Kurzanleitung für den Linux-Betrieb auf der NWZSUPERDOME
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Die Benutzung der Superdome erfolgt ausschließlich über eine ssh-Konsole. Loggen Sie sich dazu mit Ihrem NWZnet-Benutzernamen und dem entsprechenden Passwort auf dem Server NWZSuperdome ein. Dies ist nur innerhalb des Uni-Netzes oder per VPN-Tunnel möglich. Als Homeverzeichnis bekommen Sie automatisch Ihr persönliches Netzlaufwerk aus dem NWZnet angehängt.
Programm compilieren
Auf der Superdome ist der Intel Compiler 11.1 für Fortran und C/C++ installiert. Damit Ihr Programm unter OpenMP (Beispielprogramme hier) lauffähig wird, müssen Sie das Kommando
ifort -openmp -o prog source.f90
bzw.
icc -openmp -o prog source.cpp
ausführen. Dabei ist prog der gewünschte Name der Executable und source.f90 bzw. source.cpp der Name der Quelldatei. Der Switch -openmp sorgt für die OpenMP-Funktionalität.
Job auf Superdome starten
Um einen Job starten zu können, müssen Sie zunächst eine Datei erstellen, in der Sie dann einige Informationen über den Job und gewisse Optionen eintragen. Diese Datei nennt man auch das PBS-Skript. Der Aufbau so einer Datei soll an der folgenden Beispiel-Datei myjob.pbs erklärt werden:
#PBS -q short #PBS -N Rechnung_512
#PBS -e error.txt
#PBS -o output.txt
#PBS -m abe
#PBS -M abc@uni-muenster.de
#PBS -l nodes=1:ppn=8
source /opt/intel/fc/9.1.036/bin/ifortvars.sh
~/myOpenMPProject/rechnung.exe
Die Einträge, die mit #PBS beginnen, sind Optionen für das Queing-System.
#PBS -q |
Die Auswahl der Queue wird hier eingestellt. Mit #PBS -q short wird der Job in einer Queue mit kurzer Laufzeit (1h) gestartet und mit #PBS -q batch in einer 'normalen' Queue (4d). |
#PBS -N Rechnung_512 |
Mit diesem Eintrag gibt man seinem Job einen Namen. Bei sehr vielen Jobs verliert man so nicht die Übersicht. |
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|
Diese Option stellt ein, dass Fehlermeldungen vom Betriebssystem in die Datei error.txt geschrieben werden. |
#PBS -o output.txt |
Hier wird eingestellt, dass die Standardausgabe (also letztendlich die Bildschirmausgabe) in die Datei output.txt geschrieben wird. |
#PBS -m bae |
An dieser Stelle werden die E-Mail-Optionen eingestellt. bae sorgt dafür, dass beim Beginn (b), beim unerwarteten Abbruch (a) und beim erfolgreichen Beenden (e) des Jobs eine E-Mail verschickt wird. Nicht gewünschte Optionen können einfach weggelassen werden. |
#PBS -M abc@uni-muenster.de |
Hat man Mail-Optionen definiert, werden die E-Mails an diese |
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#PBS –l nodes=1:ppn=8 |
Hier stellt man die Anzahl der Knoten bzw. Prozessoren ein, auf denen gerechnet werden soll. Die Anzahl der Knoten (nodes=1) muss immer gleich 1 sein. Die Anzahl der Prozessoren (ppn=...) ist frei wählbar, aber durch die maximale Anzahl der Prozessoren auf der jeweiligen Partition begrenzt. |
| #PBS –l pmem=2000mb | Hier stellen Sie den physikalischer Speicher ein, den jeder Prozess Ihres Jobs maximal erhalten soll. |
Nachdem solch eine Datei erstellt wurde, zum Beispiel mit dem Namen myjob.pbs, muss man den Job nur noch mit dem Kommando
qsub myjob.pbs
abschicken. Das Queing-System startet den Job dann auf der gewünschten Partition.
Verlauf des Jobs verfolgen
Durch das Kommando
qstat
lässt sich der aktuelle Status der Jobs einsehen.
