Das Fach Ägyptologie hat traditionell einen archäologischen und einen philologischen Zweig, die beide in Lehre und Forschung am Institut der WWU vertreten werden. Die Archäologie wird insbesondere durch mehrere seit 2009 jährlich durchgeführte Feldprojekte im Sudan gestärkt. Darüber hinaus wird die archäologische Forschung mit kulturanthropologischen, ikonographischen und objektbezogenen Fragestellungen betrieben. Hier ist keine Feldarbeit im Land notwendig, sondern der Zugang zur neuesten Literatur und der disziplinäre wie auch interdisiplinäre Austausch mit der Fachkollegenschaft.
Die philologische Forschung in der Ägyptologie wird am Standort Münster vor allem anhand funerärer Texte (Totenbuch, Stundenritual) betrieben. Ein zweiter Schwerpunkt der an der WWU vertretenen Ägyptologie ist die Interpretation von politisch relevanten Texten des 1. Jt. v. Chr. (derzeit v. a. im Exzellenzcluster-Projekt).
Ein Alleinstellungsmerkmal in der Forschung der Ägyptologie an der WWU ist sicherlich die intensive Auseinandersetzung mit den Kulturen des antiken Sudan. Sudanforschung in dieser Breite wird in Deutschland sonst nur an der Humboldt-Universität zu Berlin betrieben, auch weltweit ist Münster einer der wenigen Standorte mit diesem Schwerpunkt. Zur Stärkung und Sichtbarmachung dieser gebündelten Expertise wurde 2015 die Forschungsstelle „Alter Sudan“ ins Leben gerufen.