Difference: Palma:software (1 vs. 15)

Revision 152016-09-07 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"

Auf Palma verfügbare Software

Line: 34 to 34
 Paralleldebugger für MPI und OpenMP. (Link zur Seite des Herstellers) Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul
Changed:
<
<
ddt/2.6.1
>
>
ddt/6.1
  laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.

Revision 142016-08-19 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"

Auf Palma verfügbare Software

Line: 44 to 44
 

Intel Inspector

Changed:
<
<
Ist derzeit leider nicht installiert.

tools/intel-inspector/xe_2011 memory error and thread checker tool for C, C++, C# .NET, and Fortran
>
>
Inspector/2015_update1 memory error and thread checker tool for C, C++, C# .NET, and Fortran
 
  • (optional) um gefundene Fehler im Code auffinden zu können, mit der Option "-g" kompilieren
  • GUI mittels "inspxe-gui" aufrufen

Revision 132016-08-19 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"

Auf Palma verfügbare Software

Line: 9 to 9
 

Compiler

Serielle Compiler

Added:
>
>
 Setzen die Umgebungsvariablen CC, CXX, FC und FLAGS_FAST
Changed:
<
<
compiler/intel/12 Version 12 der Intel Compiler Suite, inkl. C/C++ und Fortran
intel/cc/11.1.059 Intel C und C++ Compiler
intel/fc/11.1.059 Intel Fortran Compiler
studio/12.2 Oracle Studio Compiler, nur zu Testzwecken gedacht
pgi/11.3 PGI Compiler inkl. des PGI Accelerators, der mittels einfacher Pragmas GPU fähigen Code erzeugen kann
>
>
intel/2016a Version 16 der Intel Compiler Suite, inkl. C/C++ und Fortran
GNU/5.1.0-2.25 GNU Compiler in Version 5.1. Aus Performancegründen wird zur Verwendung des Intel Compilers geraten.
 

MPI

Deleted:
<
<
Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90

mpi/intel/4.0.0.028 Intel MPI in Version 4, sollte standardmäßig verwendet werden

Weitere Varianten:

mpi/intel/3.2.2.006 Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen
intel/mpi/3.2.2.006 Dasselbe Modul
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt
mpi/mpich2/intel/1.3.1b  
mpi/mpich2/intel/1.3.2  
mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2 MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft
mpi/mvapich2/intel/stable  
mpi/openmpi/gcc/1.4 OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt
mpi/openmpi/intel/1.5.1 dito mit Intel Compiler
 
Added:
>
>
Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90
 
Added:
>
>
impi/5.1.2.150-iccifort-2016.1.150-GCC-4.9.3-2.25 Intel MPI, wird automatisch durch intel/2016a geladen
OpenMPI /1.10.2-GCC-5.3.0 Falls Intel MPI nicht funktioniert. Ist mit GCC in Version 5.3 übersetzt
OpenMPI /1.8.4-GCC-4.8.4 Falls Intel MPI nicht funktioniert. Ist mit GCC in Version 4.8.4 übersetzt
 

Bibliotheken

Changed:
<
<
fftw/intel/2.1.5 Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler
fftw/intel/3.2.2  
fftw/intel/3.3-b1 FFTW, aktuelle Beta Version
fftw/studio/3.2.2 FFTW, übersetzt mit Oracle Studio
hdf5/parallel/1.8.4 parallele Version von HDF5
hdf5/serial/1.8.4 serielle Version von HDF5
netcdf/serial/4.1.1  
netcdf/serial/intel/4.1.2  
petsc/intel/3.0.0-p12  
petsc/intel/3.1-p8 Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation Link zur Homepage
slepc/intel/3.0.0-p7  
slepc/intel/3.1-p6 Scalable Library for Eigenvalue Problem Computations, Extension of PETSC Link zur Homepage
nag/fnl6i04dcl  
dislin/10.0  
dislin/10.1  
intel/mkl/10.2.4.032 Intel Math Kernel Library Dokumentation
>
>
FFTW/3.3.4-intel-2016a Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler, lädt dessen Modul automatisch.
imkl/11.3.2.181-iimpi-2016.02-GCC-4.9.3-2.25 Intel Math Kernel Library. Lädt automatisch intel/2016a
 

Debugger/Profiler

Allinea DDT

Line: 59 to 34
 Paralleldebugger für MPI und OpenMP. (Link zur Seite des Herstellers) Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul
Changed:
<
<
ddt/2.6.1 laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.

