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando =ddt= starten. ---+++ Intel Trace Analyzer and Collector | itac/9.1.0.015 | Intel Trace Analyzer and Collector. Zur Performanceanalyse von MPI parallelisierten Programmen. | ---+++ Intel Inspector | Inspector/2015_update1 | memory error and thread checker tool for C, C++, C# .NET, and Fortran | * (optional) um gefundene Fehler im Code auffinden zu können, mit der Option "-g" kompilieren * GUI mittels "inspxe-gui" aufrufen * Projekt anlegen * "New Analysis" auswählen * Programm auf Probleme wie Speicherprobleme, Speicherlecks, Data Races und Deadlocks untersuchen ---+++ Intel VTune | VTune/2013_update10 | Performanceengpässe finden | Achtung! Aufgrund eines Bugs im Prozessortyp, der auf palma1 verwendet wird, darf das Programm auf keinen Fall auf dem Headnode zum Daten sammeln eingesetzt werden. Auf palma50 ist dies problemlos möglich. * GUI mittels "amplxe-gui" aufrufen * ---++ Sonstiges ---+++ Matlab Mathematica and Maple Die Module für die aktuellen Version von Matlab, Mathematica and Maple heißen | mathematica/9.0.1 | | matlab/R2015a || | maple/Maple17 | Sollen die Programme mit dem GUI über das Batchsystem gestertet werden, siehe [[BatchGUI][diese Anleitung]] ---+++ R | R/3.2.3-intel-2016a | R übersetzt mit Intel Compiler | -- Main.HolgerAngenent - 2011-04-04
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Topic revision: r15 - 2016-09-07 - HolgerAngenent
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