ZB Medizin :: med informationCave: PubMed-Suche ohne MeSH kann zu Literatur-Durchfall führen! Fallstricke kennen, Recherchen verbessernNo items found Michael Strumme, der neue AIPler der Klinik für Interdisziplinäre Onkologie, hat ein Problem: Er soll neuere Arbeiten zu dem seltenen Fall eines malignen Herztumors recherchieren. In seiner Erinnerung taucht ein verschwommenes Bild der Datenbank MEDLINE auf, die er vor zwei Jahren einmal ganz erfolgreich für seine Dokorarbeit durchsucht hatte. Er ruft am Stationsrechner die Medline-Datenbank PubMed auf - seine Kollegen hatten sie empfohlen - und gibt einige ihm sinnvoll erscheinende Begriffe ein. Doch heute ist es wie verhext: Er findet zwar bei der Eingabe von "heart tumor", "cardiac tumor", "heart cancer" usw. zehntausende Artikel, aber meist von der Art "Selectively increased risk of cancer in coronary heart disease" oder "Evaluation of the risks of hormone replacement therapy". Strumme fragt sich, ob es schlicht keine Forschung zu diesem Thema gibt oder aber ob PubMed vielleicht gar keine Artikel dazu enthält? Nach reiflichem Überlegen schließt er beide Möglichkeiten aus: Herztumore sind zwar selten, aber durchaus bekannt und PubMed ist mit 11 Mio. Zitaten einfach zu groß, um nichts zu diesem Thema vorweisen zu können. Oder liegt der Fehler vielleicht bei ihm selbst? Keiner weiß, was PubMed sucht... PubMed versucht mit einem intelligenten Mapping-Verfahren, mehr und besser zu finden als es der eigentlichen Sucheingabe entspricht. Dazu werden sowohl die eingegebenen Stichwörter als auch die dazu passenden MeSH-Begriffe gesucht. Wie der Button verrät, führt die Eingabe von heart cancer zur folgenden Suchanfrage: ("heart"[MeSH Terms] OR heart[Text Word]) AND ("neoplasms"[MeSH Terms] OR cancer[Text Word]). Dies ist oft hilfreich, manchmal aber auch verwirrend, weil man nicht weiß, warum bestimmte Arbeiten gefunden werden. PubMed setzt zwar heart richtig zum MeSH-Begriff HEART um, und cancer zu NEOPLASMS, verweist aber nicht auf den richtigen MeSH-Begriff HEART NEOPLASMS. -> Im Gegensatz dazu führt die Eingabe von lung cancer zum korrekten MeSH-Begriff LUNG NEOPLASMS. Übersetzt könnte man sagen, daß PubMed nicht nach der Stecknadel (im Heuhaufen) sucht, sondern auch nach Nadel, Nähnadel, Stopfnadel, vielleicht aber auch nach "Befestigung" und "Nähgarn". Wie kann Schrumme sich in Zukunft vor solchen Fallstricken und den Kommentaren "No items found" oder "Too many items found" schützen? MeSH-Thesaurus Zu den besonderen Vorzügen gegenüber anderen Datenbanken zählt der sorgfältig gepflegte Thesaurus, das Verzeichnis der genormten Schlagwörter (Medical Subject Headings = MeSH), die von der NLM für die inhaltliche Kennzeichnung der in MEDLINE enthaltenen Zeitschriftenaufsätze verwendet werden. Es erhöht die Effizienz dieses Thesaurus beträchtlich, daß die Schlagwörter hierin nicht nur alphabetisch sondern auch hierarchisch aufgelistet und genau definiert sind. Medline-Nutzer sollten deshalb bei jeder Suche und insbesondere bei begrifflichen Unklarheiten immer zuerst diesen Thesaurus aufblättern und sich die Definition fraglicher Schlagwörter anzeigen zu lassen. Als Beispiel sehen Sie unten die hierarchische Umgebung von heart neoplasms: Bei Verwendung der lokalen Win/WebSPIRS-Version ist dies über den Button Thesaurus jederzeit möglich, bei PubMed klickt man dazu in der Navigationsleiste auf den Link MeSH-Browser. Bei der Benutzung der MeSH-Begriffe sollten zwei Dinge unbedingt beachtet werden: Zum einen lohnt sich auf jeden Fall, zusätzlich zur MeSH-Suche auch eine Suche ohne MeSH-Begriffe durchzuführen, da die Indexierung nicht immer konsistent ist, und es nicht für alle medizinischen Sachverhalte einen MeSH-Begriff gibt. Zum anderen findet keine retrospektive Indexierung statt, d.h. mit dem Begriff Chromosomes, Artificial (s.u.) können keine Artikel vor 2001 gefunden werden! Achten Sie deshalb bei Benutzung des Thesaurus auf den in der Schlagwortdefinition angebenen Gültigkeitszeitraum des jeweiligen MeSH-Begriffs. Am 24. Januar 2001 wurden die Medical Subject Headings im Internet aktualisiert. 184 Schlagwörter wurden neu eingeführt, um medizinische Sachverhalte zu bezeichnen, die bisher nicht im MeSH repräsentiert wurden, 10 Schlagwörter wurden gelöscht. Im folgenden werden einige Beispiele für MeSH-Schlagwörter aufgeführt, die neu eingeführt worden sind, um veränderten oder neuen medizinischen Sachverhalten gerecht zu werden.
Suchergebnisse abspeichern Die "Save"-Funktion von PubMed erzeugt eine Textdatei der gefundenen PubMed-Zitate auf dem eigenen Rechner. Wenn man nicht bestimmte Zitate vor dem Speichern auswählt, wird das gesamte Suchergebnis in eine Ascii-Textdatei mit dem Namen query.fcgi gespeichert, und zwar mit den angezeigten Feldern. Diese lassen sich über den Button Display erweitern. Das Maximum, der mit einem Mal zu speichernden Zitate, wurde auf 10.000 erhöht. Man kann aber auch Zitate von mehreren Suchen sammeln, indem man die "Add to Clipboard"-Funktion benutzt. Mit einem Klick auf den Button "Clipboard" öffnet man die gesammelten Zitate und kann diese dann wie oben abspeichern. Diese Funktion erlaubt maximal 500 Zitate. Wenn man die Textdatei mit den Zitaten auf seinem Rechner abspeichert, sollte man die Datei mit einem sinnvollen Namen und einer *.txt-Endung versehen. Dann läßt sie sich leichter mit einem Texteditor öffnen. Dieser Aufsatz ist erschienen in der Zeitschrift |