OMPP

ompp/0.7.0 OpenMP Profiler für C/C++ und Fortran Link zum Handbuch

Marmot

>
>
ddt/2.6.1
 
Changed:
<
<
marmot/intel/2.4.0 MPI Checker Link zur Homepage

Marmot ist ein Tool, das MPI Programme auf Fehler wie Deadlocks überprüft. Zur Benutzung:

  • Compileraufruf ersetzen durch marmotcc, marmotcxx, marmotf77, marmotf90
  • Programm starten mit MARMOT_LOGFILE_TYPE=1 mpirun -np(n+1) ./Programmname
  • Es wird eine HTML Datei erzeugt, die Hinweise auf Programmierfehler liefert

Oracle Studio

studio/12.2 Compiler Suite, die Profiling Tools für serielle und parallele Programme mitbringt
>
>
laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.
 

Intel Trace Analyzer and Collector

Changed:
<
<
intel/itac/7.2.2 MPI Profiler
>
>
itac/9.1.0.015 Intel Trace Analyzer and Collector. Zur Performanceanalyse von MPI parallelisierten Programmen.
 

Intel Inspector

Added:
>
>
Ist derzeit leider nicht installiert.
 
tools/intel-inspector/xe_2011 memory error and thread checker tool for C, C++, C# .NET, and Fortran

  • (optional) um gefundene Fehler im Code auffinden zu können, mit der Option "-g" kompilieren
Line: 96 to 56
 

Intel VTune

Changed:
<
<
tools/vtune/xe_2011 Performanceengpässe finden
>
>
VTune/2013_update10 Performanceengpässe finden
 Achtung! Aufgrund eines Bugs im Prozessortyp, der auf palma1 verwendet wird, darf das Programm auf keinen Fall auf dem Headnode zum Daten sammeln eingesetzt werden. Auf palma50 ist dies problemlos möglich.

  • GUI mittels "amplxe-gui" aufrufen
Line: 109 to 67
 

Matlab Mathematica and Maple

Die Module für die aktuellen Version von Matlab, Mathematica and Maple heißen

Changed:
<
<
mathematica/8.0
matlab/R2011a
matlab/R2012b
maple/Maple14
>
>
mathematica/9.0.1
matlab/R2015a
maple/Maple17
 Sollen die Programme mit dem GUI über das Batchsystem gestertet werden, siehe diese Anleitung

R

Deleted:
<
<
Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:
module rm intel/mpi
module add mpi/openmpi/gcc/1.4
Einen Knoten reservieren
qsub -I -A ...
mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca
Programm ausführen... Rmpi wieder beenden:
mpi.close.Rslaves()
mpi.quit()
 
Added:
>
>
R/3.2.3-intel-2016a R übersetzt mit Intel Compiler
  -- HolgerAngenent - 2011-04-04 \ No newline at end of file

Revision 122013-12-17 - c_5fhimp01

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"

Auf Palma verfügbare Software

Line: 111 to 111
 Die Module für die aktuellen Version von Matlab, Mathematica and Maple heißen
mathematica/8.0
matlab/R2011a
Added:
>
>
matlab/R2012b
 
maple/Maple14

Sollen die Programme mit dem GUI über das Batchsystem gestertet werden, siehe diese Anleitung

Revision 112013-12-16 - c_5fhimp01

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"

Auf Palma verfügbare Software

Revision 102011-11-09 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"
Deleted:
<
<
Derzeit noch in Arbeit!
 

Auf Palma verfügbare Software

Im folgenden Teil eine Übersicht über die Module ("module av") und was sie bewirken. Module können mit "module add _Modulname_" geladen werden, "module show _Modulname_" liefert Infos über die gesetzten Umgebungsvariablen

Added:
>
>
 

Compiler

Serielle Compiler

Line: 106 to 106
 

Sonstiges

Added:
>
>

Matlab Mathematica and Maple

Die Module für die aktuellen Version von Matlab, Mathematica and Maple heißen

mathematica/8.0
matlab/R2011a
maple/Maple14

Sollen die Programme mit dem GUI über das Batchsystem gestertet werden, siehe diese Anleitung

 

R

Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:

Revision 92011-10-28 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"
Derzeit noch in Arbeit!
Line: 84 to 84
 
intel/itac/7.2.2 MPI Profiler
Added:
>
>

Intel Inspector

tools/intel-inspector/xe_2011 memory error and thread checker tool for C, C++, C# .NET, and Fortran

  • (optional) um gefundene Fehler im Code auffinden zu können, mit der Option "-g" kompilieren
  • GUI mittels "inspxe-gui" aufrufen
  • Projekt anlegen
  • "New Analysis" auswählen
  • Programm auf Probleme wie Speicherprobleme, Speicherlecks, Data Races und Deadlocks untersuchen

Intel VTune

tools/vtune/xe_2011 Performanceengpässe finden

Achtung! Aufgrund eines Bugs im Prozessortyp, der auf palma1 verwendet wird, darf das Programm auf keinen Fall auf dem Headnode zum Daten sammeln eingesetzt werden. Auf palma50 ist dies problemlos möglich.

