Software on Palma

We use the environment module approach to manage the user environment for different software, library or compiler versions on Palma. The distinct advantage of the modules approach is that the user is no longer required to explicitly specify paths for different executable versions, and try to keep the MANPATH and related environment variables coordinated. With the modules approach, users simply "load" and "unload" modules to control their environment. Type

module avail

to list all the modules which are available to be loaded. Notice that most of them indicate associated version numbers. Modules make it easy to switch between versions of a package. Specifying a module name without a version number will select the default production version.

Modules can be added with the call

module add name

where name indicates the complete name of the module. This can be done in the .bashrc so you do not have to load the modules needen by default every time you log in.

module li

shows the already loaded modules.

In the following part, there is an overview of the installed software on Palma with the appropriate module names.

Compiler

Serial Compiler

Sets the environment variables CC, CXX, FC and FLAGS_FAST

compiler/intel/12	Version 12 der Intel Compiler Suite, inkl. C/C++ und Fortran
intel/cc/11.1.059	Intel C und C++ Compiler
intel/fc/11.1.059	Intel Fortran Compiler
studio/12.2	Oracle Studio Compiler, nur zu Testzwecken gedacht
pgi/11.3	PGI Compiler inkl. des PGI Accelerators, der mittels einfacher Pragmas GPU fähigen Code erzeugen kann

MPI

Sets the environment variables MPICC, MPICXX, MPIF77 and MPIF90

mpi/intel/4.0.0.028

Intel MPI in Version 4, sollte standardmäßig verwendet werden

Further variants:

mpi/intel/3.2.2.006	Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen
intel/mpi/3.2.2.006	Dasselbe Modul
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1	MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt
mpi/mpich2/intel/1.3.1b
mpi/mpich2/intel/1.3.2
mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2	MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft
mpi/mvapich2/intel/stable
mpi/openmpi/gcc/1.4	OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt
mpi/openmpi/intel/1.5.1	dito mit Intel Compiler

Libraries

fftw/intel/2.1.5	Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler
fftw/intel/3.2.2
fftw/intel/3.3-b1	FFTW, aktuelle Beta Version
fftw/studio/3.2.2	FFTW, übersetzt mit Oracle Studio
hdf5/parallel/1.8.4	parallele Version von HDF5
hdf5/serial/1.8.4	serielle Version von HDF5
netcdf/serial/4.1.1
netcdf/serial/intel/4.1.2
petsc/intel/3.0.0-p12
petsc/intel/3.1-p8	Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation Link zur Homepage
slepc/intel/3.0.0-p7
slepc/intel/3.1-p6	Scalable Library for Eigenvalue Problem Computations, Extension of PETSC Link zur Homepage
nag/fnl6i04dcl
dislin/10.0
dislin/10.1
intel/mkl/10.2.4.032	Intel Math Kernel Library Dokumentation

Debugger/Profiler

Allinea DDT

Paralleldebugger für MPI und OpenMP. (Link zur Seite des Herstellers) Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul

ddt/2.6.1

laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.

OMPP

ompp/0.7.0

OpenMP Profiler für C/C++ und Fortran Link zum Handbuch

Marmot

marmot/intel/2.4.0

MPI Checker Link zur Homepage

Marmot ist ein Tool, das MPI Programme auf Fehler wie Deadlocks überprüft. Zur Benutzung:

• Compileraufruf ersetzen durch marmotcc, marmotcxx, marmotf77, marmotf90
• Programm starten mit MARMOT_LOGFILE_TYPE=1 mpirun -np(n+1) ./Programmname
• Es wird eine HTML Datei erzeugt, die Hinweise auf Programmierfehler liefert

Oracle Studio

studio/12.2

Compiler Suite, die Profiling Tools für serielle und parallele Programme mitbringt

Intel Trace Analyzer and Collector

intel/itac/7.2.2

MPI Profiler

Intel Inspector

tools/intel-inspector/xe_2011

memory error and thread checker tool for C, C++, C# .NET, and Fortran

• (optional) um gefundene Fehler im Code auffinden zu können, mit der Option "-g" kompilieren
• GUI mittels "inspxe-gui" aufrufen
• Projekt anlegen
• "New Analysis" auswählen
• Programm auf Probleme wie Speicherprobleme, Speicherlecks, Data Races und Deadlocks untersuchen

Intel VTune

tools/vtune/xe_2011

Performanceengpässe finden

Achtung! Aufgrund eines Bugs im Prozessortyp, der auf palma1 verwendet wird, darf das Programm auf keinen Fall auf dem Headnode zum Daten sammeln eingesetzt werden. Auf palma50 ist dies problemlos möglich.

• GUI mittels "amplxe-gui" aufrufen

Miscellaneous

R

Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:

module rm intel/mpi
module add mpi/openmpi/gcc/1.4

Einen Knoten reservieren

qsub -I -A ...
mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca

Programm ausführen... Rmpi wieder beenden:

mpi.close.Rslaves()
mpi.quit()