Das Centrum für Religion und Moderne ist Teil der interdisziplinären und epochenübergreifenden Religionsforschung an der Universität Münster. Diese ist seit 2007 in bundesweit einzigartiger Weise im Exzellenzcluster "Religion und Politik in den Kulturen der Vormoderne und Moderne" gebündelt. Die Universität Münster hat darüber hinaus in den letzten Jahren Forschungseinrichtungen gegründet, um die Religionsforschung institutionell zu verstetigen. Das CRM als eines dieser Centren arbeitet in enger Kooperation mit den anderen Einrichtungen.