  • GUI mittels "amplxe-gui" aufrufen
 

Sonstiges

R

Revision 82011-09-29 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"
Derzeit noch in Arbeit!
Line: 71 to 71
 
marmot/intel/2.4.0 MPI Checker Link zur Homepage
Added:
>
>
Marmot ist ein Tool, das MPI Programme auf Fehler wie Deadlocks überprüft. Zur Benutzung:
  • Compileraufruf ersetzen durch marmotcc, marmotcxx, marmotf77, marmotf90
  • Programm starten mit MARMOT_LOGFILE_TYPE=1 mpirun -np(n+1) ./Programmname
  • Es wird eine HTML Datei erzeugt, die Hinweise auf Programmierfehler liefert
 

Oracle Studio

studio/12.2 Compiler Suite, die Profiling Tools für serielle und parallele Programme mitbringt

Revision 72011-08-31 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"
Derzeit noch in Arbeit!
Line: 10 to 10
 

Serielle Compiler

Setzen die Umgebungsvariablen CC, CXX, FC und FLAGS_FAST
Added:
>
>
compiler/intel/12 Version 12 der Intel Compiler Suite, inkl. C/C++ und Fortran
 
intel/cc/11.1.059 Intel C und C++ Compiler
intel/fc/11.1.059 Intel Fortran Compiler
studio/12.2 Oracle Studio Compiler, nur zu Testzwecken gedacht
Changed:
<
<
/Applic.PALMA/modules_intel/intel12 Macht diverse Module zum aktueller Intel Compiler verfügbar, inklusive diverser Bibliotheken und Intel Tools, die mit diesem übersetzt wurden
>
>
pgi/11.3 PGI Compiler inkl. des PGI Accelerators, der mittels einfacher Pragmas GPU fähigen Code erzeugen kann
 

MPI

Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90

Revision 62011-07-28 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"
Derzeit noch in Arbeit!
Line: 13 to 13
 
intel/cc/11.1.059 Intel C und C++ Compiler
intel/fc/11.1.059 Intel Fortran Compiler
studio/12.2 Oracle Studio Compiler, nur zu Testzwecken gedacht
Added:
>
>
/Applic.PALMA/modules_intel/intel12 Macht diverse Module zum aktueller Intel Compiler verfügbar, inklusive diverser Bibliotheken und Intel Tools, die mit diesem übersetzt wurden
 

MPI

Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90
Line: 35 to 36
 

Bibliotheken

Changed:
<
<
fftw/intel/2.1.5 FFTW, übersetzt mit Intel Compiler
>
>
fftw/intel/2.1.5 Fastest Fourier Transform in the West, übersetzt mit Intel Compiler
 
fftw/intel/3.2.2  
Changed:
<
<
fftw/intel/3.3-b1  
>
>
fftw/intel/3.3-b1 FFTW, aktuelle Beta Version
 
fftw/studio/3.2.2 FFTW, übersetzt mit Oracle Studio
hdf5/parallel/1.8.4 parallele Version von HDF5
hdf5/serial/1.8.4 serielle Version von HDF5
netcdf/serial/4.1.1  
netcdf/serial/intel/4.1.2  
petsc/intel/3.0.0-p12  
Changed:
<
<
petsc/intel/3.1-p8  
>
>
petsc/intel/3.1-p8 Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation Link zur Homepage
 
slepc/intel/3.0.0-p7  
Changed:
<
<
slepc/intel/3.1-p6  
>
>
slepc/intel/3.1-p6 Scalable Library for Eigenvalue Problem Computations, Extension of PETSC Link zur Homepage
 
nag/fnl6i04dcl  
dislin/10.0  
dislin/10.1  
Added:
>
>
intel/mkl/10.2.4.032 Intel Math Kernel Library Dokumentation
 

Debugger/Profiler

Allinea DDT

Changed:
<
<
Paralleldebugger für MPI und OpenMP. Seite des Herstellers
>
>
Paralleldebugger für MPI und OpenMP. (Link zur Seite des Herstellers)
 Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul
ddt/2.6.1
laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.
Added:
>
>

OMPP

ompp/0.7.0 OpenMP Profiler für C/C++ und Fortran Link zum Handbuch

Marmot

marmot/intel/2.4.0 MPI Checker Link zur Homepage

Oracle Studio

studio/12.2 Compiler Suite, die Profiling Tools für serielle und parallele Programme mitbringt

Intel Trace Analyzer and Collector

intel/itac/7.2.2 MPI Profiler
 

Sonstiges

R

Revision 52011-07-27 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"
Derzeit noch in Arbeit!

