Difference: Palma:software:english (1 vs. 5)

Revision 52016-09-08 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA:english"

Software on Palma

Line: 125 to 125
  To start these programs with a GUI on a node with the batch system, see this guide
Changed:
<
<

R

>
>

Rmpi (currently not installed)

 Usage:
module rm intel/mpi

Revision 42011-11-09 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA:english"

Software on Palma

Line: 15 to 15
  In the following part, there is an overview of the installed software on Palma with the appropriate module names.
Added:
>
>
 

Compiler

Serial Compiler

Line: 114 to 116
 

Miscellaneous

Added:
>
>

Matlab Mathematica and Maple

The modules for the current Version of Matlab, Mathematica and Maple are called

mathematica/8.0
matlab/R2011a
maple/Maple14

To start these programs with a GUI on a node with the batch system, see this guide

 

R

Usage:

Revision 32011-11-08 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA:english"

Software on Palma

Line: 19 to 19
 

Serial Compiler

Sets the environment variables CC, CXX, FC and FLAGS_FAST
Changed:
<
<
compiler/intel/12 Version 12 der Intel Compiler Suite, inkl. C/C++ und Fortran
intel/cc/11.1.059 Intel C und C++ Compiler
intel/fc/11.1.059 Intel Fortran Compiler
studio/12.2 Oracle Studio Compiler, nur zu Testzwecken gedacht
pgi/11.3 PGI Compiler inkl. des PGI Accelerators, der mittels einfacher Pragmas GPU fähigen Code erzeugen kann
>
>
compiler/intel/12 Version 12 of the Intel compiler suite, inkl. C/C++ and Fortran
intel/cc/11.1.059 Intel C and C++ compiler
intel/fc/11.1.059 Intel Fortran compiler
studio/12.2 Oracle Studio compiler, only for testing purposes
pgi/11.3 PGI compiler
 

MPI

Sets the environment variables MPICC, MPICXX, MPIF77 and MPIF90
Changed:
<
<
mpi/intel/4.0.0.028 Intel MPI in Version 4, sollte standardmäßig verwendet werden
>
>
mpi/intel/4.0.0.028 Intel MPI in version 4, should be used as standard MPI environment
  Further variants:
Changed:
<
<
mpi/intel/3.2.2.006 Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen
intel/mpi/3.2.2.006 Dasselbe Modul
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt
>
>
mpi/intel/3.2.2.006 Older version, only for compatibility purposes
intel/mpi/3.2.2.006 The same module
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 MPICH2, if explicitely required by the code
 
mpi/mpich2/intel/1.3.1b  
mpi/mpich2/intel/1.3.2  
Changed:
<
<
mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2 MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft
>
>
mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2 MVAPICH2, might run, if Intel MPI does not run on arbitrary many processors
 
mpi/mvapich2/intel/stable  
Changed:
<
<
mpi/openmpi/gcc/1.4 OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt
mpi/openmpi/intel/1.5.1 dito mit Intel Compiler
>
>
mpi/openmpi/gcc/1.4 OpenMPI, if explicitely required by the code, compiled with the GNU compiler
mpi/openmpi/intel/1.5.1 the same with Intel compiler
 

Libraries

Changed:
<
<
fftw/intel/2.1.5 Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler
>
>
fftw/intel/2.1.5 Fastest Fourier Transform in the West, compiled with Intel compiler
 
fftw/intel/3.2.2  
Changed:
<
<
fftw/intel/3.3-b1 FFTW, aktuelle Beta Version
fftw/studio/3.2.2 FFTW, übersetzt mit Oracle Studio
hdf5/parallel/1.8.4 parallele Version von HDF5
hdf5/serial/1.8.4 serielle Version von HDF5
>
>
fftw/intel/3.3-b1 FFTW, current beta version
fftw/studio/3.2.2 FFTW, compiled with Oracle Studio
hdf5/parallel/1.8.4 parallel version of HDF5
hdf5/serial/1.8.4 serielle version of HDF5
 
netcdf/serial/4.1.1  
netcdf/serial/intel/4.1.2  
petsc/intel/3.0.0-p12  
Line: 65 to 65
 

