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Auf Palma verfügbare Software

Im folgenden Teil eine Übersicht über die Module ("module av") und was sie bewirken. Module können mit "module add _Modulname_" geladen werden, "module show _Modulname_" liefert Infos über die gesetzten Umgebungsvariablen

Compiler

Serielle Compiler

Setzen die Umgebungsvariablen CC, CXX, FC und FLAGS_FAST
compiler/intel/12 Version 12 der Intel Compiler Suite, inkl. C/C++ und Fortran
intel/cc/11.1.059 Intel C und C++ Compiler
intel/fc/11.1.059 Intel Fortran Compiler
studio/12.2 Oracle Studio Compiler, nur zu Testzwecken gedacht
pgi/11.3 PGI Compiler inkl. des PGI Accelerators, der mittels einfacher Pragmas GPU fähigen Code erzeugen kann

MPI

Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90

mpi/intel/4.0.0.028 Intel MPI in Version 4, sollte standardmäßig verwendet werden

Weitere Varianten:

mpi/intel/3.2.2.006 Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen
intel/mpi/3.2.2.006 Dasselbe Modul
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt
mpi/mpich2/intel/1.3.1b  
mpi/mpich2/intel/1.3.2  
mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2 MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft
mpi/mvapich2/intel/stable  
mpi/openmpi/gcc/1.4 OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt
mpi/openmpi/intel/1.5.1 dito mit Intel Compiler

Bibliotheken

fftw/intel/2.1.5 Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler
fftw/intel/3.2.2  
fftw/intel/3.3-b1 FFTW, aktuelle Beta Version
fftw/studio/3.2.2 FFTW, übersetzt mit Oracle Studio
hdf5/parallel/1.8.4 parallele Version von HDF5
hdf5/serial/1.8.4 serielle Version von HDF5
netcdf/serial/4.1.1  
netcdf/serial/intel/4.1.2  
petsc/intel/3.0.0-p12  
petsc/intel/3.1-p8 Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation Link zur Homepage
slepc/intel/3.0.0-p7  
slepc/intel/3.1-p6 Scalable Library for Eigenvalue Problem Computations, Extension of PETSC Link zur Homepage
nag/fnl6i04dcl  
dislin/10.0  
dislin/10.1  
intel/mkl/10.2.4.032 Intel Math Kernel Library Dokumentation

Debugger/Profiler

Allinea DDT

Paralleldebugger für MPI und OpenMP. (Link zur Seite des Herstellers) Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul
ddt/2.6.1
laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.

OMPP

ompp/0.7.0 OpenMP Profiler für C/C++ und Fortran Link zum Handbuch

Marmot

marmot/intel/2.4.0 MPI Checker Link zur Homepage

Oracle Studio

studio/12.2 Compiler Suite, die Profiling Tools für serielle und parallele Programme mitbringt

Intel Trace Analyzer and Collector

intel/itac/7.2.2 MPI Profiler

Sonstiges

R

Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:
module rm intel/mpi
module add mpi/openmpi/gcc/1.4
Einen Knoten reservieren
qsub -I -A ...
mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca
Programm ausführen... Rmpi wieder beenden:
mpi.close.Rslaves()
mpi.quit()

-- HolgerAngenent - 2011-04-04


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Topic revision: r7 - 2011-08-31 - HolgerAngenent
 
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