Auf Palma verfügbare Software

Added:
>
>
Im folgenden Teil eine Übersicht über die Module ("module av") und was sie bewirken. Module können mit "module add _Modulname_" geladen werden, "module show _Modulname_" liefert Infos über die gesetzten Umgebungsvariablen
 

Compiler

Added:
>
>

Serielle Compiler

Setzen die Umgebungsvariablen CC, CXX, FC und FLAGS_FAST
intel/cc/11.1.059 Intel C und C++ Compiler
intel/fc/11.1.059 Intel Fortran Compiler
studio/12.2 Oracle Studio Compiler, nur zu Testzwecken gedacht
 

MPI

Added:
>
>
Setzt die Umgebungsvariablen MPICC, MPICXX, MPIF77 und MPIF90
 
Changed:
<
<
Als Standard MPI-Version sollte Intel MPI in Version 4 verwendet werden. Das entsprechende Modul wird per
module add mpi/intel/4.0.0.028
geladen.
>
>
mpi/intel/4.0.0.028 Intel MPI in Version 4, sollte standardmäßig verwendet werden
  Weitere Varianten:
mpi/intel/3.2.2.006 Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen
Added:
>
>
intel/mpi/3.2.2.006 Dasselbe Modul
 
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt
mpi/mpich2/intel/1.3.1b  
mpi/mpich2/intel/1.3.2  
Line: 29 to 35
 

Bibliotheken

Added:
>
>
fftw/intel/2.1.5 FFTW, übersetzt mit Intel Compiler
fftw/intel/3.2.2  
fftw/intel/3.3-b1  
fftw/studio/3.2.2 FFTW, übersetzt mit Oracle Studio
hdf5/parallel/1.8.4 parallele Version von HDF5
hdf5/serial/1.8.4 serielle Version von HDF5
netcdf/serial/4.1.1  
netcdf/serial/intel/4.1.2  
petsc/intel/3.0.0-p12  
petsc/intel/3.1-p8  
slepc/intel/3.0.0-p7  
slepc/intel/3.1-p6  
nag/fnl6i04dcl  
dislin/10.0  
dislin/10.1  
 

Debugger/Profiler

Allinea DDT

Changed:
<
<
>
>
Paralleldebugger für MPI und OpenMP. Seite des Herstellers
 Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul
Changed:
<
<
module add ddt/2.6.1
>
>
ddt/2.6.1
  laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.

Revision 42011-07-27 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"
Derzeit noch in Arbeit!
Line: 13 to 13
 module add mpi/intel/4.0.0.028 geladen.
Added:
>
>
Weitere Varianten:
mpi/intel/3.2.2.006 Ältere Version, nur aus Kompatibilitätsgründen
mpi/mpich2/intel/1.2.1p1 MPICH2, falls von bestimmten Programmen benötigt
mpi/mpich2/intel/1.3.1b  
mpi/mpich2/intel/1.3.2  
mpi/mvapich2/intel/1.6-rc2 MVAPICH2, nur verwenden, falls Intel MPI nicht mit vielen Prozessen läuft
mpi/mvapich2/intel/stable  
mpi/openmpi/gcc/1.4 OpenMPI, falls von bestimmten Programmen benötigt, mit GNU-Compiler übersetzt
mpi/openmpi/intel/1.5.1 dito mit Intel Compiler

 

Bibliotheken

Debugger/Profiler

Revision 32011-05-11 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"
Derzeit noch in Arbeit!
Line: 6 to 6
 

Compiler

Added:
>
>

MPI

Als Standard MPI-Version sollte Intel MPI in Version 4 verwendet werden. Das entsprechende Modul wird per

module add mpi/intel/4.0.0.028
geladen.
 

Bibliotheken

Debugger/Profiler

Revision 22011-04-12 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="PALMA"
Derzeit noch in Arbeit!
Line: 8 to 8
 

Bibliotheken

Added:
>
>

Debugger/Profiler

Allinea DDT

Es steht eine Lizenz für bis zu 16 Prozesse bereit, die sich alle Nutzer teilen müssen. Deswegen nur so viele Prozesse nur solange verwenden, wie unbedingt notwendig. Zur Verwendung des Programms das Modul

module add ddt/2.6.1
laden, danach lässt sich das GUI über das Kommando ddt starten.
 

Sonstiges

R

Revision 12011-04-04 - HolgerAngenent

Line: 1 to 1
Added:
>
>
META TOPICPARENT name="PALMA"
Derzeit noch in Arbeit!

Auf Palma verfügbare Software

Compiler

Bibliotheken

Sonstiges

R

Rmpi lässt sich folgendermaßen verwenden:
module rm intel/mpi
module add mpi/openmpi/gcc/1.4
Einen Knoten reservieren
qsub -I -A ...
mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --mca
Programm ausführen... Rmpi wieder beenden:
mpi.close.Rslaves()
mpi.quit()

-- HolgerAngenent - 2011-04-04

 
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