Debugger/Profiler

Allinea DDT

Changed:
<
<
Paralleldebugger für MPI und OpenMP. (Link zur Seite des Herstellers) Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul
>
>
Paralleldebugger for MPI and OpenMP. (Link to vendor homepage) We have a license for up to 16 processes that is shared by all users. Please use only as many processes as necessary. To use the program, load the module
 
ddt/2.6.1
Changed:
<
<
laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.
>
>
, after that, it can be startet by the command ddt.
 

OMPP

Changed:
<
<
ompp/0.7.0 OpenMP Profiler für C/C++ und Fortran Link zum Handbuch
>
>
ompp/0.7.0 OpenMP profiler for C/C++ and Fortran Link to manual
 

Marmot

Changed:
<
<
marmot/intel/2.4.0 MPI Checker Link zur Homepage
>
>
marmot/intel/2.4.0 MPI Checker Link to homepage
 
Changed:
<
<
Marmot ist ein Tool, das MPI Programme auf Fehler wie Deadlocks überprüft. Zur Benutzung:
  • Compileraufruf ersetzen durch marmotcc, marmotcxx, marmotf77, marmotf90
  • Programm starten mit MARMOT_LOGFILE_TYPE=1 mpirun -np(n+1) ./Programmname
  • Es wird eine HTML Datei erzeugt, die Hinweise auf Programmierfehler liefert
>
>
Marmot can be used to check MPI code for bugs like deadlocks. Usage:
  • Substitute compiler call by marmotcc, marmotcxx, marmotf77 or marmotf90
  • Run program with MARMOT_LOGFILE_TYPE=1 mpirun -np(n+1) ./program
  • A HTML file es created that gives hints for bugs
 

Oracle Studio

Changed:
<
<
studio/12.2 Compiler Suite, die Profiling Tools für serielle und parallele Programme mitbringt
>
>
studio/12.2 Compiler suite, with profiling tools for serial und parallel codes
 

Intel Trace Analyzer and Collector

Line: 97 to 97
 
tools/intel-inspector/xe_2011 memory error and thread checker tool for C, C++, C# .NET, and Fortran
Changed:
<
<
  • (optional) um gefundene Fehler im Code auffinden zu können, mit der Option "-g" kompilieren
  • GUI mittels "inspxe-gui" aufrufen
  • Projekt anlegen
  • "New Analysis" auswählen
  • Programm auf Probleme wie Speicherprobleme, Speicherlecks, Data Races und Deadlocks untersuchen
>
>
Usage:
  • (optional) to be able to find the location of found bugs in the source code, compiler with the option "-g"
  • execute the GUI via "inspxe-gui"
  • Create a new project
  • Choose "New Analysis"
  • Let the inspector search for problems like memory problems, memory leaks, data races and deadlocks
 

Intel VTune

Changed:
<
<
tools/vtune/xe_2011 Performanceengpässe finden
>
>
tools/vtune/xe_2011 Find performance bottlenecks
 
Changed:
<
<
Achtung! Aufgrund eines Bugs im Prozessortyp, der auf palma1 verwendet wird, darf das Programm auf keinen Fall auf dem Headnode zum Daten sammeln eingesetzt werden. Auf palma50 ist dies problemlos möglich.

  • GUI mittels "amplxe-gui" aufrufen
>
>
Attention! Due to a bug in the processors of palma1, VTune must not be used to collect data on palma1 under no circumstances. Please use palma50 for this purpose.
 
