Die wissenschaftliche Forschung wird von drei Arbeitsgruppen durchgeführt, die von drei Professoren (S. Fetzner, F. Meinhardt, A. Steinbüchel) geleitet werden. Eine vierte Arbeitsgruppe wurde bis zu dessen Berufung nach Neuseeland Ende 2003 von einem habilitierten Wissenschaftler (B. H. A. Rehm) geleitet. Darüber hinaus sind zwei emeritierte Professoren (H.-J. Rehm und H. Pape) am Institut aktiv.
Am Institut werden mikrobiologische Grundlagenforschung und angewandte, biotechnologische Forschungsarbeiten durchgeführt und diese dabei häufig miteinander verknüpft. Überproportional viele zur Verfügung stehende Drittmittelprojekte und ein im Jahr 1998 errichtetes, gut ausgestattetes Biotechnikum ermöglichen umfangreiche Forschungsarbeiten sowie eine umfassende
Ausbildung und Lehre in der Mikrobiologie und Biotechnologie. Für die Diplomstudiengänge wurde die Grundausbildung in Mikrobiologie mit einer Vorlesung und einem Kurs in das Grundstudium vorverlegt und ist dort fest integriert. Unter anderem um dies zu ermöglichen, wurde am Ende des Berichtszeitraums mit der Errichtung eines neuen Kursraums für den Fachbereich als Institutsanbau begonnen. Das Institut bringt
sich auch in starkem Maße in den neu errichteten Diplom-Studiengang "Biotechnologie"
ein.
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