Added:
>
>
  • The GUI is called via "amplxe-gui"
 

Miscellaneous

R

Changed:
<
<
Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:
>
>
Usage:
 
module rm intel/mpi
module add mpi/openmpi/gcc/1.4
Changed:
<
<
Einen Knoten reservieren
>
>
Reserve a node
 
qsub -I -A ...
mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca
Changed:
<
<
Programm ausführen... Rmpi wieder beenden:
>
>
Execute program Quit Rmpi
 
mpi.close.Rslaves()
mpi.quit()

Revision 22011-11-08 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA:english"
Deleted:
<
<
Derzeit noch in Arbeit!
 

Software on Palma

Changed:
<
<
Im folgenden Teil eine Übersicht über die Module ("module av") und was sie bewirken. Module können mit "module add _Modulname_" geladen werden, "module show _Modulname_" liefert Infos über die gesetzten Umgebungsvariablen
>
>
We use the environment module approach to manage the user environment for different software, library or compiler versions on Palma. The distinct advantage of the modules approach is that the user is no longer required to explicitly specify paths for different executable versions, and try to keep the MANPATH and related environment variables coordinated. With the modules approach, users simply "load" and "unload" modules to control their environment. Type
module avail
to list all the modules which are available to be loaded. Notice that most of them indicate associated version numbers. Modules make it easy to switch between versions of a package. Specifying a module name without a version number will select the default production version.

Modules can be added with the call

module add name
where name indicates the complete name of the module. This can be done in the .bashrc so you do not have to load the modules needen by default every time you log in.

module li
shows the already loaded modules.

In the following part, there is an overview of the installed software on Palma with the appropriate module names.

 

Compiler

Changed:
<
<

Serielle Compiler

Setzen die Umgebungsvariablen CC, CXX, FC und FLAGS_FAST
>
>

Serial Compiler

Sets the environment variables CC, CXX, FC and FLAGS_FAST
 
compiler/intel/12 Version 12 der Intel Compiler Suite, inkl. C/C++ und Fortran
intel/cc/11.1.059 Intel C und C++ Compiler
intel/fc/11.1.059 Intel Fortran Compiler
Line: 17 to 26
 
pgi/11.3 PGI Compiler inkl. des PGI Accelerators, der mittels einfacher Pragmas GPU fähigen Code erzeugen kann

MPI

Changed:
<
<
Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90
>
>
Sets the environment variables MPICC, MPICXX, MPIF77 and MPIF90
 
mpi/intel/4.0.0.028 Intel MPI in Version 4, sollte standardmäßig verwendet werden
Changed:
<
<
Weitere Varianten:
>
>
Further variants:
 
mpi/intel/3.2.2.006 Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen
intel/mpi/3.2.2.006 Dasselbe Modul
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt
Line: 35 to 44
 
Changed:
<
<

Bibliotheken

>
>

Libraries

 
fftw/intel/2.1.5 Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler
fftw/intel/3.2.2  
Line: 104 to 113
 
Changed:
<
<

Sonstiges

>
>

Miscellaneous

 

R

Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:
Line: 123 to 132
 mpi.close.Rslaves() mpi.quit()
Deleted:
<
<

-- HolgerAngenent - 2011-04-04

-- HolgerAngenent - 2011-11-07

Revision 12011-11-07 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
Added:
>
>
META TOPICPARENT name="PALMA:english"
Derzeit noch in Arbeit!

Software on Palma

Im folgenden Teil eine Übersicht über die Module ("module av") und was sie bewirken. Module können mit "module add _Modulname_" geladen werden, "module show _Modulname_" liefert Infos über die gesetzten Umgebungsvariablen

Compiler

Serielle Compiler

Setzen die Umgebungsvariablen CC, CXX, FC und FLAGS_FAST
compiler/intel/12 Version 12 der Intel Compiler Suite, inkl. C/C++ und Fortran
intel/cc/11.1.059 Intel C und C++ Compiler
intel/fc/11.1.059 Intel Fortran Compiler
studio/12.2 Oracle Studio Compiler, nur zu Testzwecken gedacht
pgi/11.3 PGI Compiler inkl. des PGI Accelerators, der mittels einfacher Pragmas GPU fähigen Code erzeugen kann

MPI

Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90

mpi/intel/4.0.0.028 Intel MPI in Version 4, sollte standardmäßig verwendet werden

Weitere Varianten:

mpi/intel/3.2.2.006 Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen
intel/mpi/3.2.2.006 Dasselbe Modul
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt
mpi/mpich2/intel/1.3.1b  
mpi/mpich2/intel/1.3.2  
mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2 MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft
mpi/mvapich2/intel/stable  
mpi/openmpi/gcc/1.4 OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt
mpi/openmpi/intel/1.5.1 dito mit Intel Compiler

Bibliotheken

fftw/intel/2.1.5 Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler
fftw/intel/3.2.2  
fftw/intel/3.3-b1 FFTW, aktuelle Beta Version
fftw/studio/3.2.2 FFTW, übersetzt mit Oracle Studio
hdf5/parallel/1.8.4 parallele Version von HDF5
hdf5/serial/1.8.4 serielle Version von HDF5
netcdf/serial/4.1.1  
netcdf/serial/intel/4.1.2  
petsc/intel/3.0.0-p12  
petsc/intel/3.1-p8 Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation Link zur Homepage
slepc/intel/3.0.0-p7  
slepc/intel/3.1-p6 Scalable Library for Eigenvalue Problem Computations, Extension of PETSC Link zur Homepage
nag/fnl6i04dcl  
dislin/10.0  
dislin/10.1  
intel/mkl/10.2.4.032 Intel Math Kernel Library Dokumentation

Debugger/Profiler

Allinea DDT

Paralleldebugger für MPI und OpenMP. (Link zur Seite des Herstellers) Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul
ddt/2.6.1
laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.

OMPP

ompp/0.7.0 OpenMP Profiler für C/C++ und Fortran Link zum Handbuch

Marmot

marmot/intel/2.4.0 MPI Checker Link zur Homepage

Marmot ist ein Tool, das MPI Programme auf Fehler wie Deadlocks überprüft. Zur Benutzung:

  • Compileraufruf ersetzen durch marmotcc, marmotcxx, marmotf77, marmotf90
  • Programm starten mit MARMOT_LOGFILE_TYPE=1 mpirun -np(n+1) ./Programmname
  • Es wird eine HTML Datei erzeugt, die Hinweise auf Programmierfehler liefert

Oracle Studio

studio/12.2 Compiler Suite, die Profiling Tools für serielle und parallele Programme mitbringt

Intel Trace Analyzer and Collector

intel/itac/7.2.2 MPI Profiler

Intel Inspector

tools/intel-inspector/xe_2011 memory error and thread checker tool for C, C++, C# .NET, and Fortran

  • (optional) um gefundene Fehler im Code auffinden zu können, mit der Option "-g" kompilieren
  • GUI mittels "inspxe-gui" aufrufen
  • Projekt anlegen
  • "New Analysis" auswählen
  • Programm auf Probleme wie Speicherprobleme, Speicherlecks, Data Races und Deadlocks untersuchen

Intel VTune

tools/vtune/xe_2011 Performanceengpässe finden

Achtung! Aufgrund eines Bugs im Prozessortyp, der auf palma1 verwendet wird, darf das Programm auf keinen Fall auf dem Headnode zum Daten sammeln eingesetzt werden. Auf palma50 ist dies problemlos möglich.

  • GUI mittels "amplxe-gui" aufrufen

Sonstiges

R

Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:
module rm intel/mpi
module add mpi/openmpi/gcc/1.4
Einen Knoten reservieren
qsub -I -A ...
mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca
Programm ausführen... Rmpi wieder beenden:
mpi.close.Rslaves()
mpi.quit()

-- HolgerAngenent - 2011-04-04

-- HolgerAngenent - 2011-11-07

 
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